W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego Spółka stwierdziła, że podstawę opodatkowania ustala się na podstawie materiałów źródłowych i dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego a nie w oparciu o analizę przedłożonych dokumentów. Wnioski wyciągnięte z przeprowadzonej analizy nie zawsze odpowiadają stanowi faktycznemu. W tym przypadku w wyniku błędnie przeprowadzonej analizy dokumentów została wydana decyzją określającą nienależne świadczenia na rzecz budżetu państwa. Ponadto decyzja Inspektora zawiera wewnętrzne sprzeczności co do wielkości zakupu oleju opałowego i jego zużycia na cele inne niż opałowe. Według Inspektora Spółka w 2000 r. zakupiła 160.840 litrów oleju opałowego, który :
- zużyła na cele opałowe 102.824 litry,
- zużyła na cele inne niż opałowe 63.464 litry.
Z matematycznych wyliczeń wynika, że Spółka w 2000 r. zużyła 166.288 litrów oleju opałowego a więc o 5.448 litrów więcej niż zakupiła. Z dokonanych miesięcznych rozliczeń zakupu i zużycia oleju opałowego wynika, że Spółka w 2000 r. zakupiła 85.709 litrów oleju opałowego a więc o 75.131 litrów mniej niż wynika to z ustaleń zawartych na str. 2 decyzji. Z powyższych danych wynika, że Spółka na cele opałowe i na sprzedaż zużyła 102.824 litry oleju opałowego. Zatem na cele inne niż opałowe Spółka nie mogła zużyć 63.464 litry, co sugerują organy podatkowe w zaskarżonych decyzjach. Na cele inne niż opałowe Spółka nie mogła przeznaczyć 63.464 litry oleju opałowego skoro w badanym okresie zakupiła 85.709 litrów i na cele opałowe zużyła 102.824 litry. Powyższe rozbieżności potwierdzają, że zużycie oleju opałowego na cele inne niż opałowe ustalone zostało przez inspektora w oparciu o wielkości szacunkowe, z naruszeniem przepisu art. 122 Ordynacji podatkowej. Ponadto Spółka stwierdziła, że określenie zobowiązania podatkowego i zaległości podatkowej w oparciu o przepis par. 5 rozporządzenia w sprawie podatku akcyzowego nastąpiło z rażącym naruszeniem podstawowych zasad państwa demokratycznego, określonych w Konstytucji RP. Przepis ten został bowiem wydany w oparciu o delegacje zawartą w art. 35 ust. 4 ustawy o podatku od towarów i usług, który jest sprzeczny z art. 217 Konstytucji RP. Przepis art. 35 ust. 4 ustawy o podatku od towarów i usług utracił byt prawny z dniem 17 października 1997 r. tj. z dniem wejścia w życie Konstytucji RP. Ponadto Spółka stwierdziła, że w dniu 2 marca 2001 r. został złożony do Trybunału konstytucyjnego wniosek o stwierdzenie niezgodności art. 35 ust. 4 ustawy o podatku od towarów i usług z art. 92 i art. 217 Konstytucji RP.