W niniejszej sprawie organy stanęły na stanowisku, że w przypadku skarżącej dokonana przez nią czynność podlegała opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych, albowiem Polska skorzystała z możliwości swoistego rodzaju zawężenia definicji spółki kapitałowej, jaka funkcjonuje na gruncie przepisów Dyrektyw 69/335/EWG i 2008/7/WE. Ich zdaniem przejawem tego było uchwalenie ustawy nowelizującej, mocą której do ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych wprowadzono legalną definicję spółki osobowej. Z dniem 1 maja 2004 r. dodano mianowicie przepis art. 1 a, który w pkt 1 stanowi, że przez spółkę osobową należy rozumieć spółkę: cywilną, jawną, partnerską, komandytową lub komandytowo-akcyjną.
Odmiennego zdanie jest skarżącą, w której ocenie dodanie art. 1 a do ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych stanowi jedynie wyraz jedynie chęci wyjaśnienia określonych pojęć, a nie skorzystania z możliwości przewidzianej w art. 3 ust. 2 Dyrektyw 69/335/EWG.
Dokonując analizy i oceny przeciwstawnych poglądów organów podatkowych i skarżącej, pod kątem legalności, rację należy przyznać organom, że wprowadzenie do ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych art. 1 a jest wyrazem skorzystania z opcji przewidzianej w art. 3 ust. 2 Dyrektywy 69/335/EWG, którego odpowiednikiem jest obecnie art. 9 Dyrektywy 2008/7/WE. W tym zakresie należy powtórzyć za NSA (wyrok z 19 marca 2015 r., sygn. II FSK 627/13 - dost. w CBOiS), że ani Dyrektywa 69/335/EWG, ani inne przepisy prawne nie narzucają legislacyjnej techniki, w jakiej w prawie krajowym spółki osobowe miałyby być wyłączone spod pojęcia "spółki kapitałowej" w znaczeniu jakie dopuszcza Dyrektywa 2008/7/WE. Ustawodawca w reakcji na dyrektywę może bowiem dokonać nowelizacji aktu prawnego będącego w polu regulacyjnym dyrektywy, a stwierdzając zgodność ustawy z wydawaną dyrektywą, może nie podejmować interwencji legislacyjnych.
Wprawdzie skorzystanie z zastrzeżenia przewidzianego w art. 3 ust. 2 Dyrektywy 69/335/EWG, poprzez wprowadzenie do ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych definicji ustawowych, z uwagi na przyjętą technikę ustawodawczą, może powodować, że skorzystanie z zastrzeżenia nie jest dostatecznie wyraźne, jednakże pozbawianie skuteczności prawnej tego zabiegu legislacyjnego nie znajduje uzasadnionych podstaw. Mamy w tym wypadku bowiem do czynienia z aktem rangi ustawowej, a więc powszechnie obowiązującym, tak więc negowanie jego skuteczności, w kontekście art. 3 ust. 2 Dyrektywy 69/335/EWG, tylko w oparciu o kryteria oparte na przyjętej technice legislacyjnej, nie może zasługiwać na aprobatę.
Ustosunkowując się do zacytowanych przez skarżącą, zarówno we wniosku, odwołaniu, jaki i skardze wyroków NSA, w których Sąd ten stanął na odmiennym stanowisku, niż to, które przyjął Sąd w niniejszej sprawie, co do nieskorzystania przez Polskę z możliwości przewidzianej w art. 3 ust. 2 Dyrektywy 69/335/EWG stwierdzić należy, Sąd nie podziela tych poglądów. Wobec bowiem jednoznacznego zdefiniowania w ustawie o podatku od czynności cywilnoprawnych pojęcia spółki osobowej nie sposób jest przyjmować, że na gruncie szeroko rozumianego prawa podatkowego, w polskim porządku prawnym definicja ta różni się od tej funkcjonującej na gruncie K.s.h.
Na marginesie niniejszych rozważań dodać należy, że brak jest podstaw do utożsamiania, między innymi na gruncie przepisów podatkowych, co sugeruje skarżąca, spółki komandytowo-akcyjnej z komandytową, stąd też nie można stosować do drugiej z tych spółek regulacji dotyczących bezpośrednio spółki komandytowo-akcyjnej, w których elementy klasycznych spółek kapitałowych odgrywają znaczącą rolę.
W okolicznościach przedmiotowej sprawy Sąd nie dopatrzył się też uchybień natury proceduralnej. Organy obu instancji przeprowadziły bowiem postepowanie zgodnie z wymogami jakie w tym zakresie wynikają z regulacji Ordynacji podatkowej. W tej materii dodać należy, że skarżąca formułując zarzuty związane z naruszeniem prawa formalnego, wskazując na art. 120, art. 121 § 1 czy art. 187 § 1 i art. 191 Ordynacji podatkowej, w istocie powołuje się na kwestie merytoryczne, dotyczące prawnego zakwalifikowania stanu faktycznego sprawy, który jest bezsporny między stronami, i jego prawnopodatkowych konsekwencji, z punktu widzenia odpowiednich przepisów prawa materialnego. W tym zaś zakresie, jak to już wyżej stwierdzono, stanowisko organów nie budzi wątpliwości, z punktu widzenia legalności.
Mając na uwadze powyższe Sąd, na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2017 r., poz. 1369, ze zm.) oddalił skargę.