Zgodnie z treścią przepisu art. 165 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ w brzmieniu obowiązującym w dacie złożenia wniosku przez skarżącego, postępowanie podatkowe wszczyna się na żądanie strony lub z urzędu /par. 1/, datą wszczęcia postępowania na żądanie strony jest dzień doręczenia żądania organowi podatkowemu /par. 3/.
W świetle sformułowania zawartego w powołanym art. 165 par. 3 Ordynacji podatkowej przez sam fakt doręczenia żądania organowi podatkowemu wywołany zostaje skutek w postaci wszczęcia postępowania, samo wniesienie tegoż żądania uruchamia to postępowanie. Z tego też powodu organ podatkowy nie ma podstawy prawnej do odmowy wszczęcia postępowania podatkowego.
W postępowaniu podatkowym może wystąpić wielość stron. W razie stwierdzenia, że w danej sprawie występuje więcej osób mających interes prawny w sprawie, organ podatkowy w przypadku wszczęcia postępowania na wniosek jednej z nich powinien w stosunku do pozostałych wszcząć postępowanie z urzędu /art. 165 par. 2 i par. 4 Ordynacji podatkowej/.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu na rozprawie sprawy ze skargi Stanisława i Teresy W. na decyzję Izby Skarbowej w O. z dnia 20 listopada 2000 r. (...) w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie wymiaru opłaty skarbowej - uchyla zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję Urzędu Skarbowego w G. z dnia 11 września 2000 r. (...);
Decyzją z dnia 20.11.2000 r. (...) Izba Skarbowa w O. utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego w G. z dnia 11.09.2000 r. (...), którą odmówiono Zakładom Piwowarskim wszczęcia postępowania w sprawie wymiaru opłaty skarbowej.
Jako podstawę rozstrzygnięcia Izba Skarbowa wskazała przepis art. 233 par. 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./.
Z akt sprawy wynika, że Zakłady Piwowarskie "G." SA. w G. wystąpiły 24.07.2000 r. o wydanie decyzji w sprawie ustalenia wysokości opłaty skarbowej od umowy sprzedaży z dnia 4.11.1996 r. (...), na mocy której małżonkowie Teresa i Stanisław W. nabyli zorganizowana część przedsiębiorstwa pod nazwą "Słodownia w B.". Jednocześnie wniesiono o potrącenie należnej opłaty skarbowej z nadpłaty powstałej w związku z nienależnie zapłaconym podatkiem VAT w listopadzie 1996 r. stosownie do przepisu art. 75 Ordynacji podatkowej i o zwolnienie z obowiązku zapłacenia odsetek od nieterminowego uiszczenia opłaty skarbowej.
Urząd Skarbowy w G. wymienioną na wstępie decyzją z dnia 11.09.2000 r. (...) odmówił wszczęcia postępowania, powołując przepis art. 68 par. 1 Ordynacji podatkowej oraz art. 6 pkt 1 ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej /Dz.U. nr 4 poz. 23 ze zm./
Odwołanie od ww. decyzji wnieśli małżonkowie Teresa i Stanisław W. Domagając się jej uchylenia, podnieśli zarzut naruszenie art. 240 par. 1 pkt 4 i 5 oraz art. 247 par. 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej, poprzez przeprowadzenie postępowania bez udziału strony zobowiązanej do uiszczenia opłaty skarbowej. Wskazali też, że notariusz sporządzający aktem notarialnym (...) - umowę z dnia 4.11.1996 r., zgodnie z treścią której Teresa i Stanisław W. nabyli prawo użytkowania wieczystego nieruchomości położonej w B. oraz własność budynków znajdujących się na tej nieruchomości, wprowadził urząd skarbowy w błąd m.in. w zakresie ceny sprzedaży, pochodzenia środków za które przedmiot transakcji została nabyty, jak też celu nabycia. Organowi I instancji zarzucano odstąpienie od szczegółowej weryfikacji zapisów poczynionych przez notariusza w ww. akcie. Wbrew treści tych zapisów tymczasem, jak twierdzili odwołujący się, małżonkowie Teresa i Stanisław W. nie prowadzili na nabytej nieruchomości działalności gospodarczej lecz gospodarstwo rolne, a jego wykorzystanie do celów działalności gospodarczej miało miejsce tylko w niewielkim zakresie. Nadto podniesiono, że w akcie notarialnym nie została podniesiony fakt, iż przedmiotem transakcji była zorganizowana część przedsiębiorstwa pod nazwą "Słodowania w B.". Z tych względów, w ocenie odwołujących, czynność ta podlegała obowiązkowi podatkowemu nie z tytułu podatku VAT lecz opłacie skarbowej.
