Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Anetta Makowska-Hrycyk Sędziowie Sędzia WSA Kamila Paszowska-Wojnar (sprawozdawca) Sędzia WSA Katarzyna Radom Protokolant Specjalista Aleksandra Połaczewska po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 16 września 2020 r. sprawy ze skargi A sp. z o.o. z siedzibą w P. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej we W. z dnia [...] grudnia 2019 r. nr [...] w przedmiocie podatku od czynności cywilnoprawnych I. uchyla zaskarżoną decyzję; II. zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej we W. na rzecz A sp. z o.o. z siedzibą w P. kwotę 125 017 zł (sto dwadzieścia pięć tysięcy siedemnaście złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
UZASADNENIE
1. Postępowanie przed organami podatkowymi.
1. Zaskarżoną decyzją Dyrektor Izby Administracji Skarbowej we W. (dalej: Dyrektor IAS /organ odwoławczy /organ II instancji) utrzymał w mocy decyzję Naczelnika D. Urzędu Skarbowego we W. (dalej: Naczelnik DUS /organ I instancji) z [...] nr [...] określającą A sp. z o.o. z siedzibą w P. (dalej: Spółka, Strona, Skarżąca) zobowiązanie w podatku od czynności cywilnoprawnych w wysokości 50.722.542 zł w związku z nabyciem zorganizowanej części przedsiębiorstwa na podstawie umowy sprzedaży z 1 października 2014 r. zawartej pomiędzy B sp. z o.o. (dalej: B) a Spółką.
2. Postępowanie podatkowe w sprawie określenia rzeczonego zobowiązania w podatku od czynności cywilnoprawnych zostało wszczęte przez Naczelnika DUS postanowieniem z [...] doręczonym Stronie w dniu 15 kwietnia 2019 r. W postępowaniu tym organ I instancji, postanowieniem z [...] włączył szereg dodatkowych dokumentów, w tym protokół z 9 czerwca 2017 r. z kontroli przeprowadzonej w Spółce przez Naczelnika D. Urzędu Celno-Skarbowego we W. w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczenia i wpłacenia podatku dochodowego od osób prawnych za lata 2014-2015.
Z włączonych dokumentów (pozyskanych w toku kontroli podatkowej w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych) wynika, że w 2014 r. została przeprowadzona reorganizacja struktury biznesowej C S.A. związana z wydzieleniem jednostki organizacyjnej określonej jako Grupa D (dalej także: Jednostka), w której skoncentrowały się kluczowe z perspektywy Spółki kategorie działalności, w tym planowanie strategiczne, działalność zakupowa, marketingowa i rozwój sieci sprzedaży. Wyodrębniona Jednostka była odpowiedzialna za realizację zadań związanych ze wskazanymi rodzajami działalności Spółki. W związku z tym do wyodrębnionej Jednostki alokowana została niezbędna infrastruktura oraz składniki majątkowe dotyczące tej części działalności Spółki. Grupa D została powołana uchwałą zarządu Spółki (uchwała nr [...] z [...]). W uchwale określono piony, części pionów lub działy Spółki wchodzące w skład Jednostki (Pion Z., Pion I., część Pionu S., część Pionu F., Dział C. I.) wraz z listą tworzących je departamentów, działów lub stanowisk. W załączniku do uchwały przedstawiono również listę środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych niezbędnych dla prowadzenia działalności gospodarczej i alokowanych do Jednostki. W załączniku do przedmiotowej uchwały zostały wymienione środki trwałe, wartości niematerialne i prawne ze wskazaniem numeru inwentarzowego i nazwy.
W dniu [...] na mocy uchwały nr [...] Nadzwyczajnego Walnego Zgromadzenia Wspólników B w przedmiotowej spółce podwyższono kapitał z kwoty 100.000 zł do kwoty 2.125.090.000 zł poprzez utworzenie 1.062.495 nowych udziałów o wartości nominalnej 2.000 zł każdy udział, które zostały objęte przez jedynego wspólnika spółki C S.A. i pokryte wkładem niepieniężnym w postaci zorganizowanej części przedsiębiorstwa określonej jako Grupa D. Powyższy wkład niepieniężny, stanowiący zorganizowaną część przedsiębiorstwa, został zbyty za cenę 2.124.991.000 zł na podstawie umowy sprzedaży zawartej w dniu 1 października 2014 r. pomiędzy B (sprzedającym), a Spółką (kupującym).