Jak już wspomniano , organy podatkowe oceniły w/w opinię z naruszeniem art.191 Ord.pod. Dokonując na jej podstawie oszacowania podstawy opodatkowania, ograniczyły w swoisty sposób jej przydatność tylko do zakładów w "[...]" i "[...]" , odrzucając ją w zakresie dotyczącym okresu od maja do września 2005r. co do zakładu w "[...]". Organy uznały bowiem ,że dla tego ostatniego zakładu oszacowania podstawy opodatkowania w tym okresie dokonać należy na podstawie zeszytów . W konsekwencji, korzystne dla podatnika ustalenia opinii dot. "[...]" nie zostały przyjęte ani za miarodajne , ani za wiarygodne, gdyż nie odpowiadały im zapisy z zeszytu. Nasuwa się przy tym uwaga ,że gdyby nie było zeszytów , to opinia nr "[...]"nie byłaby kwestionowana także w odniesieniu do zakładu w "[...]".
Ocena opinii dokonana przez organy jest niekonsekwentna także z innych powodów. Mianowicie , autor opinii oparł się na dokumentach ( m.in. protokołach suszenia ) i informacjach dostarczonych mu przez podatnika. Organy z jednej strony uznały opinię za w pełni wiarygodną , prawidłową metodologicznie i rzetelną ( s. 19 i 21 pkt 5 decyzji organu I instancji.,t.VI k.10-11) , a z drugiej wyrażają krytyczne uwagi związane z przyjętymi warunkami pogodowymi, wiarygodnością protokołów suszenia i wilgotnością zbóż ( odnosząc się także do pisma z dnia "[...]" dołączonego do pisma pełnomocnika lecz niepodpisanego przez autora opinii ; t.V ; vide str. 17-19 decyzji organu I instancji).
W ocenie sądu, niepowołanie przez organ podatkowy biegłego z zakresu suszarnictwa zbóż było istotnym uchybieniem procesowym, skutkującym naruszeniem art. 122 , art. 187§1 i art. 197§ 1 Ordynacji podatkowej. Brak formalnie powołanego biegłego , uprawnionego do wglądu i dostępu do wszystkich materiałów ( a nie tylko udostępnionych przez stronę ) i korzystającego ze wsparcia organu nie daje bowiem możliwości wszechstronnego , zgodnego ze stanem rzeczywistym wyjaśnienia wszystkich istotnych dla sprawy okoliczności w sytuacji , gdy wymaga to wiadomości specjalnych. W rozpoznawanej sprawie powołanie obiektywnego biegłego było przy tym konieczne także celem usunięcia wszelkich wątpliwości co do opinii przedłożonej przez stronę , tym bardziej ,że na jej podstawie dokonywano oszacowania . Biegły taki powinien także odnieść się do okoliczności związanych z twierdzeniami podatnika ( zeznanie w t.V k.120 ) co do stanu wilgotności zbóż i możliwości usunięcia szkodników zbóż poprzez intensywniejsze suszenie. W tej ostatniej kwestii stanowisko organu I instancji ( str. 18 decyzji od góry ) , wiążące niewiarygodność twierdzeń podatnika z faktem ,że sprzedawał zboże zdatne do konsumpcji, jest w ocenie sądu uproszczone i nieprzekonywujące , a zeznania świadka E. M. (t.IV k.107) nie rozwiewają wszystkich wątpliwości
Z naruszeniem art. 187 §1 i art. 191 Ordynacji podatkowej organy podatkowe odniosły się także do kwestii używania oleju opałowego przy remontach i konserwacji sprzętu drogowego .Usługi w tym zakresie przedsiębiorstwo skarżącego wykonywało na podstawie umów zawieranych z "[...]". Nadto dokonywano podobnych prac w odniesieniu do sprzętu własnego. Według twierdzeń skarżącego i zeznań świadków - pracowników zatrudnionych przy tych pracach ( J. S. - t.IV k.42, T. B. -t.IV k.45 , M. W. -t.IV k.48, F. M. -t.IV k.49 , H. J.) używano przy nich oleju opałowego m.in. do ogrzewania pomieszczeń ale także do myjek .Trafnie jednak podnosi skarga ,że organy nie dokonały oceny tych zeznań , przyjmując ,że twierdzeniom skarżącego przeczy harmonogram i podana w ofercie metoda konserwacji ( str.14 decyzji I instancji). W szczególności brak takiej oceny w decyzji organu odwoławczego . Natomiast ocena organu I instancji ,oparta na informacji kontrahenta i treści umowy ,nie uprawnia do przyjętych wniosków i ustaleń w tym zakresie . Stwierdzenie ,że metoda piaskowania wyklucza stosowanie innych metod, jest dowolne i niczym nie poparte. Podobnie, nie do przyjęcia jest stwierdzenie , że skoro kontrola pojazdów przedsiębiorstwa wykazała obecność oleju opałowego w baku kombajnu zbożowego , to nie można dać wiary świadkom- pracownikom co do używania oleju opałowego do innych celów. W ocenie sądu ustalenie tych okoliczności wymaga dokładnego przesłuchania świadków co do metod pracy, czasu pracy , rodzaju używanych narzędzi ( myjek , opalarek itp.) i wielkości zużycia oleju . Na tej podstawie będzie możliwe ustalenie , czy i ile oleju opałowego zużywano przy tych pracach i w jakiej części było to zgodne z przeznaczeniem oleju opałowego na cele grzewcze. Rozważenia wymagałoby i w tym przypadku zasięgnięcie opinii biegłego.