Jeżeli nadpłata powstała w wyniku orzeczenia Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, o którym mowa w art. 74 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm.; obecnie - Dz. U. z 2012 r., poz. 270 ze zm.), i organ dokonuje zwrotu podatku z tego tytułu, to obowiązek naliczenia i zapłaty oprocentowania obliczonego zgodnie z art. 78 § 5 pkt 1 o.p. zachodzi także wówczas, gdy wniosek o jej stwierdzenie i zwrot został złożony przed wydaniem orzeczenia przez TSUE, a wnioskodawca oparł wniosek o stwierdzenie nadpłaty na art. 75 § 1 lub § 2 o.p., a nie na art. 74 tej ustawy.
Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Tomasz Zborzyński, Sędzia NSA Stanisław Bogucki (sprawozdawca), Sędzia NSA Tomasz Kolanowski, Protokolant Marta Wyszkowska, po rozpoznaniu w dniu 11 lutego 2015 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu z dnia 17 września 2012 r. sygn. akt III SA/Po 562/12 w sprawie ze skargi "A." sp. z o.o. z siedzibą w P. na decyzję Dyrektor Izby Skarbowej w Poznaniu z dnia 9 marca 2012 r. nr [...] w przedmiocie oprocentowania nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych 1) oddala skargę kasacyjną, 2) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu na rzecz "A." sp. z o.o. z siedzibą w P. kwotę 5400 (pięć tysięcy czterysta) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Wyrokiem z dnia 17 września 2012 r. o sygn. III SA/Po 562/12 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu - po rozpoznaniu sprawy ze skargi A. spółki z o.o. w P. (dalej: spółka lub skarżąca) na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu (dalej: Dyrektor IS) z dnia 9 marca 2012 r. o nr [...] w przedmiocie odmowy zwrotu nadpłaty podatku od czynności cywilnoprawnych (dalej: p.c.c.) i jej oprocentowania - (1) uchylił zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Pierwszego [...] Urzędu Skarbowego w P. (dalej: Naczelnik US) z dnia 15 grudnia 2011 r., nr [...]; (2) zasądził od Dyrektora IS na rzecz skarżącej kwotę 10.964 zł tytułem zwrotu kosztów postępowania; (3) stwierdził, że zaskarżona decyzja nie może być wykona. Jako podstawę prawną powołano art. 145 § 1 pkt 1 lit. a/ i c/, art. 135, art. 152 oraz art. 200 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2012 r., poz. 270 ze zm.; w skrócie: p.p.s.a.). Wyrok jest dostępny na stronie internetowej http://orzeczenia.nsa.gov.pl/.
2. Przebieg postępowania przed organami podatkowymi (przedstawiony przez WSA w Poznaniu.
2.1. Przedstawiając w uzasadnieniu wyroku przebieg postępowania WSA w Poznaniu podał, że spółka wnioskiem z dnia 10 grudnia 2009 r. wystąpiła do Naczelnika US o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w p.c.c. w kwocie 1.713.041 zł z tytułu nienależnie uiszczonego podatku od 112 pożyczek otrzymanych przez spółkę w latach 2007 i 2008 od swojego udziałowca B. sp. z o.o., załączając do wniosku korekty deklaracji.
2.2 Naczelnik Urzędu Skarbowego w P. decyzją wydaną w dniu 6 maja 2010 r. odmówił spółce stwierdzenia nadpłaty w p.c.c. Spółka wniosła odwołanie od wskazanej wyżej decyzji.
2.3. Postanowieniem z dnia 13 lipca 2010 r., wydanym na podstawie art. 216 i art. 201 § 1 pkt 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm.; dalej: o.p.), Dyrektor IS zawiesił z urzędu postępowanie do czasu rozstrzygnięcia przez Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej (dalej: TSUE) sprawy o sygn. C-212/10. W uzasadnieniu podał, że sedno sporu w sprawie sprowadza się do wyjaśnienia, czy państwo członkowskie, które uprzednio zrezygnowało z pobierania podatku kapitałowego z tytułu zaciągnięcia pożyczki z dniem akcesji Polski do Unii Europejskiej mogło ponownie wprowadzić ten podatek z dniem 1 stycznia 2007 r. Organ wskazał na skierowane do TSUE przez WSA w Gliwicach pytanie prejudycjalne w tym zakresie, uznając, że udzielenie odpowiedzi przez TSUE będzie miało istotne znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy. W ocenie Dyrektora IS, zadane przez WSA w Gliwicach pytanie prejudycjalne dotyczące wykładni prawa unijnego należało uznać w rozpatrywanej sprawie za zagadnienie wstępne. Postanowieniem z dnia 12 marca 2011 r., wydanym na podstawie art. 205 § 1 i art. 205a § 1 pkt 4 o.p., Dyrektor IS podjął z urzędu zawieszone postępowanie.
2.4. Decyzją z dnia 4 sierpnia 2011 r. o nr [...], wydaną na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 lit. a/ i art. 72 o.p., Dyrektor IS uchylił decyzję Naczelnika US z dnia 6 maja 2010 r. i orzekł, że uiszczony przez spółkę podatek w kwocie 1.713.041 zł stanowi nadpłatę, która podlega zwrotowi. Decyzja ta stała się ostateczna, ponieważ, spółka nie wniosła od tej decyzji odwołania. W oparciu o wskazaną decyzję spółka otrzymała w dniu 8 września 2011 r. na rachunek bankowy zwrot nadpłaty p.c.c. wraz z odsetkami w kwocie 2.041.945 zł.