W skardze z dnia 19 czerwca 2019 r. do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Opolu pełnomocnik Spółki wnosi o uchylenie w całości decyzji organu odwoławczego z dnia 20 maja 2019r. nr [...] oraz poprzedzającej ją decyzji organu podatkowego I instancji z dnia 8 listopada 2018r. nr [...], a także zasądzenie kosztów postępowania na rzecz Strony według norm prawem przepisanych. Zaskarżonej decyzji pełnomocnik zarzuca naruszenie:
1. przepisów prawa materialnego, tj.:
a) art. 2 pkt 6 lit. b ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, w zw. z art. 2 ust. 1 lit. c oraz art. 2 ust. 2 Dyrektywy Rady 2008/7/WE z dnia 12 lutego 2008r. dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału, która zastąpiła Dyrektywę Rady 69/335/EWG z dnia 17 lipca 1969r. zmienioną wcześniej Dyrektywą Rady 85/303/EWG z dnia 10 czerwca 1985r., poprzez błędną wykładnię, a w konsekwencji niewłaściwe zastosowanie oraz naruszenie art. 7 ust. 1 Dyrektywy Rady 69/335/EWG, poprzez błędną wykładnię, a w konsekwencji brak jego zastosowania w sprawie i w efekcie przyjęcie, że przekształcenie w Spółkę nie podlegało wyłączeniu z opodatkowania w podatku od czynności cywilnoprawnych,
b) art. 1 ust. 3 pkt 3 w zw. z art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. f ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, poprzez błędną wykładnię, a w konsekwencji niewłaściwe zastosowanie przez uznanie, że podstawę opodatkowania z tytułu przekształcenia stanowi wartość majątku Spółki komandytowej, a nie wartość wkładów do tej spółki,
c) art. 9 ust. 11 lit. a ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, poprzez błędną wykładnię, a w konsekwencji niewłaściwe zastosowanie w wyniku uznania że przekształcenie w Spółkę komandytową nie będzie korzystało ze zwolnienia z podatku od czynności cywilnoprawnych w części, w jakiej kapitały rezerwowe powstały z agio emisyjnego przy wkładach pieniężnych do spółki przekształcanej,
2. przepisów postępowania, które miało wpływ na wynik sprawy, tj.:
a) art. 120 w zw. z art. 121 § 1 i 2 oraz art. 124 ustawy Ordynacja podatkowa, poprzez dokonanie niewystarczającego uzasadnienia prawnego oceny stanowiska Spółki oraz działania naruszające zasadę pogłębiania zaufania do organu, ze względu na brak merytorycznej poprawności i staranności działania oraz w związku z pominięciem istotnych przesłanek dla nieopodatkowania przedmiotowego przekształcenia podatkiem od czynności cywilnoprawnych,
b) art. 75 § 4a w zw. z art. 73 § 1 pkt 2 ustawy Ordynacja podatkowa, poprzez odmowę stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 1.069.912,00 zł, pomimo że spełnione zostały przesłanki materialnoprawne do stwierdzenia i zwrotu nadpłaty,