Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Jerzy Płusa (sprawozdawca), Sędzia NSA Jan Grzęda, Sędzia del. WSA Sylwester Golec, Protokolant Ewa Morawska, po rozpoznaniu w dniu 10 maja 2022 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej S. S.A. z siedzibą w O. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 6 maja 2021 r., sygn. akt I SA/Kr 100/18 w sprawie ze skargi S. S.A. z siedzibą w O. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie z dnia 22 listopada 2017 r., nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2011 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości, 2) uchyla zaskarżoną decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie z dnia 22 listopada 2017 r., nr [...], 3) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie na rzecz S. S.A. z siedzibą w O. kwotę 95 307 (słownie: dziewięćdziesiąt pięć tysięcy trzysta siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Zaskarżonym wyrokiem z dnia 6 maja 2021 r. sygn. akt I SA/Kr 100/18 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie oddalił skargę S. S.A. z siedzibą w O. (dalej jako "Spółka") na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Krakowie (dalej jako "Dyrektor Izby Administracji Skarbowej" lub "organ odwoławczy") z dnia 22 listopada 2017 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2011 r. (treść uzasadnienia ww. wyroku oraz innych wyroków sądów administracyjnych powołanych w niniejszym uzasadnieniu dostępna jest w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych na stronie internetowej http://orzeczenia.nsa.gov.pl/).
Przedstawiając w uzasadnieniu powyższego wyroku stan sprawy Sąd pierwszej instancji podał, że zaskarżoną decyzją Dyrektor Izby Administracji Skarbowej utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Celno-Skarbowego w K. (dalej jako "Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego" lub "organ pierwszej instancji") z dnia 30 maja 2017 r. określającą Spółce zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2011 r. w wysokości 4 595 963 zł.
W skardze na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej Spółka zarzuciła naruszanie:
- art. 120 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2015 r. poz. 613, z późn. zm.) w zw. z art. 31 ust. 2 pkt 3 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2016 r. poz. 720, z późn. zm.) - powoływanej dalej jako "u.k.s.", i art. 202 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. - Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. poz. 1948, z późn. zm.) - powoływanej dalej jako "p.w.k.a.s." oraz art. 7 Konstytucji RP, poprzez wydanie zaskarżonej decyzji bez podstawy prawnej i oparcie się na pozaustawowych kryteriach "miarkowania" i "uśredniania" podatkowego kosztu nabycia i objęcia udziałów S1 sp. z o.o., co stanowi przesłankę stwierdzenia nieważności, o której mowa w art. 247 § 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej, w sytuacji gdy powoływane przez organy podatkowe poglądy, w tym wykładnia art. 15 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz. U. z 2000 r. Nr 54, poz. 654, z późn. zm.) - powoływanej dalej jako "u.p.d.o.p.", daleko wykraczająca poza granice definicji kosztu uzyskania przychodów i sięgająca do nieistniejącej w 2011 r. klauzuli przeciwko unikaniu opodatkowania; art. 16 ust. 1 pkt 8 u.p.d.o.p.; regulacja art. 199a § 1 i 2 Ordynacji podatkowej ani kwestionowanie zastosowania przez Spółkę księgowej metody FIFO, nie stanowią i nie mogą stanowić podstawy prawnej dla wydanego rozstrzygnięcia i przyjęcia, że w przedmiotowej sprawie prawidłowa wysokość kosztu nabycia 69 udziałów sprzedanych w 2011 r. przez Spółkę należy określić w oparciu o "uśredniony" koszt nabycia jednego udziału obliczony po przekwalifikowaniu i "połączeniu" dwóch albo czterech (a właściwie kilkunastu) odrębnych, ważnych i prawnie skutecznych czynności prawnych;