W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu, Legnicka SSE wnioskowała uchylenie spornego postanowienia zarzucając:
- naruszenie art. 201 § 3 w związku z art. 236 § 1 oraz art. 228 i art. 239 O.p. - poprzez ich błędną wykładnię, polegającą na przyjęciu, że na postanowienie organu I instancji o odmowie zawieszenia postępowania podatkowego nie służy zażalenie;
- naruszenie art. 127 O.p. - poprzez pozbawienie strony możliwości rozpoznania zażalenia przez organ II instancji, a tym samym naruszenie zasady dwuinstancyjności postępowania.
Odpowiadając na skargę SKO w Legnicy uznało zarzuty za nietrafne i wniosło o oddalenie skargi.
Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu stwierdził, że istota sporu sprowadza się do rozstrzygnięcia kwestii zaskarżalności postanowienia odmawiającego zawieszenia postępowania podatkowego.
Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Legnicy stwierdziło w zaskarżonym postanowieniu, że postanowienie organu I instancji - odmawiające zawieszenia postępowania - ma niezaskarżalny charakter, ponieważ przepis (art. 201 § 1 pkt 2 O.p.) będący podstawą rozstrzygnięcia nie przewiduje zażalenia w odniesieniu do tych postanowień, które nie wstrzymują biegu postępowania podatkowego. Sąd podzielił stanowisko organu, że redakcja przepisu jest jasna i nie budzi wątpliwości interpretacyjnych. Podkreślił, że zasadą jest, że o ile w postępowaniu instancyjnym zaskarżalne są wszystkie decyzje, to na postanowienia przysługuje zażalenie jedynie w przypadkach ściśle określonych ustawą. Nie można zatem domniemywać szerszego zakresu ich zaskarżenia, niż to wynika z przepisów. Skarżąca wywodzi prawo do zaskarżenia postanowienia "o odmowie zawieszenia" wszczętego przez siebie postępowania w sprawie nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2012 r. z treści art. 201 § 3 O.p., w ocenie Sądu z przepisu tego wynika jednoznacznie, że taki środek przysługuje jedynie w przypadku "zawieszenia postępowania", nie zaś "odmowy zawieszenia postępowania". W ocenie Sądu, Legnicka SSE, uzasadniając zarzut naruszenia przez organ art. 201 § 3 O.p., nietrafnie powołuje się na wyrok WSA w Poznaniu z 20 września 2017 r. o sygn. akt I SA/Po 937/17 i wyrok WSA w Olsztynie z 24 kwietnia 2018 r. sygn. akt I SA/Ol 813/17.
Sąd nie podzielił też argumentacji Spółki, że organ stwierdzając niedopuszczalność zażalenia na postanowienie o odmowie zawieszenia postępowania, kierował się przepisami ustawy z 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (Dz. U. z 2017 r., poz.1257 ze zm., dalej k.p.a.), ponieważ zarówno podstawa prawna jak i uzasadnienie prawne postanowienia odwołują się do przepisów Ordynacji podatkowej. Z faktu zaś, że przewidziana w Ordynacji i w Kodeksie postępowania administracyjnego (art. 101 § 3 k.p.a.) procedura w zakresie możliwości zaskarżania postanowień związanych z zawieszeniem postępowania przewiduje podobne rozwiązania (tj. zażalenie przysługuje tylko na te postanowienia, które tamują postępowanie administracyjne) a ponadto w myśl art. 236 § 1 k.p.a. na wydane w toku postępowania (administracyjnego) postanowienia służy (podobnie jak w Ordynacji podatkowej) zażalenie gdy ustawa tak stanowi - w żadnym razie nie wynika, że organ podatkowy stosował w sprawie niewłaściwą procedurę.