Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Jan Rudowski (sprawozdawca), Sędzia NSA Jerzy Płusa, Sędzia WSA del. Wojciech Stachurski, protokolant Joanna Legieć, po rozpoznaniu w dniu 18kwietnia 2019 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie, działającego z upoważnienia Ministra Rozwoju i Finansów od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 21 grudnia 2016 r. sygn. akt III SA/Wa 3104/15 w sprawie ze skargi "B. [...] sp. z o.o." z siedzibą w W. na interpretację indywidualną Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie, działającego z upoważnienia Ministra Finansów z dnia 3 sierpnia 2015 r. nr IPPB2/4514-156/15-4/LS w przedmiocie podatku od czynności cywilnoprawnych 1) uchyla zaskarżony wyrok w całości, 2) oddala skargę, 3) zasądza od "B. [...] sp. z o.o." z siedzibą w W. na rzecz Szefa Krajowej Administracji Skarbowej kwotę 580 (słownie: pięćset osiemdziesiąt) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania kasacyjnego.
1. Wyrokiem z 21 grudnia 2016 r., III SA/Wa 3104/15, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, po rozpoznaniu skargi B. [...] sp. z o.o. z siedzibą w Warszawie (dalej: "strona", "skarżąca", "spółka"), uchylił interpretację indywidualną Ministra Finansów (organu upoważnionego: Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie) z 3 sierpnia 2015 r. w przedmiocie podatku od czynności cywilnoprawnych w zakresie skutków podatkowych nabycia nieruchomości od podmiotu będącego podatnikiem podatku od towarów i usług.
2. Jak wskazano w uzasadnieniu wyroku, przedmiotem sporu w rozpoznawanej sprawie jest ustalenie, czy czynność nabycia gruntów, na których znajdują się betonowe płyty pasa startowego nieczynnego lotniska, od podmiotu będącego podatnikiem podatku od towarów i usług podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych. W ocenie skarżącej, czynność nabycia gruntów, na których znajdują się betonowe płyty pasu startowego nieczynnego lotniska nie podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych, bowiem sprzedawca dokonał zbycia gruntu niezabudowanego, w konsekwencji czego transakcja winna podlegać opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Sprzedawca tych nieruchomości błędnie zaś uznał, iż dostawa tych gruntów jest zwolniona z VAT, podając jako podstawę zwolnienia art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2011 r., nr 177, poz. 1054, dalej w skrócie "u.p.t.u.").
Minister Finansów uznając, na podstawie art. 14b § 1 i § 6 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2015 r., poz. 613 ze zm., dalej w skrócie "o.p."), stanowisko spółki za nieprawidłowe, wskazał, że skoro nabycie opisanych nieruchomości zostało zwolnione od opodatkowania podatkiem od towarów i usług, to czynność nabycia ww. gruntów będzie objęta podatkiem od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy z 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. z 2010 r. Nr 101, poz., 649 ze zm.; dalej w skrócie "u.p.c.c.").
Uchylając zaskarżoną interpretację sąd pierwszej uznał, że Minister Finansów ograniczył się (niemal) wyłącznie do analizy przepisów p.c.c., czym naruszył art. 14c § 1 i § 2oraz art. 14b § 1 o.p. (pełny tekst uzasadnienia orzeczenia dostępny jest w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych, http://orzeczenia.nsa.gov.pl/, dalej w skrócie "CBOSA").
3. Od powyższego orzeczenia organ wniósł skargę kasacyjną żądając jego uchylenia w całości i orzeczenia co do istoty sprawy, ewentualnie przekazania sprawy do ponownego rozpoznania przez sąd pierwszej instancji, a także zasądzenia kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych. Zaskarżonemu wyrokowi zarzucono na podstawie art. 174 pkt 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2016 r., poz. 718, dalej w skrócie "p.p.s.a."):