Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Jerzy Płusa, Sędzia NSA Maciej Jaśniewicz (sprawozdawca), Sędzia WSA del. Cezary Koziński, Protokolant Monika Myślak-Kordjak, po rozpoznaniu w dniu 26 maja 2015 r. na rozprawie w Izbie Finansowej z udziałem Prokurator Prokuratury Apelacyjnej w Krakowie Ewy Baran skargi kasacyjnej T. sp. z o.o. spółka komandytowo-akcyjna w K. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 16 listopada 2012 r. sygn. akt I SA/Kr 1443/12 w sprawie ze skargi T. sp. z o.o. spółka komandytowo-akcyjna w K. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Krakowie z dnia 10 lipca 2012 r. nr [...] w przedmiocie nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 rok 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od T. sp. z o.o. spółka komandytowo-akcyjna w K. na rzecz Dyrektora Izby Skarbowej w Krakowie kwotę 3 600 (słownie: trzy tysiące sześćset) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1.1. Wyrokiem z dnia 16 listopada 2012 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie, o sygn. akt I SA/Kr 1443/12, oddalił skargę T. Sp. z o.o. S.K.A. z siedzibą w K. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia 10 lipca 2012 r. w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r.
1.2. Z uzasadnienia wyroku Sądu I instancji wynika, że T. K. S.A. (dalej zwana : Skarżąca) jako sukcesor Zakładów K. T. S.A. Zakład Pracy Chronionej wystąpiła w dniu 25 sierpnia 2005 r. z wnioskiem o zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r. w kwocie 18 504 829 zł (jako nienależnie zapłaconego podatku) i złożyła jednocześnie korektę rocznego zeznania podatkowego CIT-8. Jako podstawę wniosku wskazała na art.190 ust. 4 Konstytucji RP, art. 74 pkt 1 oraz art. 72 §1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. nr 8 poz. 60 ze zm., dalej zwana : "Ordynacja podatkowa"). Skarżąca powołała się na orzeczenia: wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 25 czerwca 2002 r., K 45/01 oraz uchwałę Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 14 marca 2005 r. FPS 4/04 -dotyczące skutków zmian przepisów ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz o zatrudnianiu osób niepełnosprawnych (Dz. U. nr 123 poz. 776 ze zm.; zwana dalej : "ustawy o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych") przy braku właściwych przepisów przejściowych, tj. pozbawienia zwolnienia podatkowego zakładów pracy chronionej w sytuacji, kiedy w zaufaniu do dotychczasowych przepisów, została rozpoczęta realizacja długookresowego przedsięwzięcia inwestycyjnego na rzecz niepełnosprawnych. Naczelnik Małopolskiego Urzędu Skarbowego w K. decyzją z dnia 19 października 2005 r. stwierdził brak nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r. Organ uzasadniał to tym, że zapłacony podatek nie mógł być traktowany jako nadpłata wynikająca z orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego, o której mowa w art. 74 Ordynacji podatkowej. Natomiast powołana we wniosku uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego nie zawierała, żadnych stwierdzeń wskazujących na zwolnienie od wpłat danej grupy podatników, jak również nie dawała żadnych dyspozycji organom skarbowym do dokonywania zwrotu wpłaconych kwot podatku.
1.3. Dyrektor Izby Skarbowej w K. decyzją z dnia 25 stycznia 2006 r. uchylił decyzję organu pierwszej instancji i stwierdził nadpłatę w podatku dochodowym od osób prawnych za 2001 r. W uzasadnieniu organ powołał orzecznictwo sądów administracyjnych, które uprawniało do uznania argumentów Skarżącej za zasadne. Organ uznał, że konstytucyjna zasada równości umożliwiała zastosowanie skutków wyroku Trybunału Konstytucyjnego również w przypadku zakładów pracy chronionej, które uzyskały taki status bezterminowo. Stwierdzona nadpłata została zwrócona Skarżącej.