Czynności sprawdzające zakończono protokołem z dnia [...] czerwca 2016 r., w którym podatnika poinformowano o możliwości skorygowania zeznania podatkowego za 2013 rok oraz opodatkowania przedmiotowej sprzedaży, z uwagi na stwierdzenie nie spełnienia warunków do zwolnienia. Podatnik nie zgodził się z wynikiem przeprowadzonych czynności, co wyraził w złożonych dnia [...] lipca 2016 r. zastrzeżeniach do protokołu z czynności sprawdzających utrzymując, że spełnił wszystkie warunki do zastosowania zwolnienia zbycia przedmiotowego lokalu z opodatkowania, na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 126 u.p.d.o.f., w związku z art. 21 ust. 21 u.p.d.o.f. Do pisma podatnik załączył kserokopię oświadczenia rzekomo przesłanego wraz z zeznaniem rocznym za 2013 r. do III Urzędu Skarbowego W. - [...].
Postanowieniem z dnia [...] września 2016 r. organ włączył do akt postępowania dokumentację zgromadzoną w toku czynności sprawdzających.
W toku postępowania podatkowego, pismem z dnia [...] września 2016 r. zwrócono się do strony z prośbą o dostarczenie dokumentów potwierdzających koszty uzyskania przychodu, które dokumentują nakłady zwiększające wartość nieruchomości - lokalu mieszkalnego położonego w W. przy [...] [...], poczynione w czasie jej posiadania oraz ewentualną kwotę zapłaconego podatku od spadków i darowizn.
W reakcji na powyższe podatnik, pismem z dnia [...] października 2016 r., poinformował organ o fakcie nie poniesienia żadnych kosztów związanych z nieruchomością. Jednocześnie podkreślił, że oświadczenie o uldze meldunkowej wysłał wraz z rozliczeniem rocznym za 2013 r. w dniu [...] marca 2014 r., o czym informował organ między innymi w piśmie z dnia [...] lipca 2016 r.
W związku z zastrzeżeniami złożonymi przez podatnika, pismem z dnia [...] września 2016 r. zwrócono się ponownie z prośbą do Naczelnika Trzeciego Urzędu Skarbowego W. - [...] o udzielenie następujących informacji:
1) czy podatnik złożył oświadczenie dotyczące tzw. "ulgi meldunkowej", w związku ze zbyciem nieruchomości przed upływem pięciu lat od daty nabycia na podstawie aktu notarialnego z dnia [...] kwietnia 2013 r. oraz w przypadku odpowiedzi pozytywnej o przesłanie uwierzytelnionej kopii oświadczenia,
2) czy w/w złożył korektę zeznania podatkowego o wysokości osiągniętego dochodu za 2013 rok oraz w przypadku odpowiedzi pozytywnej o przesłanie uwierzytelnionych kopii wszystkich złożonych wersji zeznania za 2013 rok,
3) czy podatnik rozliczył nabycie spadku po zmarłej dnia [...] czerwca 2008 r. matce L. G. na podstawie postanowienia Sądu Rejonowego W. - [...] z dnia [...] grudnia 2008 r. sygn. akt [...] [...] oraz w przypadku odpowiedzi pozytywnej o przesłanie kopii rozliczenia SD-3 oraz decyzji w sprawie rozliczenia bądź zgłoszenia SD-Z2 oraz wskazanie czy podatnik zapłacił podatek, w związku z tym nabyciem i w jakiej wysokości. Do zapytania dołączono kopie pisma przesłanego wraz z zastrzeżeniami przez podatnika.