Stosownie do par. 27 ust. 1 pkt 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 156 poz. 1024 ze zm./ zwrot podatku zapłaconego przy nabyciu towarów i usług ze środków pomocy zagranicznej nie przysługuje podatnikom nie zarejestrowanym.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Gminy L. na decyzję Izby Skarbowej w O. z dnia 19 stycznia 1999 r. (...) w przedmiocie odmowy zwrotu podatku od towarów i usług - oddala skargę.
Decyzją z dnia 26 października 1998 r. (...) Urząd Skarbowy w B. odmówił Gminie L. zwrotu podatku od towarów i usług w kwocie 5.377,09 zł z tytułu dokonanego zakupu towarów finansowanych ze środków bezzwrotnej pomocy zagranicznej, które zostały zakupione przez Urząd Gminy L. na rzecz następujących osób fizycznych: Zenona M., Bogusławy L. i Jerzego K.
Urząd Gminy L. wniósł od tej decyzji odwołanie.
Izba Skarbowa w O. - powołując się na art. 233 par. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ - utrzymała w mocy decyzję organu I instancji. Organ odwoławczy stwierdził, że Gmina L. nie jest zarejestrowanym podatnikiem podatku od towarów i usług. Z tego powodu, zgodnie z treścią par. 37 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym /Dz.U. nr 156 poz. 1024/ nie jest uprawniona do otrzymywania faktur VAT od sprzedawców towarów. Z brzmienia przepisów par. 28 rozporządzenia wynika także, iż zwrot podatku następuje na wniosek podatników w terminach i trybie określonym w art. 10 ust. 2 i art. 25 ust. 1 pkt 4 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./.
Decyzja ta stała się przedmiotem skargi do Naczelnego Sądu Administracyjnego.
Gmina L. zarzuciła w skardze, że na podstawie Umowy Ramowej nr 25 z dnia 10 września 1997 r. zobowiązana została do otwarcia odrębnego rachunku bankowego przeznaczonego wyłącznie na środki przekazywane w ramach Programu Unii Europejskiej "Odbudowa". Z tego rachunku mogła dokonywać wyłącznie przelewy kwot przeznaczonych na poszczególne projekty na podstawie odpowiednich decyzji o przyznaniu dotacji. Dotacje dla poszczególnych osób były przyznawane imiennie uchwałą Regionalnej Komisji ds. Kwalifikacji Projektów w O. w dniu 16 grudnia 1998 r. Na podstawie tych decyzji Urząd Gminy w L. zawarł trójstronne umowy z dostawcami i beneficjentami, tj. poszczególnymi osobami, na których rzecz dokonano zakupów. W ramach dotacji Gmina dostawała tylko środki o wartości netto towaru. Gmina płaciła za towar przelewem z własnego konta, a podatek VAT od tych zakupów był płacony gotówką przez beneficjentów. Taką bowiem zasadę wprowadził par. 8 umów trójstronnych zawartych z osobami fizycznymi /beneficjentami/. Zwrot podatku VAT uiszczonego gotówką przy zakupach przez te osoby fizyczne był zapewniony, gdyż Departament Pomocy Zagranicznej, Funduszy i Programów Wspólnotowych Urzędu Komitetu Integracji Europejskiej - w myśl rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 156 poz. 1024/ - wydał zaświadczenia jednostkom dokonującym zakupu towarów finansowanych ze środków bezzwrotnej pomocy zagranicznej. Zgodnie z par. 27 cyt. rozporządzenia po spełnieniu warunków określonych w tym przepisie podatnikom przysługuje zwrot podatku. Z par. 27 ust. 3 wynika, iż zwrot podatku przysługuje także podatnikom, którzy kwotę podatku naliczonego zapłacili z innych środków, aniżeli środki bezzwrotnej pomocy zagranicznej.