1. Po przejęciu przez jedną spółkę majątku innych spółek, w sytuacji gdy w dacie wszczęcia ponownego postępowania kontrolnego w stosunku do spółki inkorporującej - spółki inkorporowane przestały być podatnikami VAT, gdyż zaprzestały prowadzenia działalności podlegającej temu podatkowi oraz zostały wykreślone z rejestru takich podatników, a także zostały wykreślone z rejestru handlowego - treścią decyzji winno być łączne rozliczenie za dany miesiąc podatku VAT zarówno spółki inkorporującej, jak i wszystkich spółek inkorporowanych, a jej adresatem wyłącznie spółka inkorporująca.
2. Przed datą wykreślenia spółek przejmowanych z rejestru handlowego, nawet w sytuacji gdy nie były one już podatnikami VAT, nie było możliwe złożenie przez spółkę inkorporującą w imieniu spółek inkorporowanych deklaracji korygujących wcześniejsze deklaracje podatkowe spółek inkorporowanych.
3. Utraty prawa do odliczenia podatku naliczonego /art. 19 ust. 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym - Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ nie powodowało to, że udokumentowane fakturami VAT usługi lub roboty budowlane dotyczyły tylko w części wspólnej inwestycji prowadzonej na nieruchomości będącej własnością jednej ze spółek, w sytuacji, gdy w wyniku rozliczeń spółka ta - poprzez wystawienie refaktur - obciążała pozostałe spółki pozostałą częścią kosztów i wykazała w refakturze, a następnie w deklaracji VAT związany z tą częścią kosztów - podatek należny. Realizując i finansując wspólną inwestycję poszczególne spółki miały prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur VAT, w których w imieniu własnymi i na rzecz pozostałych spółek ponosiły koszty usług i robót budowlano-montażowych. Takiego odliczenia mogły jednak dokonywać zgodnie z regułami zawartymi w art. 19 ust. 4 tej ustawy, tj. w najbliższym okresie, w którym poszczególne spółki wykonały czynności podlegające opodatkowaniu.
4. Refaktury dokumentowały tę samą czynność co faktura pierwotna i wobec tego ich wystawienie nie było wykonaniem czynności podlegających opodatkowaniu w rozumieniu art. 2 ust. 1 i art. 19 ust. 4 ustawy o VAT. Gdy strony łączyła umowa o wspólnym finansowaniu inwestycji, to nie mogło być także mowy o tym. iż była to odsprzedaż usług w rozumieniu art. 5 ust. 4 tej ustawy.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi "KPM-M." Spółka z o.o. w K. na decyzję Izby Skarbowej we W. - Ośrodek Zamiejscowy w W. z dnia 31 grudnia 2001 r. (...) w przedmiocie podatku od towarów i usług za listopad 1998 r. - uchyla zaskarżoną decyzję; (...).
Zaskarżoną decyzją Izba Skarbowa we W. - Ośrodek Zamiejscowy w W., po rozpatrzeniu odwołania złożonego przez "KPM-M." Spółka z o.o. w K., uchyliła decyzję Inspektora Kontroli Skarbowej w Urzędzie Kontroli Skarbowej we W. Ośrodek Zamiejscowy w W. z dnia 30 lipca 2001 r. (...) w sprawie rozliczenia podatku od towarów i usług za listopad 1998 r. w części dotyczącej odsetek za zwłokę i określiła Spółce za ten miesiąc odsetki za zwłokę od zaległości podatkowej powstałej z tytułu powstałej z tytułu zawyżenia kwoty zwrotu różnicy podatku tj. od kwoty 109.638 zł, w wysokości 101.443,60 zł, natomiast w pozostałej części powyższą decyzję utrzymała w mocy. W uzasadnieniu tej decyzji Izba Skarbowa wyjaśniła, iż przedmiotem postępowania kontrolnego przeprowadzonego przez organ I instancji była prawidłowość rozliczeń z budżetem z tytułu podatku od towarów i usług za miesiące od czerwca 1998 r. do maja 1999 r. Spółek z o.o.: "KPM-M.", "C.