Skoro zatem, jak wynika z przepisu art. 12 ust. 4 pkt 4 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /t.j. Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./, przychód otrzymany na utworzenie lub powiększenie kapitału zakładowego nie zalicza się do przychodów, bowiem jego celem jest zapewnienie zgromadzenia środków niezbędnych dla funkcjonowania podatnika, nie można zaliczyć do kosztów uzyskania przychodu wydatków związanych z powiększeniem kapitału zakładowego, a stanowiących koszty zawarcia umów notarialnych z tym związanych.
W dniach od 4.07.1997 r. do 01.08.1997 r. Inspektor Kontroli Skarbowej przeprowadził kontrolę w Spółce "M.", której skutkiem był Wynik kontroli z dnia 22.08.1997 r., w którym zmniejszono stratę wykazaną przez Spółkę we wstępnym zeznaniu CIT-8 za 1996 r.
Urząd Skarbowy przeprowadził w Spółce kontrolę w zakresie prawidłowości ustalenia straty za rok podatkowy 1996, w wyniku której stwierdzono nieprawidłowości w sposobie ustalenia tak przychodu jak i kosztów. Według kontrolujących zeznane przez Spółkę w CIT-8 wielkości, mające wpływ na określenie straty na działalności gospodarczej w wysokości 142.258,26 zł. są nieprawidłowe. Przychody zeznane w wysokości 682.076,38 zł. były, zdaniem Urzędu Skarbowego, zawyżone o kwotę 2.147,16 zł. z tytułu błędnie naliczonych różnic kursowych, o kwotę 76.319,24 zł. z tytułu wartości zapasów wyrobów gotowych i produkcji w toku, natomiast zaniżone o kwotę 179.926,00 zł. z tytułu niezaewidencjonowanych przychodów ze sprzedaży wyrobów ceramicznych. Po korekcie ustalono wysokość przychodów w kwocie 783.535,98 zł.
Natomiast koszty uzyskania przychodów określone na kwotę 824.334,64 zł. były, zdaniem organu podatkowego I instancji zawyżone o 84.544,14 zł. w tym o kwotę 5.819,50 zł. z tytułu wydatków związanych z podwyższeniem kapitału zakładowego, o kwotę 226,66 zł objętą rachunkiem nie dotyczącym Spółki, o kwotę 500,00 zł. z tytułu modernizacji sieci telefonicznej, o kwotę 1.678,74 zł. z tytułu różnic kursowych i o kwotę 76.319,24 zł. z tytułu wartości zapasów. Po korekcie ustalono koszty uzyskania przychodów w wysokości 739.790,50 zł.
W oparciu o zebrany materiał dowodowy Urząd Skarbowy decyzją z dnia 24 lipca 1998 r. na podstawie art. 1 ust. 1, art. 7 ust. 3, art. 12 ust. 1-3 i ust. 4 pkt 4, art. 15 ust. 1 i art. 19 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /t.j. Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./ oraz art. 21 par. 1 pkt 1 i par. 3, art. 53 par. 4 Ordynacji podatkowej i par. 7 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 31 grudnia 1997 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 162 poz. 1124/ określił "M." spółce z ograniczoną odpowiedzialnością zobowiązanie podatkowe z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 1996 r. w kwocie 17.498,00 zł., zaległość podatkową z tytułu tego podatku w kwocie 17.498,00 zł. oraz odsetki za zwłokę od zaległości podatkowej w kwocie 11.956,80 zł.
W odwołaniu od powyższej decyzji strona zarzuciła naruszenie przepisów art. 15 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych przez nie uznanie niektórych wydatków za koszt uzyskania przychodów oraz art. 23 par. 1 i art. 125 Ordynacji podatkowej m.in. przez nieuzasadnione zastosowanie szacunku podstawy opodatkowania /przez oszacowanie części przychodów/. Strona podniosła, że nie może zgodzić się z weryfikacją przychodów Spółki w 1996 r. o kwotę 179.926,00 zł. z tytułu "nie zaewidencjonowanej sprzedaży 14.944 szt. wyrobów ceramicznych". Zdaniem Spółki w dokumentacji księgowej, w deklaracjach i zeznaniu podatkowym Spółki ujęta została pełna sprzedaż wyrobów ceramicznych dla kontrahentów krajowych i zagranicznych. Różnica między ilością wyliczoną jako wyprodukowaną i możliwą do sprzedaży nie oznacza, że nie wykazana została część sprzedaży wyrobów. W procesie produkcji odpadają wyroby nie nadające się do dalszej produkcji, na co ma wpływ jakość masy, z której produkowane są wyroby ceramiczne, wahania temperatury w piecu, błędy ludzkie. Zastrzeżenia organu podatkowego dotyczące odpowiedniego ewidencjonowania ubytków produkcyjnych nie mogą rodzić skutków w postaci zarzutu nie zaewidencjonowania pełnej sprzedaży wyrobów. Zarzuciła strona, że organ podatkowy pominął w swoich ustaleniach zeznania świadków rzeczoznawców, słuchanych na okoliczności produkcji i powstawania w jej trakcie ubytków, uznając zeznania te za hipotetyczne w odniesieniu do produkcji wykonanej przez Spółkę w listopadzie i grudniu 1996 r. Zdaniem strony, brak udokumentowania ubytków w procesie produkcji i poza nim nie może eliminować ich z rzeczywistości.