Niezależnie od powyższego, powołując się na orzecznictwo Naczelnego Sądu Administracyjnego (NSA) skarżąca zaznaczyła, że w sprawie brak jest podstaw do niezastosowania art. 7 ust. 2 Dyrektywy 2008/7/WE. Skoro, więc Polska zaprzestała pobierania tego rodzaju podatku od podwyższenia kapitał zakładowego w drodze wniesienia aportu, to nie mogła go wprowadzić ponownie.
Naczelnik Urzędu Skarbowego, decyzją z dnia [...] września 2016 r., odmówił skarżącej stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych oraz zwrotu nadpłaconego podatku. W ocenie organu zmiana umowy spółki komandytowej podlegała opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych, co wynika w sposób jednoznaczny z art. 1 ust. 1 pkt k w związku z pkt 2 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych. W świetle tych i innych przepisów ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych bez znaczenia pozostaje kwestia opodatkowania lub zwolnienia od podatku od towarów i usług czynności, w postaci wniesienia aportu. W sprawie nie znajduje bowiem zastosowanie zwolnienie, o którym mowa w art. 2 pkt 4 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, jako że umowy spółki zostały wprost wyłączone z zakresu omawianego zwolnienia.
Rozstrzygający sprawę organ podkreślił ponadto, że nie sposób podzielić stanowiska skarżącej, że spółkę komandytowa można objąć definicją spółki kapitałowej, w rozumieniu Dyrektywy 2008/7/WE. W myśl bowiem art. 9 powołanego aktu, państwa członkowskie mogły, na użytek nakładania podatku kapitałowego, zdecydować o nieuznawaniu podmiotów o których mowa w art. 2 za spółki kapitałowe, co Polska uczyniła.
Organ zauważył również, że zgodnie z art. 2 ust. 1 pkt c Dyrektywy 2008/7/WE, ogół praw wspólnika spółki osobowej, zgodnie z art. 10 § 1 i § 2 ustawy z dnia 15 września 2000 r. Kodeks spółek handlowych. (Dz. U. z 2017 r. poz. 1577, zwanej dalej K.s.h.), może być przeniesiony na osobę trzecią, gdy przewiduje to umowa spółki, a zgodę na to wyrażą pozostali wspólnicy. W przypadku skarżącej, będącej spółką osobową, sytuacja nie zachodzi.
Jeżeli chodzi o możliwość przewidzianą w art. 9 Dyrektywy 2008/7/WE, tj. kwestię nieuznawania podmiotów, o których mowa w art. 2 ust. 2, za spółki kapitałowe, w rozumieniu powołanego aktu, to Polska skorzystała z tej możliwości, wprowadzając do ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych definicję spółki osobowej. Tym samym spółka komandytowa nie może zostać uznana za spółkę kapitałową, w rozumieniu Dyrektywy 2008/7/WE.
W kwestii podnoszonej przez skarżącą niezgodności przepisów ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych z art. 7 ust. 1 Dyrektywy 2008/7/WE organ stwierdził, że prawo polskie nie narusza w żaden sposób wskazanej Dyrektywy, ponieważ od dnia wejścia w życie ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, a także wcześniej, nieprzerwanie od 1 lipca 1984 r., nie odstąpiono od opodatkowania umów spółki komandytowej.
Dyrektor Izby Administracji Skarbowej, po rozpatrzeniu odwołania skarżącej, decyzją z dnia [...] kwietnia 2017 r., uchylił zaskarżone rozstrzygnięcie organu I instancji i odmówił stwierdzenia skarżącej nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych oraz zwrotu nadpłaconego podatku od czynności cywilnoprawnych w żądanej wysokości, wraz z odsetkami. Co do zasady jednak, organ odwoławczy podzielił stanowisko Naczelnika Urzędu Skarbowego w kwestii niezasadności wniosku skarżącej, a powodem uchylenia zaskarżonej decyzji było jedynie nieprecyzyjne sformułowanie jej sentencji, które nie zawierało rozstrzygnięcia w przedmiocie żądania zwrotu odsetek. W ocenie Dyrektora Izby Administracji Skarbowej mogło to rodzić wątpliwości, wobec czego na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2017 r. poz. 201, ze zm., zwanej dalej Ordynacją podatkową) uchylono zaskarżoną decyzję i rozstrzygnięto całościowo o żądaniu strony.