-M.", "P.-M", "T.-M" i "M.-M." w K., przy czym z uwagi na fakt, że przed zakończeniem postępowania kontrolnego Spółki: "C.-M.", "P.-M", "T.-M" i "M.-M." zostały przejęte przez Spółkę z o.o. "KPM-M." w K., która jako następca prawny /sukcesor/ tych Spółek, na mocy art. 285 par. 3 Kodeksu handlowego oraz art. 93 par. 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej, wstąpiła we wszelkie, przewidziane w przepisach prawa podatkowego ich prawa i obowiązki, wydana została jedna decyzja wymiarowa na Spółkę z o.o. "KPM-M.", będącą stroną w niniejszym postępowaniu. Wydana decyzja -jak zaznaczyła Izba Skarbowa - dotyczyła rozliczenia podatku od towarów i usług z uwzględnieniem wielkości wynikających z deklaracji VAT - 7 sporządzonych przez wszystkie Spółki i które to deklaracje stanowiły jednocześnie elementy składowe rozliczenia. W nawiązaniu do zarzutów zawartych w odwołaniu złożonym przez Spółkę z o.o. "KPM-M." Izba Skarbowa w pierwszej kolejności zwróciła uwagę na to, że zarówno dokonane przez organ I instancji wyliczenia w zakresie wymiaru podatku VAT, jak również ustalony stan faktyczny przedmiotowej sprawy były prawidłowe i wobec tego przedmiotem rozważań mogła być wyłącznie ocena prawna ustalonego stanu faktycznego.
Izba Skarbowa - nie zgadzając się z argumentacją, że skoro w dniu wszczęcia kontroli Spółki przejęte tj. "P.-M", "T.-M" i "M.-M." nie były wykreślone z rejestru handlowego i funkcjonowały ich organy to należało poinformować je o prawach i obowiązkach kontrolowanego podatnika -wyjaśniła, że połączenie Spółek nastąpiło w trybie art. 283 pkt 1 Kodeksu handlowego i że postanowieniami Sądu Rejonowego w W. z dnia 31 marca 1999 r. (...) dokonano wpisu do rejestru handlowego informacji o połączeniu z dniem 31 marca 1999 r. Spółki z o.o. "KPM-M." ze Spółkami z o.o.: "P.-M", i "T.-M" oraz Spółki z o.o. "C.-M." ze Spółką "M.-M.". Następnie Spółki przejęte tj. "P.-M.", "T.-M." i "M.-M." skierowały do Urzędu Skarbowego w K. pisma z dnia 1 kwietnia 1999 r. informujące o tym, że z tym dniem Spółki "KPM-M." i "C.-M." będą występowały jako kontynuatorzy ich działalności, w drodze sukcesji uniwersalnej oraz ze bilans Spółek przejętych, będący podstawą rozliczenia roku Dodatkowego sporządzony zostanie na dzień 31 marca 1999 r. Izba Skarbowa podkreśliła także, że ze złożonych przez te Spółki w Urzędzie Skarbowym dokumentów, stanowiących podstawę do wykreślenia ich z rejestru podatników podatku od towarów i usług /NIP-2, VAT-Z/ wynikało, że Spółki przejęte z dniem 31 marca 1999 r. utraciły podmiotowość podatkową i zdolność procesową do bycia stroną w postępowaniu podatkowym prowadzonym na podstawie Ordynacji podatkowej, gdyż z tym dniem zaprzestały wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem VAT, zaniechały składania w Urzędzie Skarbowym deklaracji podatkowych VAT-7 oraz zostały wykreślone z rejestru podatników tego podatku. To - jak wyjaśniła - spowodowało, że zakresem czynności kontrolnych, prowadzonych w odniesieniu do "KPM-M." i "C.-M.", objęto również rozliczenia Spółek "P.-M", "T.-M" i "M.-M.", które do dnia 31 marca 1999 r. stanowiły odrębne podmioty podatku VAT, przy czym upoważnienia do przeprowadzenia kontroli skarbowej wystawione na Spółki z o.o. "KPM-M." i "C.-M." oraz zawiadomienia o wszczęciu postępowania kontrolnego z dnia 23 kwietnia 1999r. skierowane zostały prawidłowo do podmiotów, które z dniem 31 marca 1999 r. przejęły wszelkie prawa i obowiązki spółek przejętych.