- niezgodność przepisów krajowych z regulacjami Dyrektywy Rady 2008/7/WE z dnia 12 lutego 2008r. dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału, jak i poprzednio obowiązującej Dyrektywy Rady z dnia 17 lipca 1969r. Nr 69/335/EW oraz ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych,
- nieprawidłowe zastosowanie przepisów o sposobie opodatkowania zmiany umowy spółki, poprzez przekształcenie spółki kapitałowej w spółkę osobową.
Po rozpatrzeniu przedmiotowego wniosku, Naczelnik Urzędu Skarbowego w Strzelcach Opolskich decyzją z dnia 8 listopada 2018r. nr [...] odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 1.069.912,00 zł. W uzasadnieniu wskazano, że przekształcenie spółki z o.o. w spółkę komandytową podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k) ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych. Jak bowiem stwierdzono, w przedmiotowej sprawie nie znajduje zastosowania wyłączenie z opodatkowania określone w art. 2 pkt 6 lit. d ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, które ma zastosowanie wyłącznie w odniesieniu do spółek kapitałowych i należy je interpretować ściśle. Jak organ podatkowy I instancji wyjaśnił, aby powyższy przepis miał zastosowanie, musi dojść do przekształcenia spółki kapitałowej w inną spółkę kapitałową. Natomiast w przedmiotowej sprawie, dokonana czynność dotyczyła przekształcenia spółki kapitałowej, tj. spółki z ograniczoną odpowiedzialnością w inną spółkę, tj. spółkę komandytową uznawaną za spółkę osobową w świetle powołanych przepisów polskiego prawa podatkowego - uznanych przez organ podatkowy I instancji za niepozostające w sprzeczności z ww. Dyrektywą Rady 2008/7/WE.
Nie zgadzając się z powyższym rozstrzygnięciem, Spółka złożyła odwołanie wnosząc o uchylenie zaskarżonej decyzji w całości oraz o wydanie, na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 lit. a ustawy Ordynacja podatkowa, decyzji stwierdzającej nadpłatę w podatku od czynności cywilnoprawnych w wysokości 1.069.912,00 zł i jej zwrot wraz z odsetkami.
W wyniku rozpatrzenia odwołania Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Opolu decyzją z dnia 20 maja 2019r. nr [...] utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego w Strzelcach Opolskich z dnia 8 listopada 2018r. nr [...] w sprawie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 1.069.912,00 zł, pobranym przez notariusza w dniu 15 listopada 2017r. w związku z przekształceniem Spółki "B" Sp. z o.o. w A Sp. z o.o. sp. k.