Mając na uwadze powyższe, Wojewoda [...] decyzją z dnia [...] maja 2011 r., nr [...] orzekł o wywłaszczeniu na rzecz Skarbu Państwa prawa użytkowania wieczystego ustanowionego na nieruchomości położonej w gminie K., oznaczonej w ewidencji gruntów jako działki nr [...] o powierzchni [...] ha, nr [...] o pow. [..] ha. nr [...] "o pow. [...] ha, nr [...] o pow. [...] ha i nr [...] o pow. [...] ha oraz ustalił odszkodowanie za dokonane wywłaszczenie na kwotę [...] zł.
Od powyższej decyzji [...] S.A. wniosły odwołanie do Ministra Infrastruktury zarzucając organowi nieprawidłowe ustalenie kwoty należnego odszkodowania w wyniku nie doliczenia do kwoty odszkodowania podatku VAT w wysokości 23%.
W toku postępowania odwoławczego powołując się na treść stosownych zapisów ustawy z dnia 18 października 2006 r., o zmianie ustawy o szczególnych zasadach przygotowania i realizacji inwestycji w zakresie dróg krajowych oraz o zmianie niektórych ustaw (Dz. U. nr 220, poz. 1601 ze zm.), przepisy ustawy z dnia 10 kwietnia 2003 r., o szczególnych zasadach przygotowania i realizacji inwestycji w zakresie dróg publicznych (Dz. U. nr 80, poz. 721 ze zm.) organ przeanalizował kolejne etapy postępowania wywłaszczeniowego uznając, że zostało ono wszczęte i przeprowadzone prawidłowo. Odnosząc się do spornej kwestii to jest odszkodowania również w pierwszej kolejności przeanalizował przepisy u.g.n. oraz przepisy Rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 21 września 2004 r., w sprawie wyceny nieruchomości i sporządzenia operatu szacunkowego (Dz.U. nr 207, poz. 2109 z zm.), który przewiduje, że przy określaniu wartości rynkowej nieruchomości gruntowej jako przedmiotu prawa użytkowania wieczystego stosuje się podejście porównawcze przyjmując ceny transakcyjne uzyskiwane przy sprzedaży nieruchomości gruntowych niezabudowanych jako przedmiotu prawa użytkowania wieczystego z uwzględnieniem wysokości stawek procentowych opłat rocznych i niewykorzystanego okresu trwania prawa użytkowania wieczystego. Jeśli na rynku brak jest transakcji sprzedaży nieruchomości jako przedmiotu prawa użytkowania wieczystego, wartość rynkową nieruchomości określa się na podstawie wzajemnych relacji pomiędzy cenami nieruchomości jako przedmiotu prawa własności uzyskiwanymi przy transakcjach dokonywanych na innych porównywalnych rynkach nieruchomości. Minister Infrastruktury wyjaśnił, że w przedmiotowej sprawie podstawę dla ustalenia odszkodowania stanowi operat szacunkowy sporządzony przez rzeczoznawcę majątkowego H. W. w dniu [...] grudnia 2010 r. w którym wartość prawa użytkowania nieruchomości ustalono na kwotę [...] zł. Organ odwoławczy zauważył, że analizą zostały objęte transakcje nieruchomościami gruntowymi wolnymi od zabudowy, zawartymi w okresie ostatnich dwóch lat, przeznaczonych pod inwestycje drogowe z terenu gminy K. oraz gmin sąsiednich powiatu [...]. Do ostatecznego porównania przyjęto [...] transakcji nieruchomościami drogowymi z terenu powiatu lublinieckiego. Wartość rynkowa prawa własności gruntu została określona na kwotę [...] zł, natomiast wartość użytkowania wieczystego na kwotę [...] zł. Minister Infrastruktury uznał, że operat szacunkowy został sporządzony wadliwie. W pierwszej kolejności organ zaznaczył, że rzeczoznawca majątkowy nie zawarł w operacie szacunkowym żądnych wyjaśnień co do możliwości wyceny tego prawa w oparciu o procedury wskazane w rozporządzeniu z dnia 21 września 2004 r. W szczególności nie wyjaśnił tego czy na analizowanym rynku zaistniała dostateczna ilość transakcji pozwalająca na oszacowanie przedmiotowego gruntu przy zastosowaniu sposobów wyceny opisanych w § 29 ust. 1 i 2 rozporządzenia. Minister Infrastruktury wyjaśnił, że wobec braku wyjaśnień rzeczoznawcy majątkowego nie można stwierdzić czy zastosowana procedura jest prawidłowa. Kolejne zastrzeżenie organu wzbudziła wysokość stawki opłaty rocznej wnoszonej za ustanowione prawo użytkowania wieczystego. Ponieważ [...] S.A. nabyły nieruchomości będące przedmiotem niniejszego postępowania na podstawie decyzji uwłaszczeniowej Wojewody [...] z dnia [...] października 2007 r., stosownie do art. 8 ustawy z dnia 10 października 2007 r., o transporcie kolejowym (Dz. U. nr 16, poz. 94 ze zm.) odstępuje się od naliczania opłat z tytułu użytkowania wieczystego gruntu objętego tą decyzją, bowiem grunty zajęte pod infrastrukturę kolejową są zwolnione z opłat za użytkowanie wieczyste. Minister Infrastruktury zaznaczył również, że przedmiotowa nieruchomość stanowi infrastrukturę kolejową i stosownie do u.g.n., dla tej nieruchomości obwiązuje stawka opłaty rocznej w wysokości 1%, tym samym brak jest podstaw do uwzględniania w operacie tej stawki w wysokości 3%. Dalej organ odwoławczy zauważył, że w dniu 26 sierpnia 2011 r., weszło w życie rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 14 lipca 2011 r., zmieniające rozporządzenie w sprawie wyceny nieruchomości i sporządzania operatu szacunkowego (Dz. U. nr 165, poz. 385) w związku z tym operat szacunkowy sporządzony dla potrzeb niniejszego postępowania powinien odpowiadać treści nowego § 36 ust. 1 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 21 września 2004 r., tymczasem w sporządzonym operacie szacunkowym rzeczoznawca majątkowy nie określił jakie było przeznaczenie szacowanego gruntu na dzień wydania decyzji o ustaleniu lokalizacji drogi. Biegły ograniczył się jedynie do wskazania, że nieruchomość ta została objęta decyzją o ustaleniu inwestycji celu publicznego i na tej podstawie dobrał nieruchomości podobne. Ponadto w opracowaniu brak jest przeznaczenia nieruchomości porównawczych, nie wskazano jakie było ich pierwotne przeznaczenie określone w dokumentach planistycznych. Odnosząc się do zarzutu naliczenia podatku VAT Minister Infrastruktury wyjaśnił, że podatek VAT jest jednym z narzędzi polityki fiskalnej państwa i powinien być traktowany wyłącznie jako element wpływu państwa na wolny rynek, jako swoisty element warunków sprzedaży. Tym samym określana przez rzeczoznawcę majątkowego w operacie szacunkowym wartość rynkowa przedmiotu wyceny może być traktowana wyłącznie jako wartość nie obejmująca podatków i opłat lokalnych oraz innych obciążeń związanych z realizacją umowy. Tylko taka sytuacja gwarantuje, że tak określona wartość nieruchomości będzie najlepszym odzwierciedleniem sytuacji panującej na wolnym rynku i nie będzie zawierała w sobie czynników nie będących czynnikami rynkowymi. Organ powołał się przy tym na orzecznictwo sądów administracyjnych.