Wykluczona jest natomiast taka interpretacja przepisów Ordynacji podatkowej, że poprzez treść art. 78 a Ordynacji podatkowej, który określa sposób zaliczenia zwracanej kwoty na poczet kwoty nadpłaty i kwoty oprocentowania, może nastąpić zmiana zasad naliczania oprocentowania, określonych szczegółowo w ustawie dla poszczególnych trybów stwierdzania, ujawniania (powstania) nadpłaty.
W art. 78 § 5 pkt 2) Ordynacji podatkowej, w przeciwieństwie do regulacji zawartej w puncie 1) ustawodawca określił końcowy termin naliczania odsetek (oprocentowania). Skoro w punkcie 1 mowa jest o naliczaniu oprocentowania od dnia powstania nadpłaty do dnia zwrotu, a w puncie 2) o naliczaniu nadpłaty od dnia powstania do 30 dnia od dnia publikacji orzeczenia TSUE , to tego drugiego przepisu nie można interpretować w ten sposób, że ma on zastosowanie tylko w sytuacji, gdy cała kwota nadpłaty wraz z oprocentowaniem została zwrócona w terminie 30 dni od dnia złożenia wniosku.
Jak wskazano w zaskarżonej decyzji, organ podatkowy w 2018r. dokonał przeliczenia kwot zwróconych w 2016r., stosownie do treści art.78 a Ordynacji podatkowej na należność główną i na odsetki, i dokonał oprocentowania tej części zwrotu podatku, która pozostała po proporcjonalnym rozliczeniu, zwracając tym samym stronie podatek VAT z oprocentowaniem naliczonym odpowiednio od 2011 i 2012r. do dnia 16 grudnia 2015roku.
Nie stwierdzając, by zaskarżona decyzja naruszała prawo materialne bądź reguły postępowania podatkowego Wojewódzki Sąd Administracyjny na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi ( Dz.U. z 2018r poz. 1302) oddalił skargę.