Odnosząc powyższe do niniejszej sprawy zauważyć należy, że Minister Infrastruktury w toku postępowania odwoławczego dopuścił się również naruszenia przywołanej wyżej zasady. Dokonując bowiem kontroli decyzji Wojewody [...] w kontekście sporządzonego operatu szacunkowego Minister Infrastruktury zakwestionował stanowisko organu pierwszej instancji, który przyjął, że stawka opłaty rocznej na realizację urządzeń infrastruktury technicznej i innych celów publicznych oraz działalność sportową, powinna wynosić 3%. Minister Infrastruktury uznał, że powinna ona wynieść 1%. Skoro zatem organ odwoławczy niejako "orzekł zamiast organu pierwszej instancji", innymi słowy w uzasadnieniu merytorycznie wypowiedział się co do okoliczności sprawy, nie miał podstaw do zastosowania przepisu art. 138 § 2 k.p.a. Nie przewiduje on bowiem orzekania przez organ co istoty sprawy, a jedynie upoważnia do uchylenia decyzji nakazując wyartykułowanie uchybień okoliczności, które organ pierwszej instancji winien wziąć pod uwagę przy ponownym rozpatrywaniu sprawy. Chcąc orzekać co do istoty sprawy (tak w Minister infrastruktury) należałoby zastosować tryb z art. 138 § 1 pkt 2 k.p.a.
Za niezasadny uznał również Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie zarzut skarżącego dotyczący doliczenia do kwoty odszkodowania podatku VAT w wysokości 23%. Zauważyć należy, że ustalenie odszkodowania w niniejszej sprawie nastąpiło w trybie specustawy drogowej nastąpiło na podstawie art. 18 ust. 1 tej ustawy oraz art. 134 ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r., o gospodarce nieruchomościami (Dz.U. z 2010 r., nr 102, poz. 651 ze zm.) dalej jako u.g.n., który ma kluczowe znaczenie dla ustalenia wysokości odszkodowania. Zgodnie z art. 134 ust. 1 u.g.n. podstawę ustalenia wysokości odszkodowania stanowi, z zastrzeżeniem art. 135 u.g.n., wartość rynkowa nieruchomości. W myśl art. 151 u.g.n. wartość rynkową nieruchomości stanowi najbardziej prawdopodobna jej cena, możliwa do uzyskania na rynku. Zarówno w powołanych przepisach jak i w żadnych innych nie ma mowy o tym, że do kwoty odszkodowania z tytułu wywłaszczenia (przejęcia z mocy prawa) dodaje się kwotę należnych podatków oraz danin. Regulacja ustawowa w tym zakresie jest jednoznaczna. Potwierdzenie takiego stanowiska znaleźć można m. in. w zapisie § 11 cytowanego rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 21 września 2004 r., który przesądza o tym, iż przy określaniu wartości rynkowej nieruchomości w podejściu dochodowym nie uwzględnia się amortyzacji, kredytu i jego kosztów, podatku dochodowego oraz innych opłat i podatków związanych ze sprzedażą nieruchomości". Wprawdzie powyższy zapis dotyczy podejścia dochodowego, a nie porównawczego, który ma zastosowanie w niniejszej sprawie, jednakże zarówno podejście dochodowe jak i porównawcze prowadzi do określenia wartości rynkowej, a zatem podstawowe zasady ich stosowania muszą być jednakowe. Skoro w podejściu dochodowym podstawą określania wartości są dochody wskazane na m. in. na podstawie czynszów i wydatków operacyjnych, których poziom przyjmujemy bez VAT-u, to analogicznie w podejściu porównawczym "ceny transakcyjne" stanowiące podstawę określania wartości rynkowej nie powinny zawierać podatku VAT. Mając na uwadze powyższe wywody sąd nie podzielił zarzutu skargi, iż wysokość odszkodowania powinna zostać powiększona o podatek VAT w wysokości 23%. Organ administracji publicznej działa na podstawie przepisów prawa, a te takiej możliwości powiększenia odszkodowania na etapie wydawania władczej decyzji administracyjnej w ogóle nie przewidują. Podkreślić również należy, że stanowisko to znajduje swoje odzwierciedlenie w orzecznictwie sądów administracyjnych (por. wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 23 marca 2011 r., sygn. akt I SA/Wa 2387/10, lex nr 750708, sygn. akt I SA/Wa 65/10, lex nr 673619).
Ponownie rozpoznając sprawę organ przeprowadzi postępowanie z uwzględnieniem stanowiska wyrażonego w niniejszym uzasadnieniu.
Mając na uwadze wszystkie wyżej wskazane okoliczności, sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) oraz art. 152 i 200 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, orzekł jak w sentencji wyroku.