Naczelny Sąd Administracyjny w składzie: Przewodniczący - Sędzia NSA Jerzy Rypina, Sędzia NSA Edyta Anyżewska (sprawozdawca), Sędzia NSA del. Arkadiusz Cudak, , Protokolant Janusz Bielski, po rozpoznaniu w dniu 27 listopada 2009 r. na rozprawie w Izbie Finansowej skargi kasacyjnej "P." [...] sp. z o. o. w K. od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 9 stycznia 2008 r. sygn. akt I SA/Kr 1126/07 w sprawie ze skargi "P." [...] sp. z o. o. w K. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w K. z dnia 12 lipca 2007 r. nr [...] w przedmiocie umorzenia części odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych w podatku od towarów i usług oddala skargę kasacyjną.
1. Przebieg postępowania przed organami podatkowymi (przedstawiony przez Sąd pierwszej instancji).
1.1. Pismem z dnia 6 października 2006 r. "P." [...] spółka z o.o. zwróciła się do Naczelnika Urzędu Skarbowego K. z wnioskiem o umorzenie kwoty 133.989 zł, stanowiącej część odsetek za zwłokę za okres od 25 lutego 2004 r. do 2 października 2006 r. od zaległości w podatku od towarów i usług wynikających z ostatecznych decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K. z dnia 29 września 2006 r.
Wniosek spółka motywowała przewlekłością postępowania kontrolnego prowadzonego przez organ kontroli skarbowej, które trwało od 25 lutego 2004 r., a zakończone zostało decyzjami Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w K. z dnia 28 kwietnia 2005 r. Powyższe decyzje, jako wadliwe, zostały następnie uchylone przez organ drugiej instancji, a w wyniku ponownego rozpatrzenia spraw organ niższego stopnia wydał kolejne decyzje w zakresie podatku od towarów i usług, datowane na dzień 29 września 2006 r. (data odbioru 2 października 2006 r.). Następnie, na skutek złożonych przez podatnika odwołań, organ odwoławczy część decyzji pierwszoinstancyjnych utrzymał w mocy, a w części przypadków orzekł merytorycznie, dokonując zmiany wysokości zobowiązań. Zdaniem spółki, z powyższych okoliczności wynika, że od chwili wszczęcia postępowania kontrolnego do momentu wydania ostatnich decyzji upłynęło ponad 30 miesięcy, co miało istotny wpływ na wysokość odsetek za zwłokę. Dlatego też spółka wystąpiła z wnioskiem o umorzenie tej części naliczonych odsetek za zwłokę, w jakiej nie powinny być one naliczane w oparciu o art. 54 § 1 pkt 7 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. z 2005 r. nr 8 poz. 60 ze zm.), dalej O.p.
1.2. Jednocześnie w tym samym piśmie zawarty został wniosek o rozłożenie na raty zapłaty zaległości podatkowych wraz z pozostałą częścią odsetek. Powyższy wniosek został rozpoznany w odrębnym postępowaniu, które zakończyło się wydaniem przez Naczelnika Urzędu Skarbowego K. czterech decyzji rozkładających na raty zapłatę zaległości podatkowych wraz z całością odsetek, również tych, o których umorzenie strona wnosiła.
1.3. Decyzją z dnia 30 października 2006 r. organ pierwszej instancji odmówił udzielenia ulgi umorzeniowej, przewidzianej w art. 67a § 1 pkt 3 O.p.
1.4. Dyrektor Izby Skarbowej w K., decyzją z dnia 26 stycznia 2007 r., uchylił w/w rozstrzygnięcie i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia.
1.5. Decyzją z dnia 19 kwietnia 2007 r., organ niższego stopnia ponownie odmówił umorzenia odsetek za zwłokę należnych od zaległości w podatku od towarów i usług.
1.6. W zaskarżonej do Sądu wojewódzkiego decyzji z dnia 12 lipca 2007 r. organ odwoławczy utrzymał w mocy ostatnio wymienioną decyzję organu pierwszej instancji.
W motywach orzeczenia wskazano, że w myśl art. 54 § 1 pkt 7 O.p. odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania. Powyższy przepis stosuje się również w przypadku uchylenia decyzji i przekazania do ponownego rozpatrzenia oraz w przypadku stwierdzenia nieważności decyzji (art. 54 § 3 O.p.). Jednakże organy kontroli skarbowej prowadzą postępowania kontrolne w oparciu o ustawę z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (t.j. Dz. U. z 2004 r. nr 8, poz. 65 ze zm.). Zmiana w/w ustawy, wprowadzona z dniem 1 września 2003 r. przez art. 8 ustawy z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz. U. nr 137, poz. 1302 ze zm.), jednoznacznie wyłączyła stosowanie art. 54 O.p. do postępowań kontrolnych, prowadzonych przez organy kontroli skarbowej. Stąd też przedmiotowe odsetki za zwłokę zostały naliczone zgodnie z obowiązującym stanem prawnym i są wymagalne.