W ocenie Sądu, konstrukcja przepisów regulujących kwestię nadpłaty podatku, moment jej powstania i zaliczenia na poczet zaległości podatkowej nie pozostawia żadnych wątpliwości interpretacyjnych, przepisy bowiem ustawy Ordynacja podatkowa wprost określają obowiązujące zasady, które prawidłowo zostały zastosowane przez organy podatkowe w przedmiotowej sprawie. Nie ma żadnych wątpliwości, że w zakresie objętym zaskarżonym postanowieniem obowiązywał stan prawny wynikający z art. 73 § 1 pkt 6 O.p., który utracił moc dopiero z upływem dnia 31 grudnia 2008 r. Zaskarżone postanowienie bowiem, obejmuje zdarzenia dotyczące nadpłaty za miesiąc luty 2008 r. zaliczonej na poczet zaległości w podatku od towarów i usług za miesiąc listopad 2007 r. oraz odsetki za zwłokę od tej zaległości, a zatem zdarzenia opisane w deklaracji podatkowej zaistniałe w okresie czasowym, kiedy obowiązywał art. 73 § 1 pkt 6 O.p.
Mając na uwadze powyższe, Sąd uznał, że organ odwoławczy w sposób poprawny wyjaśnił na czym polega rażące naruszenie prawa, a następnie jasno i wyraźnie wskazał, dlaczego zmiana linii orzeczniczej nie stanowi rażącego naruszenia prawa. Sąd nie doparzył się uchybień ze strony organu podatkowego w dokonanej interpretacji przepisów prawa. Zdaniem Sądu, Dyrektor Izby Skarbowej w S. prawidłowo uznał, że nie doszło do rażącego naruszenia prawa przy wydaniu ostatecznego postanowienia Naczelnika Trzeciego Urzędu Skarbowego S.
z dnia [...]. Z tych też względów, należało stwierdzić, że zaskarżone postanowienie i poprzedzające je postanowienie organu I instancji zapadło bez naruszenia prawa, zarówno materialnego jak i procesowego.
Uznając podniesione w skardze zarzuty za nieuzasadnione, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie na mocy art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1271 ze zm.), orzekł jak w sentencji.