Organ odwoławczy stwierdził, iż dowodem świadczącym o pokryciu udziałów z ujawnionych źródeł przychodów nie może być wskazywanie nabycia darowizny. Organ podatkowy może poświadczyć jedynie uiszczenie podatku od darowizny, co nie jest równoznaczne ze stwierdzeniem, iż darowizna pochodzi z ujawnionych źródeł przychodu. Uznał, iż żądanie strony wykraczało poza zakres tego, co organ podatkowy może zaświadczyć na podstawie posiadanych danych, a zatem nie było podstaw do zmiany postanowienia organu I instancji.
Skargę do Wojewódzkiego Sadu Administracyjnego w Olsztynie na postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej wniósł S. J. Zaskarżonemu postanowieniu zarzucił naruszenie:
- art. 121§1, art. 124, art. 217§2 oraz 210§4 w związku z art. 219, art. 306a§2 ust.1, art. 306b§1 Ordynacji podatkowej
- art. 32 ust. 1 pkt 16 lit a) ustawy o grach i zakładach wzajemnych
W uzasadnieniu skargi S. J. podniósł, iż organ dokonał wadliwej interpretacji przepisów prawa normujących wydawanie zaświadczeń. Zdaniem skarżącego z przepisów art. 306a§2 ust. 1 oraz art. 306b§1 Ordynacji podatkowej expressis verbis wynika, że zaświadczenie wydaje się jeżeli urzędowego potwierdzenia określonych faktów lub stanu prawnego wymaga przepis prawa, a także iż organ podatkowy jest obowiązany wydać zaświadczenie, jeżeli chodzi o potwierdzenie faktów albo stanu prawnego, wynikających z prowadzonej przez ten organ ewidencji, rejestrów lub z innych danych znajdujących się w jego posiadaniu. Podkreślił, że nie jest spornym, to iż potwierdzenia faktu pokrycia udziałów lub akcji z ujawnionych źródeł przychodów wymaga przepis art. 32 ust.1 pkt 16 lit a ustawy o grach i zakładach wzajemnych. Spór istnieje co do drugiej przesłanki, a mianowicie czy dane na podstawie których ma być wydane zaświadczenie były w posiadaniu Naczelnika Urzędu Skarbowego. Zdaniem skarżącego organ nie wykazał, że dane posiadane przez Naczelnika przesądzają o tym, że udziały objęte w spółce z o.o. "A" zostały pokryte z nie ujawnionych źródeł przychodów. Organ podał jedynie, że charakter posiadanych ewidencji i rejestrów nie pozwala na rozstrzygnięcie kwestii pokrycia kapitału zakładowego, co automatycznie uniemożliwia wydanie zaświadczenia. W ocenie strony wydanie żądanego zaświadczenia przez organ było możliwe. Natomiast odmowa wydania takiego zaświadczenia możliwa jest jedynie w dwóch przypadkach: gdy strona ubiega się o wydanie zaświadczenia nieprzewidzianego w przepisach prawa oraz gdy z danych posiadanych przez organ podatkowy wynika, że wobec podatnika wydana została decyzja ustalająca wysokość zobowiązania podatkowego tytułu nie ujawnionych źródeł przychodów. W stanie faktycznym występującym w niniejszej sprawie nie zachodzi żadna z wymienionych przesłanek. Na potwierdzenie skarżący powołał wyrok WSA w Warszawie z dnia 1 kwietnia 2004r., sygn. akt III SA 2260/02. Nie zgodził się również ze stwierdzeniem, że "zaświadczenie musi odzwierciedlać rzeczywiście istniejące fakty lub stan prawny, w innym bowiem wypadku byłoby nierzetelne". Zdaniem S. J. rola i charakter prawny zaświadczeń wskazują, że odzwierciedlają one stan prawny i faktyczny wynikający z danych posiadanych przez organ podatkowy, który może - ale nie musi - pokrywać się ze stanem rzeczywistym. W przeciwnym razie, wydanie większości zaświadczeń przewidzianych w przepisach prawa nie byłoby możliwe (np. o braku zaległości podatkowej bez uprzedniej kontroli podatkowej). Ponadto nie zgodził się również z tezą, że Naczelnik nie dysponuje dostatecznymi dowodami, w oparciu o które może ocenić, czy majątek S. J. znajduje pokrycie w ujawnionych źródłach przychodów. Zdaniem skarżącego zeznania podatkowe złożone przez niego oraz ewentualnie innych podatników dokonujących transakcji z S. J. w oparciu o które można było ustalić, że majątek strony, z którego pokryte zostały udziały w kapitale zakładowym znajdował pokrycie w deklarowanych dochodach, jak również pochodził z ujawnionych źródeł opodatkowania- ujawnionych czynności cywilnoprawnych (umów darowizny). A zatem organ dokonał błędnej wykładni przepisów art. 306a§2 ust. 1 oraz 306b§1 Ordynacji podatkowej. Reasumując skarżący wskazał, iż stosując wykładnię dokonaną przez organ należałoby uznać, że przepis art. 32 ust. 1 pkt 16 lit a) ustawy o grach i zakładach wzajemnych, konstytuujący instytucję zaświadczenia o pokryciu kapitału z ujawnionych źródeł przychodów byłby przepisem martwym i zbędnym. Nie istnieją bowiem stany faktyczne, w świetle których możliwe byłoby jednoznaczne stwierdzenie, że kapitał zakładowy został pokryty z ujawnionych źródeł przychodów.