Z przepisu par. 45 ust. 5 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r. w sprawie wykonywania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 156 poz. 1024 ze zm./ nie wynika, aby w wypadku wystawienia noty korygującej obniżenie podatku należnego mogło nastąpić dopiero po otrzymaniu przez podatnika kopii potwierdzonej noty korygującej.
Przepis ten odsyła do treści art. 19 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym z dnia 8 stycznia 1993 r. /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./, z którego wynika, że obniżenie kwoty podatku należnego może nastąpić już w rozliczeniu za miesiąc, w którym podatnik otrzymał fakturę.
Urząd Skarbowy w L. decyzją z dnia 11 maja 1998 r. określił Spółce z o.o. "M." zaległość podatkową w podatku od towarów i usług za styczeń 1998 r. w wysokości 9.098 zł oraz odsetki w wysokości 726 zł.
Ponadto na podstawie art. 21 par. 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej oraz art. 27 ust. 6 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym ustalił Spółce "M." dodatkowe zobowiązanie w podatku od towarów i usług za styczeń 1998 r. w kwocie 2.729 zł.
W uzasadnieniu decyzji Urząd Skarbowy stwierdził, że Spółka z o.o. "M." zawyżyła w deklaracji za styczeń 1998 r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym o kwotę 9.098 zł, gdyż odliczyła podatek naliczony wynikający z faktur VAT przed otrzymaniem potwierdzonych kopii not korygujących, które wystawiono dla tych faktur. Noty korygujące do 22 faktur zostały wystawione w lutym 1998 r., natomiast przedmiotowe faktury zostały uwzględnione w rozliczeniu za styczeń 1998 r.
Zgodnie z par. 45 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 15 grudnia 1997 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym nabywca towaru lub usługi, który otrzymał fakturę zawierającą omyłki dotyczące jakiejkolwiek informacji wiążącej się zwłaszcza ze sprzedawcą lub nabywcą lub oznaczeniem towaru lub usługi, z wyjątkiem pomyłek w pozycjach faktury określonych w par. 38 ust. 1 pkt 5-12, może wystawić notę korygującą.
Stosownie do par. 45 ust. 5 rozporządzenia, o którym mowa wyżej, podatnik, który otrzymał kopię potwierdzonej noty korygującej, może zmniejszyć podatek należny o podatek naliczony lub skorygować kwotę różnicy podatku o kwotę podatku naliczonego, wynikające z faktury, której dotyczyła nota korygująca, w rozliczeniu za okres określony w art. 19 ust. 3 ustawy.
Wobec tego podatek naliczony w kwocie 9.098 zł wynikający z faktur VAT, do których w lutym 1998 r. wystawiono noty korygujące, podatnik mógł ująć najwcześniej w rozliczeniu podatku za luty 1998 r.
W tej sytuacji Urząd Skarbowy określił wysokość nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za styczeń 1998 r. bez uwzględnienia przedmiotowych faktur i wobec zawyżenia kwoty podatku naliczonego ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe.
Spółka "M." w odwołaniu od wyżej opisanej decyzji Urzędu Skarbowego w L. podniosła, że w przypadku 18 faktur brak było podstaw do wystawienia not korygujących, gdyż faktury te zawierały prawidłową nazwę Spółki oraz adresy, pod którymi prowadzi ona w L. działalność gospodarczą. W pozostałych 4 fakturach podany był niewłaściwy adres Spółki, lecz prawidłowa jej nazwa i numer NIP.