Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia NSA Zygmunt Chorzępa, Sędziowie Sędzia WSA Marzena Kowalewska,, Sędzia WSA Anna Sokołowska (spr.), Protokolant Gabriela Porzezińska, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 16 lutego 2012 r. sprawy ze skargi N. Spółki z ograniczoną odpowiedzialnością w S. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej z dnia 17 października 2011 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji określającej zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. oddala skargę.
Dyrektor Izby Skarbowej w S. decyzją z dnia [...] nr [...] utrzymał w mocy decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w S. z dnia [...] nr [...] odmawiającą stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej Naczelnika Trzeciego Urzędu Skarbowego w S. z dnia [...] nr [...] określającej N. Spółce z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w S. wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. w kwocie [...] zł.
Z uzasadnienia zaskarżonej decyzji wynika, iż Naczelnik Trzeciego Urzędu Skarbowego w S., po przeprowadzeniu postępowania podatkowego w sprawie określenia Spółce zobowiązania podatkowego za 2003 r., wydał w dniu
[...] decyzję nr [...] określającą ww. Spółce wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. w kwocie [...] zł.
W dniu 5 czerwca 2006 r. Dyrektor Izby Skarbowej w S. w ramach kontroli instancyjnej sprawy zainicjowanej złożonym przez stronę odwołaniem - uchylił ww. decyzję w całości i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia.
W wyniku ponownego rozpatrzenia sprawy Naczelnik Trzeciego Urzędu Skarbowego w S., decyzją z dnia [...], nr [...] określił Spółce wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych za 2003 r. w kwocie [...] zł, stwierdzając nieprawidłowości w prowadzonej przez wymienioną Spółkę działalności, polegające między innymi na zaniżeniu przychodów o wartość nieodpłatnych świadczeń z tytułu użytkowania w okresie od 1 lutego do 31 grudnia 2003 r. dwóch ciągników siodłowych (o numerach rejestracyjnych [...]) należących do firmy R. T.Z., zawyżeniu kosztów uzyskania przychodów, wynikające z wystawionych faktur przez ww. firmę R. T.Z. na rzecz podatnika za niewykonane usługi transportowe wyżej wymienionymi ciągnikami, zawyżenie przychodów poprzez zaliczanie do nich wartości z faktur wystawionych przez podatnika na rzecz R. z tytułu zakupu paliwa i innych usług, dotyczących ww. pojazdów.
Powyższa decyzja Naczelnika Trzeciego Urzędu Skarbowego w S. dnia [...], zgodnie z art. 150 § 2 Ordynacji podatkowej, została uznana za skutecznie doręczoną wraz z upływem ostatniego dnia okresu, przez który pismo przechowywano w placówce pocztowej (tj. z dniem 30 października 2009 r.). Strona nie odwołała się od ustaleń zawartych w powyższej decyzji, wobec czego stała się ona ostateczna.
W dniu 4 grudnia 2009 r. Spółka złożyła wniosek o wznowienie postępowania w sprawie zakończonej ww. decyzją ostateczną, powołując się przy tym na treść art. 240 § 1 pkt 4 ustawy Ordynacja podatkowa. W dniu 29 stycznia 2010 r. Naczelnik Trzeciego Urzędu Skarbowego w S., zgodnie z art. 243 § 1 Ordynacji podatkowej wznowił postępowanie podatkowe. Postępowanie to zostało zakończone poprzez wydanie w dniu [...] przez Naczelnika Trzeciego Urzędu Skarbowego w S. decyzji, nr [...] odmawiającej uchylenia decyzji ostatecznej z dnia [...], nr [...], którą określono Spółce wysokość zobowiązania podatkowego z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r. w kwocie [...] zł. Potwierdzenie tego stanowiska znalazło również wyraz w decyzji Dyrektora Izby Skarbowej w S. z dnia [...] nr [...]. Rozstrzygnięcie to zostało zaskarżone przez Spółkę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w S., który wyrokiem z dnia 10 listopada 2010 r., sygn. akt I SA/Sz 661/10, oddalił skargę.