Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Tomasz Zborzyński, Sędzia NSA Stefan Babiarz, Sędzia NSA Zbigniew Kmieciak (sprawozdawca), Protokolant Justyna Bluszko-Biernacka, po rozpoznaniu w dniu 3 czerwca 2014 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej P. [...] sp. z o. o. z siedzibą w B. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Białymstoku z dnia 29 marca 2012 r. sygn. akt I SA/Bk 17/12 w sprawie ze skargi P. [...] sp. z o. o. z siedzibą w B. na decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w Białymstoku z dnia 10 listopada 2011 r. nr [...] w przedmiocie wznowienia postępowania w sprawie podatku dochodowego od osób prawnych za 2006 r. 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od P. [...] sp. z o. o. z siedzibą w B. na rzecz Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w Białymstoku kwotę 180 (słownie: sto osiemdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
Wyrokiem z dnia 29 marca 2012 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku, w sprawie o sygn. akt I SA/Bk 17/12, oddalił skargę P[...] sp. z o.o. z siedzibą w B. - nazywanego dalej "Spółką", na decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w Białymstoku z 10 lipca 2011 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2006 r.
Z uzasadnienia wyroku sądu pierwszej instancji wynika, że decyzją z 29 czerwca 2009 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej określił Spółce zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług. W trakcie postępowania kontrolnego ustalono, że w wyniku zastosowania błędnej stawki podatkowej Spółka zaniżyła podatek należny. W konsekwencji tego Spółka wskazała nieprawidłową wysokość przychodu podlegającego opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób prawnych. Spółka zadeklarowała zobowiązanie podatkowe w tymże podatku w kwocie 57.389 zł, podczas gdy z ustaleń organu wynikało - biorąc pod uwagę należny podatek od towarów i usług - że powinno ono wynosić 29.412 zł. Stąd też inną decyzją z dnia 29 czerwca 2009 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej określił Spółce zobowiązanie podatkowe w kwocie niższej.
Dyrektor Izby Skarbowej w Białymstoku uchylił decyzję określającą wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług na skutek odwołania Spółki. Następnie organ pierwszej instancji umorzył w tym zakresie postępowanie.
Ponieważ decyzja w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych nie została zaskarżona, postanowieniem z 19 października 2010 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej wznowił z urzędu postępowanie kontrolne w zakresie prawidłowości obliczenia i wpłacenia podatku dochodowego od osób prawnych za 2006 r. Następnie decyzją z 21 grudnia 2010 r. określił Spółce wysokość zobowiązania w tymże podatku na kwotę 60.099 zł. Jako podstawę wydania decyzji organ wskazał art. 240 § 1 pkt 5 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. nr 8, poz. 60 z późn. zm.). Rozpoznawszy odwołanie Spółki, decyzją z 9 marca 2011 r. organ utrzymał powyższe rozstrzygnięcie w mocy. Wyrokiem z 6 lipca 2011 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku (sygn. akt I SA/Bk 186/11) uchylił zaskarżoną decyzję, wskazując, że oparto ją na błędnej podstawie prawnej.
Rozpoznając ponownie sprawę, decyzją z 10 listopada 2011 r., Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej uchylił decyzje z 21 grudnia 2010 r. i 29 czerwca 2009 r. Organ określił Spółce zobowiązanie podatkowe w wysokości 60.099 zł. Jako podstawę prawną rozstrzygnięcia wskazano art. 240 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej. W uzasadnieniu organ stwierdził, że wcześniejszą decyzję w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych wydano w oparciu o decyzję z 29 czerwca 2009 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług. Uchylenie tejże decyzji przez Dyrektora Izby Skarbowej uzasadniało wznowienie postępowania zakończonego decyzją ostateczną.