Organy podatkowe, rozpatrując ponownie wniosek o korektę deklaracji w sprawie naliczonego podatku akcyzowego i stwierdzenia nadpłaty w tym podatku, powinny ustalić, czy ustalenie zobowiązania podatkowego na określone gatunki papierosów nie nastąpiło według wyższej stawki niż ustawowa. W przypadku natomiast, gdyby akcyza na określone gatunki papierosów była płacona przez producenta, według wyższej niż ustawowa stawki podatkowej, zobowiązanie z tego tytułu winno być określone zgodnie ze stawką przewidzianą w przepisach art. 37 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu przy udziale (...) sprawy ze skargi "R. P." SA w J. na decyzję Izby Skarbowej w P. z dnia 19 marca 2001 r. (...) w przedmiocie zwrotu nadpłaty podatku akcyzowego za wrzesień 2000 r., I. uchyla zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję Pierwszego Urzędu Skarbowego w P. (...) z dnia 1 grudnia 2000 r., (...).
Izba Skarbowa w P., decyzją z dnia 19 marca 2001 r. (...) po rozpatrzeniu odwołania "R. P." SA w J. od decyzji Pierwszego Urzędu Skarbowego w P. (...) z dnia 1 grudnia 2000 r. odmawiającej stwierdzenia nadpłaty podatku akcyzowego za wrzesień 2000 r. w wysokości 286, 611 zł, utrzymała w mocy zaskarżoną decyzję.
Ustalono, że we wrześniu 2000 r. Spółka w odniesieniu do papierosów rozliczyła podatek akcyzowy w oparciu o system mieszany kwotowo-procentowy.
W dniu 30 października 2000 r. Spółka "R. P." złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku akcyzowego za wrzesień 2000 r. Spółka twierdzi, że wyliczenie podatku akcyzowego dla papierosów: "Poznańskie Popularne Smak", "Zawisza FFBox" i "Z. L. Box" sposobem kwotowo procentowym spowodowało podwyższenie podatku akcyzowego w stosunku do pierwotnie stosowanej metody procentowej o kwotę 2 027,321 zł, a więc powstanie nadpłaty.
Izba Skarbowa stwierdziła, że stawki podatku akcyzowego dla producentów i importerów wyrobów tytoniowych określone zostały w art. 37 ust. 1 pkt 3 ustawy o podatku od towarów i usług. Na podstawie upoważnienia zawartego w art. 37 ust. 2 pkt 1 i ust. 3 pkt 1 lit. "e" tej ustawy Minister Finansów może w drodze rozporządzenia obniżyć stawki akcyzy, o których mowa w ust. 1, przy czym mogą one być wyrażane w procencie maksymalnej ceny detalicznej oraz w kwocie na jednostkę wyrobu z zastrzeżeniem, że w przypadku papierosów stawka procentowa wynosi 25 procent, a stawka kwotowa jest taka sama dla wszystkich papierosów bez względu na ich pochodzenie i właściwości.
Stosownie natomiast do par. 1 ust. 1a pkt 1 cyt. rozporządzenia z 15 grudnia 1999 r. podatnik oprócz podatku akcyzowego określonego na podstawie stawki ustalonej w art. 37 ust. 3 pkt 1 lit. "e" ustawy o VAT płaci również podatek od papierosów produkowanych w kraju przy zastosowaniu stawki kwotowej obniżonej do wysokości 37,50 zł, za 1000 sztuk.
Zaznacza się, iż producenci mogą rozliczać podatek akcyzowy według systemu mieszanego tylko wówczas, gdy opakowania papierosów oznaczone są ceną detaliczną zgodnie z art. 37 ust. 5 ww. ustawy. W przypadku natomiast braku wymaganych oznaczeń do obliczania podatku akcyzowego stosuje się stawkę procentową określoną w art. 37 ust. 1 pkt 3 ustawy o VAT /por. 1a ust. 1 cyt. rozporządzenia z dnia 15 grudnia 1999 r./.
Z powyższego wynika zatem, iż podatnicy nie mogą stosować stawek opodatkowania akcyzą według własnego uznania; do zastosowania odpowiedniej rozliczenia tego podatku obligują ich konkretne przepisy prawa.