Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Andrzej Jagiełło (sprawozdawca), Sędzia NSA Aleksandra Wrzesińska - Nowacka, Sędzia NSA (del.) Danuta Małysz, Protokolant Anna Rembowska, po rozpoznaniu w dniu 23 czerwca 2016 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej J. G. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy z dnia 14 stycznia 2014 r. sygn. akt I SA/Bd 933/13 w sprawie ze skargi J. G. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy z dnia 20 września 2013 r. nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych za 2006 r. 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości, 2) uchyla zaskarżoną decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy z dnia 20 września 2013 r. nr [...], 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy na rzecz J. G. kwotę 4434 (słownie: cztery tysiące czterysta trzydzieści cztery) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
1.1 Zaskarżonym wyrokiem z dnia 14 stycznia 2014 r., sygn. akt I SA/Bd 933/13, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy oddalił skargę J.G. (dalej: "podatnik", "skarżący") na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy z dnia 20 września 2013 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych za 2006 r.
1.2 Przedstawiając stan faktyczny niniejszej sprawy Sąd pierwszej instancji wskazał, że zaskarżoną decyzją Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w B. określającą skarżącemu wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2006 r. w kwocie 15.923 zł.
W ocenie organu zebrany materiał dowodowy wskazuje, że ze sprzedaży działek w latach 2006 - 2011 skarżący uzyskiwał znaczne zyski. Jak wynika z akt sprawy w dniu 14 lipca 2003 r. zakupił działki nr [...] i [...] w K. wraz z małżonką i K. i W. L. za kwotę 40.000 zł , a sprzedaży dokonał w 2006 r. - działki nr [...] (lasy) za kwotę 140.000 zł, a 12 działek powstałych po podziale działki nr [...] w 2005 r., 2007 r. i 2008 r. za kwotę 286.900 zł . Łącznie z tych sprzedaży na skarżącego przypadła kwota 178.450 zł. Natomiast działkę nr [...] w O. zakupioną w dniu 21 stycznia 2005 r. wraz z małżonką za kwotę 25.000 zł skarżący sprzedał po podziale (18 działek - teren upraw rolnych) w dniu 22 sierpnia 2006 r. wraz z M.K. za kwotę 230.000 zł (kwota przypadająca na niego 57.500 zł). Nieruchomość w M. (grunty orne), która zakupiona została przez skarżącego w dniu 25 października 2006 r. wraz z A.K. za kwotę 285.000 zł, sprzedana została już po miesiącu tj. w dniu 29 listopada 2006 r. za kwotę 573.344 zł (na skarżącego przypada kwota 286.672 zł). Organ ustalił, że podatnik uzyskał w 2006 r. przychód ze sprzedaży trzech nieruchomości w wysokości 379.172 zł. Zdaniem organu bezspornym jest, że obrót nieruchomościami stanowił dla skarżącego źródło dodatkowego przychodu, a intensywność czynności dokonanych w latach 2003 - 2011, uzasadnia ocenę, iż zamiar strony ukierunkowany był od początku na zarobkowy charakter tych czynności. W konsekwencji dokonywane przez skarżącego czynności kupna i sprzedaży nieruchomości, wyczerpywały przesłanki dyspozycji przepisów art. 5a pkt 6 ustawy z dnia 26 lipca 1991r o podatku dochodowym od osób fizycznych (t.j. Dz. U z 2012 r. poz. 361 ze zm.) - dalej jako: "u.p.d.o.f.". Organ uznał, że przychody z tego tytułu powinny być opodatkowane jako przychody z działalności gospodarczej, zgodnie z art. 9 ust. 1, art. 10 ust. 1 pkt 3 oraz art. 14 ust. 1 u.p.d.o.f. Odnosząc się do zarzutu przedawnienia, podniesionego w odwołaniu organ odwoławczy wskazał, że zaskarżona decyzja organu podatkowego pierwszej instancji nie jest decyzją ustalającą wysokość zobowiązania podatkowego, lecz decyzją określającą jego wysokość, stąd nie ma zastosowania w sprawie art. 68 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 roku Ordynacja podatkowa (t.j., Dz. U. z 2015 roku, poz. 613) - dalej jako: "Ord. pod". Organ przywołując art. 70 § 6 pkt 1 Ord. stwierdził, że w sprawie w dniu 4 grudnia 2012 r. nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, o czym poinformowano skarżącego w dniu 7 grudnia 2012 r. pismem z dnia 6 grudnia 2012 r. czyli przed końcem roku podatkowego, w którym zobowiązanie uległoby przedawnieniu. W skardze na powyższą decyzję podatnik zarzucił naruszenie art. 233 § 1 pkt 1 Ord. pod. poprzez nie uchylenie decyzji organu pierwszej instancji i nie umorzenie postępowania, mimo że skarżący podnosił w odwołaniu naruszenie przepisów prawa mających istotny wpływ na wynik sprawy. tj.: