We wniosku o stwierdzenie nadpłaty i zwrot podatku podkreślono także, że zakres przedmiotowy definicji spółki kapitałowej, sformułowany we wskazanych wyżej Dyrektywach jest szerszy od tego, który obowiązuje na gruncie przepisów ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, obejmuje bowiem również spółkę komandytowo-akcyjną. W związku z tym winno to skutkować objęciem zasadami opodatkowania obowiązującymi w Dyrektywach również spółek komandytowo-akcyjnych i komandytowych.
Niezależnie od powyższego, powołując się na orzecznictwo Naczelnego Sądu Administracyjnego (NSA) skarżąca zaznaczyła, że w sprawie brak jest podstaw do niezastosowania art. 7 ust. 2 Dyrektywy 2008/7/WE. Skoro, więc Polska zaprzestała pobierania tego rodzaju podatku od podwyższenia kapitał zakładowego w drodze wniesienia aportu, to nie mogła go wprowadzić ponownie.
Naczelnik Urzędu Skarbowego, decyzją z dnia [...] września 2016 r., odmówił skarżącej stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych oraz zwrotu nadpłaconego podatku. W ocenie organu zmiana umowy spółki komandytowej podlegała opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych, co wynika w sposób jednoznaczny z art. 1 ust. 1 pkt k w związku z pkt 2 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych. W świetle tych i innych przepisów ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych bez znaczenia pozostaje kwestia opodatkowania lub zwolnienia od podatku od towarów i usług czynności, w postaci wniesienia aportu. W sprawie nie znajduje bowiem zastosowanie zwolnienie, o którym mowa w art. 2 pkt 4 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, jako że umowy spółki zostały wprost wyłączone z zakresu omawianego zwolnienia.
Rozstrzygający sprawę organ podkreślił ponadto, że nie sposób podzielić stanowiska skarżącej, że spółkę komandytowa można objąć definicją spółki kapitałowej, w rozumieniu Dyrektywy 2008/7/WE. W myśl bowiem art. 9 powołanego aktu, państwa członkowskie mogły, na użytek nakładania podatku kapitałowego, zdecydować o nieuznawaniu podmiotów o których mowa w art. 2 za spółki kapitałowe, co Polska uczyniła.
Organ zauważył również, że zgodnie z art. 2 ust. 1 pkt c Dyrektywy 2008/7/WE, ogół praw wspólnika spółki osobowej, zgodnie z art. 10 § 1 i § 2 ustawy z dnia 15 września 2000 r. Kodeks spółek handlowych. (Dz. U. z 2017 r. poz. 1577, zwanej dalej K.s.h.), może być przeniesiony na osobę trzecią, gdy przewiduje to umowa spółki, a zgodę na to wyrażą pozostali wspólnicy. W przypadku skarżącej, będącej spółką osobową, sytuacja nie zachodzi.