Organ dokonując w dalszej części wykładni terminu "rażące naruszenie prawa" zawartego w art. 247 § 1 pkt 3 O.p. wskazał, że nie został on zdefiniowany w przepisach ustawy Ordynacja podatkowa, w związku z tym wskazał, że stosując wymieniony przepis prawa, należy dokonać jego interpretacji w odniesieniu do konkretnego przypadku i odwołał się do Słownika Języka Polskiego pod red. M. Szymczaka (Warszawa 1993 r., tom III s. 24), według którego "rażący" to dający się łatwo stwierdzić, wyraźny, oczywisty, niewątpliwy, bezsporny. Organ również wskazał m. in., że w orzecznictwie sądowym utrwalił się pogląd, że jako rażące naruszenie prawa nie należy traktować błędów w wykładni prawa, ale przekroczenie prawa w sposób jasny i niedwuznaczny.
W dalszej części uzasadnienia postanowienia, organ podatkowy wskazał, że istota sprawy sprowadza się do odpowiedzi na pytanie, czy argumenty wnioskującej strony, kwestionujące prawidłowość rozstrzygnięcia organu podatkowego pierwszej instancji z powodu zmiany orzecznictwa sądowego, wyczerpują przesłankę stwierdzenia nieważności postanowienia, o której mowa w art. 247 § 1 pkt 3 O.p. Dyrektor Izby Skarbowej w S. wyjaśnił, że na podstawie art. 76a § 2 pkt 2 O.p. nadpłatę ujawnioną w korekcie deklaracji dla podatku od towarów i usług, niezależnie od przyczyn jej dokonania, organy podatkowe zaliczały na poczet zaległości podatkowych z dniem złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. W związku z tym odsetki za zwłokę od zaległości podatkowych ujawnionych w następstwie złożenia korekty deklaracji dla podatku od towarów i usług naliczano za okres do dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Pogląd, że nadpłaty ujawnione w korektach deklaracji zalicza się z dniem złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty - jak dalej uzasadnił organ - znalazł akceptację w orzecznictwie sądów administracyjnych, na co przywołał wyrok z 18 lutego 2009 r. w sprawie o sygn. akt. I SA/Lu 636/08 oraz wyrok z dnia 9 lipca 2009 r., sygn. akt. I SA/Sz 334/09, w którym Sąd stwierdził, że organy podatkowe prawidłowo uznały, że odpowiednio do art. 73 § 1 pkt 6 O.p., przepisu obowiązującego w dacie powstania zobowiązania i złożenia korekty deklaracji wraz z wnioskiem o zarachowanie na poczet zaległości, nadpłata powstała z dniem złożenia korekty deklaracji w podatku od towarów i usług.
Organ wskazał również, że orzecznictwo w tej kwestii nie było jednolite, i przywołał wyrok NSA z dnia 24 października 2006 r., sygn. akt I FSK 36/06, w którym Naczelny Sąd Administracyjny wskazał m.in., że "Skoro bowiem Skarb Państwa od dnia powstania nadpłaty (por. art. 73 § 1 pkt 1) dysponuje nienależną wpłatą podatku od dnia jej dokonania, nie byłoby zgodne z zasadą sprawiedliwości społecznej przesuwanie terminu zaliczenia tej nadpłaty na poczet zaległości podatkowej podatnika z dnia zaistnienia tej nadpłaty na dzień wystąpienia przez niego z wnioskiem o jej stwierdzenie, W przeciwnym bowiem wypadku podatnik w zaistniałej sytuacji byłby podwójnie pokrzywdzony: mimo wcześniejszej zapłaty Skarbowi Państwa zobowiązania podatkowego w wysokości wyższej od należnej, byłby jednocześnie karany w formie odsetek z tytułu zaległości podatkowej za okres do złożenia wniosku o stwierdzenie tej nadpłaty".