Spór dotyczył oceny, czy Spółdzielnia pobrała od członków Spółdzielni od oprocentowania ich udziałów członkowskich zaliczkę, czy podatek zryczałtowany zatem wynagrodzenie ze spółdzielczego stosunku pracy, wypłata z tytułu nadwyżki bilansowej i oprocentowania tej nadwyżki winno skutkować obliczeniem przez zakład pracy i pobraniem zaliczki.
Naczelny Sąd Administracyjny na sesji wyjazdowej w Z.-G. - po rozpoznaniu w dniu 28 września 1999 r. sprawy ze skargi Spółdzielni Inwalidów "Powstaniec" w K. na decyzję Izby Skarbowej w Z.-G. z dnia 5 października 1998 r. (...) w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych - uchyla zaskarżoną decyzję oraz decyzję Urzędu Skarbowego w W. z dnia 8 lipca 1998 r. (...); (...).
Spółdzielnia Inwalidów "P." w W. zwróciła się do Urzędu Skarbowego o zwrot podatku dochodowego od osób fizycznych w kwocie 227 978 złotych wpłaconego w latach 1993-1996 pobranego od udziału w nadwyżce bilansowej członków Spółdzielni. Spółdzielnia twierdziła, że jako zakład pracy chronionej zaliczki na podatek dochodowy powinna przekazać zgodnie z treścią art. 38 ust. 2 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych na fundusze rehabilitacji zawodowej osób niepełnosprawnych a nie na rachunek Urzędu Skarbowego. W latach 1994-1996 Spółdzielnia składała deklaracje, w których wypłaconą członkom Spółdzielni należność określiła jako przychód z tytułu udziału w zyskach osób prawnych, natomiast podatek jako formę zryczałtowaną. Urząd Skarbowy w W. decyzją z 8 lipca 1998 r. (...) odmówił zwrotu ww. kwoty twierdząc, że udział w nadwyżce bilansowej w postaci oprocentowania udziałów członkowskich nie jest wynagrodzeniem ze spółdzielczego stosunku pracy, lecz kwalifikowany jest na gruncie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych od przychodów z kapitałów pieniężnych, do których mają zastosowanie przepisy art. 17, art. 30, art. 41-42 ustawy. Tryb określony w art. 38 ust. 2 odnosi się do zaliczek pobranych od przychodów ze spółdzielczego stosunku pracy i w sprawie nie ma zastosowania.
Po rozpatrzeniu odwołania Spółdzielni Inwalidów "P." w W. od powyższej decyzji. Izba Skarbowa w Z. G. decyzją z 5 października 1998 r. (...) utrzymała zaskarżoną decyzję w mocy. Izba Skarbowa przyznała, że Spółdzielnia przy podziale nadwyżki bilansowej za lata 1992-1995 przeznaczyła jej część na oprocentowanie udziałów członkowskich. Jako płatnik pobrała przy wypłacie zryczałtowany podatek dochodowy w wysokości 20 procent. Ta forma udziału nie była uzależniona od wkładu pracy. Zdaniem organu odwoławczego art. 38 ust. 2 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych dotyczy płatników, o których mowa w art. 31 ustawy, czyli obowiązanych do poboru zaliczek od wypłat ze spółdzielczego stosunku pracy i innych dochodów, w tym z tytułu udziału w nadwyżce bilansowej. W świetle art. 183 par. 1 Prawa spółdzielczego, wynagrodzenie członka spółdzielni składa się z wynagrodzenia bieżącego i odpowiedniego do wkładu pracy udziału w części nadwyżki bilansowej. Do tej części nadwyżki ma zastosowanie art. 31 ust. 1 ustawy. Natomiast część przeznaczona do podziału bez uwzględnienia wkładu pracy członków tj. przypisana w formie oprocentowania do udziałów według ich stanu na dzień, jako nie mająca związku z wkładem pracy członka spółdzielni jest przychodem z tytułu udziału w zyskach osoby prawnej, podlegającym opodatkowaniu według zasad szczególnych, określonych w art. 30 ustawy tj. w sposób zryczałtowany. Skoro art. 31 nakłada na zakład pracy jako płatnika obowiązek poboru wyłącznie zaliczki, a art. 38 ust. 2 mówi o sposobie przekazywania tych zaliczek, to w sprawie przekazywania podatku zryczałtowanego powołane przepisy nie mogą być stosowane. Do ryczałtu stosuje się zasady wyrażone w art. 42 ustawy w związku z art. 41, a one nie przewidują odmiennego trybu dla zakładów pracy chronionej.