Zaznaczyć należy, że Dyrektor Izby Skarbowej w motywach zaskarżonej decyzji, będącej przedmiotem zaskarżenia w niniejszej sprawie, zasadnie wskazał, że skoro (na etapie postępowania odwoławczego - przyp. Sądu) w obrocie prawnym funkcjonuje decyzja określająca skarżącemu wysokość zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym należnym z tytułu sprzedaży prawa użytkowania wieczystego działki nr 1146 oraz budynku mieszkalnego stanowiącego odrębną nieruchomość - w dniu 20 maja 2009r. (chodzi o decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego z dnia [...] listopada 2011r. Nr [...] i Dyrektora Izby Skarbowej z dnia [...] lutego 2012r. Nr [...]), to brak podstaw do stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych. Należycie organ odwoławczy umotywował, że z mocy art. 72 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Istnienie w obrocie prawnym decyzji określającej zobowiązanie w podatku (przeciwnie niż to wynika ze złożonej korekty deklaracji) stanowi podstawę do odmowy stwierdzenia nadpłaty.
Natomiast, jak już wyżej wskazano, skoro decyzje (wydane przez organy obu instancji) w przedmiocie określenia zobowiązania w podatku zostały uchylone, to prawną konsekwencją, którą Sąd był zobowiązany wziąć pod uwagę w postępowaniu sądowo-administracyjnym, jest konieczność uchylenia zaskarżonej decyzji i utrzymanej nią w mocy decyzji wydanej przez organ I instancji w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty, bowiem w obrocie prawnym nie funkcjonują decyzje, którymi organy zakwestionowały złożoną korektę deklaracji.
W tym miejscu należy jeszcze podkreślić, że Sąd uznaje za zbędne zamieszczenie w uzasadnieniu zaskarżonej w niniejszej sprawie decyzji, jak również poprzedzającej ją decyzji wydanej przez organ I instancji, argumentacji co do wykładni i zastosowania art. 21 ust. 1 pkt 126 lit. a ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych odnośnie zdarzenia objętego postępowaniem w kierunku określenia zobowiązania podatkowego. Jest to jednak uchybienie, które nie miało wpływu na rozstrzygnięcie Sądu.
Mając na uwadze powyższe Sąd uchylił zaskarżoną decyzję oraz utrzymaną nią w mocy decyzję wydaną przez organ I instancji, gdyż wyeliminowanie również tej ostatnio wymienionej decyzji jest niezbędne do końcowego załatwienia sprawy (art. 145 § 1 pkt 1 lit.c i art. 135 p.p.s.a.).
Sąd orzekł również po myśli art. 152 p.p.s.a. (pkt 2 sentencji wyroku) oraz, na podstawie art. 200 p.p.s.a., o kosztach postępowania sądowego (373zł z tytułu uiszczonego wpisu, 17zł tytułem opłaty skarbowej od udzielonego pełnomocnictwa i 1200zł tytułem kosztów zastępstwa skarżącego przez doradcę podatkowego - §3 ust. 1 pkt 1 lit.d Rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 31 stycznia 2011r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi oraz szczegółowych zasad ponoszenia kosztów pomocy prawnej udzielonej przez doradcę podatkowego z urzędu - Dz.U. Nr 31, poz. 153).