Izba Skarbowa uznała odwołanie za nieuzasadnione. Ustaliła, że umowa z 4.11.1996 r. dotyczyła sprzedaży prawa użytkowania wieczystego działki oraz budynków na niej posadowionych i urządzeń stanowiących odrębną nieruchomość. Notariusz stwierdzając fakt zawarcia przedmiotowej umowy odstąpił - na podstawie art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" powołanej ustawy o opłacie skarbowej - od pobrania tej opłaty, bowiem z tytułu jej zawarcia strona sprzedająca była podatnikiem podatku VAT. Zdaniem organu odwoławczego analiza akt podatkowych, w szczególności aktu notarialnego oraz protokołu uzgodnień z 7.10.1996 r. dotyczącego warunków sprzedaży, wykazała, iż strony ujawniły wszystkie niezbędne informacje odnośnie stanu faktycznego i prawnego przedmiotowej nieruchomości i nie polegają na prawdzie twierdzenia, jakoby będąca przedmiotem umowy nieruchomość stanowiła zorganizowaną część przedsiębiorstwa pod nazwą "Słodownia w G." Wskazano, iż zgodnie z par. 62 ust. 3 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 9 grudnia 1994 r. w sprawie opłaty skarbowej /Dz.U. nr 136 poz. 705 ze zm./ przez zorganizowaną część przedsiębiorstwa rozumie się taki zespół składników materialnych i niematerialnych, który może stanowić odrębne przedsiębiorstwo, a w szczególności zakład, sklep i punkt usługowy. Po myśli natomiast art. 55[1] i art. 55[2] kodeksu cywilnego przedsiębiorstwo, jako zespół składników materialnych i niematerialnych przeznaczonych do realizacji określonych zadań gospodarczych obejmuje wszystko co wchodzi w skład przedsiębiorstwa, a w szczególności: 1/ firmę, znaki towarowe i inne oznaczenia indywidualizujące przedsiębiorstwo, 2/ księgi handlowe, 3/ nieruchomości, 4/ patenty, wzory użytkowe i zdobnicze, 5/ zobowiązania i obciążenia, związane z prowadzeniom przedsiębiorstwa, 6/ prawa wynikające z najmu, dzierżawy lokali zajmowanych przez przedsiębiorstwo. Czynność natomiast mająca za przedmiot przedsiębiorstwo obejmuje wszystko co wchodzi w jego skład. W niniejszej sprawie zaś, jak wywodził organ II instancji, przedmiotem umowy było prawo użytkowania wieczystego nieruchomości oraz budynków na niej znajdujących się wraz z urządzeniami na trwale z nim związanych. Nie było to jednak przedsiębiorstwo lub jego zorganizowania część w rozumieniu wymienionych przepisów. Organ odwoławczy wskazał, iż organy podatkowe nie są uprawnione do kwestionowania zapisów poczynionych przez notariusza, będącego osobą publicznego zaufania, w zakresie innym niż przewidują to przepisy prawa podatkowego. Zwrócono uwagę, że strony umowy podpisując ją potwierdziły zgodność stanu faktycznego i prawnego z treścią zapisów zawartej umowy. W konsekwencji powyższego, w ocenie Izby Skarbowej, nie wystąpiły przesłanki, które w ocenie odwołujących się uzasadniały wznowienie postępowania na podstawie art. 240 par. 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej. W sprawie nie wyszły bowiem na jaw nowe okoliczności faktyczne lub dowody, które uznać można za nowe, a istniejące w dniu wydania decyzji lecz nieznane organowi, który ją wydał. Wskazano też, że nie będzie miał zastosowania art. 6 ust. 1 ustawy o opłacie skarbowej, przewidujący 5 letni okres wymiaru opłaty skarbowej w sytuacji nieujawnienia organowi podatkowemu wszystkich okoliczności mających znaczenie dla ustalenia jej wysokości, bowiem akt notarialny zawierał wszystkie niezbędne informacje dla ustalenia obowiązku podatkowego czy to podatku VAT czy też w opłacie skarbowej. Jednocześnie dyspozycja art. 6 ust. 1 ww. ustawy stanowi, iż nie można wydać decyzji w sprawie ustalenia wysokości opłaty skarbowej, jeżeli od końca roku, w którym powstał obowiązek jej uiszczenia upłynęły trzy lata. Co prawda w myśl art. 70 par. 1 Ordynacji podatkowej zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w który upłynął termin płatności podatku, jednakże przepis art. 6 ustawy o opłacie skarbowej jest przepisem szczególnym.