Organ ten ustalił również, że spółka M. B. w złożonych w dniu 01.07.2013 r. korektach deklaracji podatkowych VAT-7 za ww. okresy dokonała zmniejszenia kwot podatku należnego, jak i naliczonego.
Przytaczając brzmienie odpowiednich przepisów ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. nr 54, poz. 535 ze zm.) - dalej: u.p.t.u. - organ kontroli skarbowej wskazał, że w myśl art. 88 ust. 3a pkt 4a lit. a) tej ustawy, nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury w przypadku gdy wystawione faktury lub faktury korygujące stwierdzają czynności, które nie zostały dokonane - w części dotyczącej tych czynności. Ponadto, z przepisów § 16 i § 17 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 25 maja 2005 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2005 r., nr 95, poz. 798 ze zm.) - dalej: rozporządzenie MF - nie wynika, aby ustawodawca przyznał podatnikom prawo do wystawiania korekt faktur VAT, w których ujęto transakcje gospodarcze nie odzwierciedlające rzeczywistego przebiegu. Organ I instancji wskazał też, że stosownie do art. 108 ust. 1 u.p.t.u. w przypadku gdy osoba prawna, jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku, jest obowiązana do jego zapłaty, przy czym - zdaniem organu - przez wystawienie faktury, o której mowa w tym przepisie, należy rozumieć sporządzenie dokumentu i przekazanie go innemu podmiotowi. Z kolei o wprowadzeniu faktury do obrotu prawnego można mówić wówczas, gdy została ona odebrana przez nabywcę.
W ocenie organu kontroli skarbowej zgromadzony w sprawie materiał dowodowy wykazał, że wystawcą przedmiotowych faktur VAT w 2008 r. była spółka z o.o. M. B. (poprzednio: J.K. B.), które to faktury zostały odebrane przez spółkę I. C.. Takie działanie spowodowało, że spółka M. B. wprowadziła do obrotu prawnego tzw. "puste faktury" (nie odzwierciedlające rzeczywistego przebiegu zdarzenia gospodarczego) w celu umożliwienia nabywcy odliczenia podatku zawartego w tych fakturach.
W związku z tym organ uznał, że spółka M. B. z tytułu wystawienia w 2008 r. na rzecz spółki I. C. faktur VAT dokumentujących dostawę wyrobów (płyt stropowych) i materiałów, winna wpłacić do właściwego urzędu skarbowego podatek wykazany w tych fakturach w terminie, o którym mowa w art. 103 ust. 1 u.p.t.u. Kwoty tego podatku do zapłaty Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w S. określił w ww. decyzji z dnia 27.09.2013 r.