Zdaniem skarżącej, organ narusza jej prawo do rozpoznania sprawy bez nieuzasadnionej zwłoki, albowiem prowadzi postępowanie dłużej niż jest to konieczne do wyjaśnienia okoliczności faktycznych i prawnych. Dodatkowo skarżąca podnosi, że organ podatkowy uzasadnia postanowienia o wyznaczeniu nowych terminów zakończenia postępowania kontrolnego w sposób lakoniczny, nie wskazując rzeczywistych przyczyn niezakończenia sprawy w terminie.
Skarżąca zaznaczyła, iż działania organu podatkowego mają destrukcyjny wpływ na działalność gospodarczą prowadzoną przez spółkę z uwagi na wstrzymany zwrot zadeklarowanej nadwyżki podatku od towarów i usług. Powyższe uzasadnia zasądzenie kwoty [...] zł.
3.2. Odpowiadając na skargę organ podatkowy wniósł o jej oddalenie w całości. W treści uzasadnienia odpowiedzi organ wskazał, iż postępowanie kontrolne prowadzone wobec skarżącej nie zostało dotychczas zakończone z przyczyn niezależnych od organu, a wynikających ze skomplikowanego i wielowątkowego charakteru sprawy obejmujący także wszystkie postępowania kontrolne prowadzone wobec Spółki; czas oczekiwania na informacje, o które zwrócono się do administracji podatkowych państw położonych na terenie Unii Europejskiej za pośrednictwem Biura Wymiany Informacji Podatkowych Izby Administracji Skarbowej w P.; współpracę z Prokuratorem Prokuratury Krajowej w S. [...] Departamentu do Spraw Przestępczości Zorganizowanej i Korupcji oraz organami ścigania w ramach prowadzonego śledztwa nr [...]; niezakończenie czynności gromadzenia dowodów, w tym przeprowadzenia dowodów z przesłuchań świadków. Czas trwania postępowania w niniejszej sprawie, zgodnie z argumentacją organu, wynika z konieczności realizowania zasady prawdy materialnej wyrażonej w art. 122 i 187 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2019 r. poz. 900, z późn. zm., dalej: .o.p.). Organ podatkowy zaznaczył, iż w sprawach o skomplikowanym stanie faktycznym, gdzie zachodzi konieczność przeprowadzenia wielu dowodów nie może wieść prymatu zasada jak najszybszego wydania decyzji z uszczerbkiem dla wyjaśnienia istotnych okoliczności sprawy. Z dokonanych ustaleń w toku prowadzonego postępowania kontrolnego wynika, że ma ono wieloaspektowy charakter i należy do szczególnie skomplikowanych, między innymi z uwagi na stwierdzenie, iż transakcje występujące w badanym okresie miały miejsce pomiędzy podmiotami powiązanymi ze sobą osobowo i kapitałowo. W tym zakresie nie zrealizowano jeszcze wszystkich wniosków o przesłuchanie świadków w ramach pomocy prawnej, a prowadzone czynności przez organy ścigania ujawniają nowe dowody mające kluczowe znaczenie w prowadzonych postępowaniach kontrolnych, w zakresie rozliczenia podatku od towarów i usług za kontrolowany okres, a co do których nie wyrażono jeszcze zgody na włączenie w poczet materiałów postępowania kontrolnego.
Organ podniósł, iż o każdym przypadku niezałatwienia sprawy w terminie ustalonym na podstawie art. 140 o.p. Strona została zawiadomiona stosownym postanowieniem, w którym podano przyczyny niedotrzymania terminu i wskazano nowy termin załatwienia sprawy. Pomimo obowiązywania przepisów art. 15 zzs ust. 10 i 11 ustawy z dnia 2 marca 2020 r. o szczególnych rozwiązaniach związanych z zapobieganiem, przeciwdziałaniem i zwalczaniem COVID-19, innych chorób zakaźnych oraz wywołanych nimi sytuacji kryzysowych (Dz. U. z 2020, poz. 374) prowadził i wykonywał cały czas czynności kontrolne.