Powyższa linia orzecznicza sądu administracyjnego w kwestii zasadności zwolnienia od opłaty skarbowej pożyczek udzielanych przez spółki prawa handlowego nie posiadających stosownych zezwoleń na te czynności bankowe ze strony Prezesa NBP została podzielona przez Sąd Najwyższy. Sąd Najwyższy w uchwale pełnego składu Izby Administracyjnej, Pracy i Ubezpieczeń Społecznych z dnia 20 lutego 1997 r. III ZP 5/97 /OSNAPU 1997 nr 14 poz. 246/ stwierdził, że "Pożyczki udzielane przez spółkę prawa handlowego nie będącą bankiem, prowadzącą z 1992 r. działalność gospodarczą w zakresie udzielania pożyczek bez zezwolenia Prezesa Narodowego Banku Polskiego, nie podlegały zwolnieniu od opłaty skarbowej. Powyższa uchwała Sądu Najwyższego dotycząca stanu prawnego z 1992 r., jest aktualną również na tle stanu prawnego z 1994 r., co wynika m.in. z przedłożonej przez stronę skarżącą opinii prof. R. Mastalskiego.
Skoro bezspornym jest, że skarżąca spółka z o.o. "S." nie uzyskała, bo wobec braku przepisów wykonawczych do Prawa bankowego uzyskać nie mogła, zezwolenia na wykonywanie takich czynności bankowych jak udzielanie pożyczek - to nie była podmiotem gospodarczym udzielającym pożyczek w rozumieniu par. 68 ust. 2 pkt 2 rozporządzenia w sprawie opłaty skarbowej.
W niniejszym stanie faktycznym do skarżącej spółki nie mają zastosowania postanowienia art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej wprowadzone przez art. 42 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50/. W szeregu swych wyrokach Naczelny Sąd Administracyjny wyjaśniał już /por. np. wyrok z dnia 20 października 1994 r., SA/Kr 1314/94 - POP 1996 nr 3 poz. 99; wyrok z dnia 27 kwietnia 1995 r., SA/Po 199/95 - POP 1996 nr 4 poz. 139/, iż podatnicy podatku od towarów i usług korzystają ze zwolnienia od opłacania opłaty skarbowej jedynie w przypadku taksatywnie wymienionych tam czynności cywilnoprawnych: umów sprzedaży, dzierżawy, poddzierżawy, najmu i podnajmu zawierane przez podatników, o których mowa w art. 5 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz inne tego rodzaju umowy, objęte zwolnieniami na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 i 2, a także umowy sprzedaży zawierane przez podatników, o których mowa w art. 14 tej ustawy, w zakresie czynności zwolnionych od podatku; umowy pożyczki zawierane pomiędzy osobami zaliczonymi do I grupy podatkowej w rozumieniu przepisów o podatku od spadków i darowizn - do wysokości kwoty nie podlegającej opodatkowaniu tym podatkiem. Ponieważ zaskarżona decyzja dotyczy opłaty skarbowej od umowy pożyczki zawartej pomiędzy osobami prawnymi, fakt, że pożyczkodawca jest zarejestrowanym podatnikiem VAT nie ma wpływu na zwolnienie go od opłaty skarbowej od udzielanych przez niego pożyczek. W ustawie o opłacie skarbowej nie ma bowiem generalnego zapisu zwalniającego od opłaty skarbowej wszystkie czynności cywilnoprawne dokonywane przez podatników podatku od towarów i usług.
Sąd wskazuje ponadto, iż nie ma w polskim prawie podatkowym żadnych zakazów wielokrotnego opodatkowania tych samych, czy też podobnych stanów faktycznych. Regułą np. jest, iż towary i usługi opodatkowane podatkiem akcyzowym, podlegają jednocześnie opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Nawet tzw. umowy międzynarodowe o zapobieżeniu opodatkowaniu nie eliminują zupełnie tego zjawiska, lecz jedynie ograniczają jego rozmiary.
Z informacji uzyskanej z Biura Orzecznictwa Sądu Najwyższego wynika też, iż odmówiono rozpoznania przez skład siedmiu sędziów Sądu Najwyższego odpowiedzi na pytanie prawne skierowane w dniu 3 sierpnia 1998 r. przez SA "M.-S.".
Nie dopatrując się naruszenia przez organy podatkowe obowiązującego prawa, na podstawie art. 27 ust. 1 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./ orzeczono jak w sentencji wyroku.