Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Jolanta Strumiłło (sprawozdawca), Sędziowie sędzia WSA Przemysław Krzykowski, asesor WSA Katarzyna Górska, Protokolant specjalista Paweł Guziur, po rozpoznaniu w Olsztynie na rozprawie w dniu 5 grudnia 2019r. sprawy ze skargi spółki A na decyzję Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego z dnia "[...]" nr "[...]" w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od kwietnia do czerwca 2017r. I. uchyla zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję organu I instancji; II. zasądza od Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego na rzecz spółki A kwotę 41 877 (czterdzieści jeden tysięcy osiemset siedemdziesiąt siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
A Sp. z o.o. (dalej również jako strona, skarżąca, Spółka) wniosła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Olsztynie skargę na decyzję Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego z dnia "[...]" utrzymującą własną decyzję z dnia "[...]"., określającą stronie kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny miesiąc: za kwiecień i maj 2017r., kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy podatnika za czerwiec 2017r. oraz ustalono dodatkowe zobowiązanie podatkowe za miesiące kwiecień i czerwiec 2017r.
Decyzja organu I instancji została wydana w rezultacie przeprowadzonego postępowania w zakresie prawidłowości rozliczeń podatku od towarów i usług za miesiące: kwiecień - czerwiec 2017r. We wskazanym okresie Spółka odliczyła podatek naliczony m.in. z faktur dokumentujących zakup działek pod budowę obiektu usługowego z faktur dokumentujących usługi związane z tym nabyciem oraz z faktury dokumentującej wpłatę zadatku na zakup hotelu. Organ I instancji zakwestionował powyższe odliczenie i stwierdził, że Spółka w zakresie przedmiotowych transakcji nie działała w charakterze podatnika podatku od towarów i usług. Stwierdzone nieprawidłowości stanowiły podstawę do uznania, w oparciu o przepisy art. 193 § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (j.t. Dz.U. z 2018r. poz.800 ze zm.) - dalej jako "O.p.", że prowadzone rejestry zakupu VAT w części dotyczącej zaewidencjonowania spornych faktur były nierzetelne, gdyż dokonane w nich zapisy nie odzwierciedlały stanu rzeczywistego i na podstawie art. 193 § 4 O.p. nie stanowią dowodu tego co wynika z zawartych w nich zapisów. W zaistniałej sytuacji organ I instancji dokonał rozliczenia podatku od towarów i usług w kwotach wskazanych w sentencji decyzji oraz ustalił Spółce dodatkowe zobowiązanie podatkowe.
W wyniku wniesienia odwołania zostało wydane rozstrzygnięcie zaskarżone do WSA w Olsztynie. W uzasadnieniu zaskarżonej decyzji, organ odwoławczy wskazał, że przedmiotem sporu pomiędzy Spółką z o.o. A a organami podatkowymi jest prawidłowość rozliczenia podatku od towarów i usług za miesiące: kwiecień, maj, czerwiec 2017r. Z akt sprawy wynika, że w tych miesiącach Spółka przyjęła do odliczenia sporny podatek naliczony wynikający m.in. z faktur dokumentujących nabycie od J. sp. z o.o. działek gruntu, usług związanych z tym nabyciem wystawionych przez B oraz U A.J. oraz z faktury wystawionej przez O w upadłości likwidacyjnej dokumentującej wpłatę zadatku na zakup hotelu.
Następnie przedstawiono obszerny stan faktyczny, z którego wynika m.in., że aktem notarialnym Repertorium A z dnia 23.08.2016r. S.J. zawiązał spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością pod nazwą A Sp. z o.o. W dniu 16.11.2016r. Spółka została zarejestrowana przez Sąd Rejonowy. Kapitał zakładowy określono na kwotę 5.000,00zł, który dzieli się na 50 udziałów o wartości nominalnej 100,00 zł każdy. Wszystkie udziały w kapitale zakładowym objął S. J.. Jako główny przedmiot wykonywanej działalności gospodarczej wskazano realizację projektów budowlanych związanych ze wznoszeniem budynków. Spółka z o.o. została zarejestrowana w dniu 16.11.2016r. w Urzędzie Skarbowym, a obowiązek w zakresie podatku od towarów i usług został otwarty od dnia 01.01.2017r. Jako adres rejestracyjny, prowadzenia działalności gospodarczej, przechowywania dokumentacji rachunkowej i korespondencyjny wskazano O. Wskazany adres został pierwotnie udostępniony Spółce zgodnie z umową najmu powierzchni użytkowej zawartą w dniu 01.09.2016 r. z J Sp. z o.o., z siedzibą w W przy ul. X, a następnie (zgodnie z umową z dnia 1.04.2017r. jako podnajem) przez C Sp. z o.o., (kolejnego najemcę ww. adresu od J Sp. z o.o.).