Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Daria Gawlak-Nowakowska, Sędziowie sędzia WSA Dagmara Dominik-Ogińska, sędzia WSA Ewa Kamieniecka (sprawozdawca), Protokolant specjalista Agnieszka Dąbrowska, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 15 czerwca 2016 r. sprawy ze skargi A. spółka z o. o. w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej we W. z dnia 2 lutego 2016 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych I. uchyla zaskarżoną decyzję; II. zasądza od Dyrektora Izby Skarbowe we W. na rzecz skarżącej spółki kwotę 757 (siedemset pięćdziesiąt siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Przedmiotem zaskarżenia jest decyzja Dyrektora Izby Skarbowej we W. (dalej w skrócie: organ drugiej instancji, organ odwoławczy) z dnia 2 lutego 2016 r. nr [...], w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 289.944,00 zł z tytułu podwyższenia kapitału zakładowego A. spółki z o.o. w W. (dalej: strona, skarżąca, spółka)
Jak wynika z akt sprawy, pismem z dnia 9 czerwca 2014 r. skarżąca wniosła o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 289.944,00 zł, jaki uiściła w związku z podwyższeniem kapitału zakładowego. Uchwałą z dnia 18 października 2013 r. Nadzwyczajne Zgromadzenie Wspólników spółki podjęło decyzję o podwyższeniu kapitału zakładowego spółki (o kwotę 58.001.650 zł), poprzez utworzenie 1.160.033 nowych udziałów o wartości nominalnej i cenie emisyjnej 50 zł każdy udział. Nowoutworzone udziały zostały objęte przez wspólników spółki i w części kwoty 57.991.650 zł pokryte wkładem niepieniężnym (aportem) w postaci nieruchomości lub prawa wieczystego użytkowania. W pozostałej części, tj. 10.000 zł, pokryte zostały wkładem pieniężnym. W oparciu o podjętą uchwałę (akt notarialny Repertorium A nr [...]) notariusz pobrał podatek od czynności cywilnoprawnych w kwocie 289.944,00 zł. Zdaniem spółki, pobrany przez notariusza podatek od czynności cywilnoprawnych jest podatkiem nienależnym, ponieważ przepisy na mocy których notariusz pobrał podatek są sprzeczne z prawem europejskim. Strona wskazała, że zgodnie z art. 5 ust. 1 lit. a) Dyrektywy Rady 2008/7/WE z dnia 12 lutego 2008 r. dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (dalej: Dyrektywa 2008/7/WE), państwa członkowskie nie nakładają na spółki kapitałowe podatku pośredniego w żadnej formie w odniesieniu do wkładów kapitałowych. Odwołując się do brzmienia art. 7 ust. 1 Dyrektywy 2008/7/WE, spółka zauważyła, że prawodawca unijny umożliwił państwu członkowskiemu naliczanie podatku kapitałowego od wkładów kapitałowych wtedy gdy podatek taki nakładało na dzień 1 stycznia 2006 r. Jeżeli zaś w jakimkolwiek momencie po dniu 1 stycznia 2006 r. państwo członkowskie przestało naliczać podatek kapitałowy, to nie może go ono ponownie wprowadzić (art. 7 ust. 2 Dyrektywy 2008/7/WE). Powołując art. 2 pkt 4 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. z 2005 r., nr 41, poz. 399 ze zm.; dalej: u.p.c.c.) spółka stwierdziła, że w stanie prawnym obowiązującym przed 1 stycznia 2007 r., w przypadku wniesienia do spółki wkładu niepieniężnego (aportu), dochodziło do wyłączenia opodatkowania w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych. Dlatego też w dniu 1 czerwca 2006 r. (tj. w dacie odniesienia wskazanej w art. 7 ust. 2 Dyrektywy 2008/7/WE) aporty zwolnione z podatku VAT, były również zwolnione z podatku od czynności cywilnoprawnych. Zdaniem spółki, skoro na dzień 1 stycznia 2006 r. pokrycie kapitału zakładowego spółki kapitałowej w drodze wniesienia aportu było zwolnione z podatku od czynności cywilnoprawnych, to stosownie do art. 7 ust. 2 Dyrektywy 2008/7/WE, takie zwolnienie powinno być stosowane w odniesieniu do aportów od dnia 1 stycznia 2009 r. (czyli od dnia wejścia w życie Dyrektywy 2008/7/WE). W ocenie skarżącej, w dacie 18 października 2013 r. kiedy nastąpiło podwyższenie kapitału zakładowego spółki kapitałowej poprzez wniesienie wkładu niepieniężnego (aportu), Polska nie była uprawniona do pobrania podatku od czynności cywilnoprawnych od przedmiotowej zmiany umowy spółki, a istniejącą w tym dniu regulację ustawową (zmienione brzmienie przepisu art. 2 pkt 4 u.p.c.c.), należy uznać za niezgodne z prawem unijnym.