1. Zwolnienie od podatków, o jakim mowa w art. 18 ust 1 ustawy z dnia 25 lipca 1985 r. o jednostkach badawczo-rozwojowych /t.j. Dz.U. 1991 nr 44 poz. 194/ dotyczy wyłącznie podmiotów w zakresie ich podstawowej działalności, określonej w art. 1 ust. 1, natomiast jest wyłączone w zakresie innej działalności, w tym gospodarczej bądź usługowej, przewidzianej w art. 2 ust. 3 tej ustawy.
2. W razie prowadzenia działalności, o której mowa w art. 2 ust. 3 powyższej ustawy, podmiot zdefiniowany w jej art. 1 ust. 1 korzysta ze zwolnienia przewidzianego w art. 18 ust 1, jeżeli prowadzi ewidencję pozwalającą wyodrębnić dla celów podatkowych ten rodzaj działalności od zadań podstawowych, wyczerpująco określonych w art. 1 ust. 1 ustawy.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w R. na decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego we W. z dnia 16 lutego 1998 r. (...) w przedmiocie zwrotu podatku rolnego za lata 1994-1996 i I kwartał 1997 r. - oddala skargę.
Zaskarżona decyzja utrzymywała w mocy decyzję Burmistrza Miasta i Gminy W. (...), wydaną 12 grudnia 1997 r. z powołaniem się /m.in./ na przepisy art. 29 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /t.j. Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./ w części dotyczącej odmowy zwrotu uiszczonego podatku rolnego za lata 1994-1996 w łącznej kwocie 13.768,10 zł., natomiast uchylała zaskarżoną decyzję w części dotyczącej odmowy zwrotu uiszczonego podatku rolnego za I kwartał 1997 r. w kwocie 1.627 zł. i w tym zakresie przekazywała sprawę organowi I instancji do ponownego rozpoznania.
Postępowanie administracyjne w sprawie wszczęto się na żądanie strony, która pismem z 12 kwietnia 1997 r. wystąpiła o zwrot podatku rolnego i leśnego za rok 1994, 1995, 1996 i I ratę roku 1997. W motywach żądania strona podnosiła, iż Zakład Doświadczalny Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w R. na podstawie art. 18 ust. 1 ustawy z dnia 25 lipca 1985 r. o jednostkach badawczo-rozwojowych /t.j. Dz.U. 1991 nr 44 poz. 194/, powinien być zwolniony od wszystkich kategorii podatków funkcjonujących w obowiązującym systemie prawnym.
Zwolnienie to ma mieć charakter ustawowy, dotyczyć ma wszystkich podatków w tym m.in. podatku rolnego i podatku leśnego, zaliczanych do kategorii podatków od majątku stanowiącego podstawę prowadzonej działalności, a nie do kategorii podatków od działalności gospodarczej, czy usługowej. Dalej wnioskodawca wywodził, że zgodnie z art. 2 ust. 3 w związku z art. 18 ust. 2 cyt. ustawy zwolnieniu nie podlega, jedynie działalność gospodarcza, bądź usługowa w zakresie objętym przedmiotem działania jednostki. Chodzi tu o podatki od efektów tej działalności, np. podatek dochodowy od osób prawnych czy też podatek od towarów i usług. W tej sytuacji strona zwolniona jest od spornego podatku, co znalazło swój wraz w wyroku NSA z dnia 5 stycznia 1996 r. SA/Bk 494/95 /ONSA 1996 Nr 4 poz. 186, Monitor Podatkowy 1996 nr 9 str. 282/.
Organ I instancji odmówił zwrotu podatku rolnego za żądane okresy w uzasadnieniu rozstrzygnięcia wywodząc, iż na gruntach rolnych położonych na terenie Gminy W. w latach 1994-1997 strona nie prowadziła doświadczeń ścisłych w ramach programów hodowlano-badawczych, zlecanych corocznie zgodnie z par. 10 ust. 6 statutu Instytutu - w formie zlecenia wewnętrznego. W prowadzonej, w tych latach ewidencji nie wyodrębniono działalności, o której mowa w art. 2 ust. 3 ustawy o jednostkach badawczo-rozwojowych co oznacza, że Zakład nie posiada sporządzonego w poszczególnych latach wykazu przewidzianego w par. 4 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 7 sierpnia 1991 r. Przedłożona przez Zakład 19 listopada 1997 r. struktura zasiewów została sporządzona w oparciu o wykonane w latach 1994-1997 plany zasiewów. Rezultatem działalności Instytutu w ramach upowszechniania i wdrażania do praktyki osiągnięć upraw kwalifikowanych, było osiąganie zysków. Działalność ta prowadzona była na własny rachunek podatnika. Była to zatem działalność wytwórcza w zakresie produkcji roślinnej, przynosząca konkretne rezultaty finansowe, a więc nie podlegała zwolnieniu od podatku rolnego. W ocenie organu I instancji w takich okolicznościach nie doszło do powstania nadpłaty. o której mowa w żądaniu strony wszczynającym postępowanie.