Ostateczne przesądzenie przez NSA w wyroku o sygn. akt I GSK 37/16 prawa podatnika (Skarżącej) do uzyskania statusu zarejestrowanego odbiorcy było rezultatem interpretacji przepisów krajowych z uwzględnieniem norm unijnych oraz orzecznictwa TSUE. Świadczy to o mankamentach rozwiązań krajowych w tym zakresie i poniekąd uzasadnia trudności weryfikacyjne organu podatkowego w przedmiocie najpierw udzielenia zezwolenia i ustalenia statusu Skarżącej jako zarejestrowanego odbiorcy. Nie jest bowiem akceptowalne, by podatnik ponosił skutki błędnych decyzji organów podatkowych, także tych będących wynikiem niedoskonałości prawa krajowego i jego niedostosowania do prawa UE, czasu trwania postępowania podatkowego czy też błędnej wykładni prawa. Jednak czas trwania procesu weryfikacyjnego - który to proces dla Skarżącej skończył się pozytywnie i otwierałby jej drogę do skorzystania ze zwolnienia podatkowego, o którym mowa w § 10 (a następnie § 6) rozporządzenia ws. zwolnień od podatku akcyzowego - pozbawił Skarżącą tego prawa w czasie, gdy to zwolnienie podatkowe obowiązywało.
W opinii Sądu, Skarżąca ma zatem uzasadnione prawo do żądania stwierdzenia nadpłaty w takiej sytuacji, bowiem zapłacony podatek akcyzowy spełnia kryteria podatku nienależnego w rozumieniu art. 72 § 1 pkt 1 o.p.
Argument organu odwoławczego co do świadomego wyboru przez Skarżącą sposobu nabywania wewnątrzwspólnotowego olejów smarowych poza procedurą zwieszenia akcyzy również nie może stanowić uzasadnienia odmowy stwierdzenia nadpłaty. Argument ten odrywa się niejako od sytuacji prawnej i procesowej, w której postawił Skarżącą sam organ podatkowy. Nie można wymagać, by podatnik pozostający w niepewności co do swojego statusu prawnego i podatkowego dokonywał wyboru niekorzystnego dla siebie finansowo i gospodarczo, a w istocie właśnie był pozbawiony innego wyboru. Skarżąca zdecydowała deklarować i płacić podatek akcyzowy z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia olejów smarowych mając na uwadze skutki przedłużającej się weryfikacji wniosku o zezwolenie. Wybór sposobu nabycia olejów smarowych przez Skarżącą nie wynikał zatem ze swobody działalności gospodarczej.
W tej sprawie przez działania władzy publicznej doszło do nieuprawnionego zablokowania Skarżącej prawa do zwolnienia podatkowego. Sad stwierdza za wyrokiem NSA o sygn. akt I GSK 37/16, że nie było przeszkód do nadania Skarżącej statusu zarejestrowanego podatnika. A w istocie ten wymóg był przeszkodą, by w latach 2013-2016 Skarżąca mogła korzystać ze zwolnienia podatkowego, opisanego wyżej. Oczywiście, Skarżąca powinna spełniać pozostałe warunki uprawniające do zwolnienia podatkowego, tj. prowadzenia ewidencji wyrobów akcyzowych, posiadania zabezpieczenia akcyzowego, posiadania magazynów czy status podatnika podatku od towarów i usług. Część z nich została zweryfikowana przy okazji wydawania decyzji z [...] grudnia 2017 r. o udzieleniu zezwolenia na nabywanie wyrobów akcyzowych w procedurze zawieszenia poboru akcyzy jako zarejestrowany odbiorca, choć na moment późniejszy. Nie jest jednak niemożliwe, by wymogi te ocenić na moment, którego dotyczy wniosek o stwierdzenie nadpłaty. Nawet bowiem z perspektywy chwili, w której wydane zostało zezwolenie trzeba dostrzec, że wierzyciel podatkowy był zabezpieczony przez płacenie podatku akcyzowego, a ewidencje zapewne były prowadzone przez Skarżącą w sposób odpowiadający wymogom art. 32 u.p.a., skoro rozliczała się z podatku.
W rezultacie, trzeba uznać, że organy błędnie odkodowały normę art. 72 § 2 o.p. oraz naruszyły zasady praworządności i zaufania do organów podatkowych (art. 120 i art. 121 § 1 o.p.), obciążyły bowiem Skarżącą skutkami własnego niewłaściwego stosowania prawa.
Końcowo Sąd stwierdza, że przywołana w uzasadnieniu skargi uchwała NSA z 22 czerwca 2011 r. o sygn. akt I GPS 1/11 ma znaczenie dla odkodowania normy prawnej, wyrażonej art. 72 § 1 pkt 1 o.p. w zakresie podstawowego znaczenia pojęcia "nadpłata". Trzeba jednak zauważyć, że - po pierwsze - podejmowana była w innych warunkach faktycznych sprawy tzn., gdy podatnik zapłacił podatek akcyzowy, ale odzyskał go w cenie sprzedanego wyrobu akcyzowego (energia elektryczna), a po drugie - przyczyną powstania nadpłaty było wadliwe prawo, a nie błędne decyzje organu podatkowego, które zablokowały podatnikowi prawo do ustawowego zwolnienia podatkowego.
Z tych względów Sąd uchylił zaskarżoną decyzję w oparciu o art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i lit