Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Jolanta Strumiłło Sędziowie sędzia WSA Katarzyna Górska asesor WSA Anna Janowska (sprawozdawca) Protokolant referent Elżbieta Parda po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 25 stycznia 2023 r. sprawy ze skargi M. K. na decyzję Naczelnika Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Olsztynie z dnia 10 maja 2022r., nr 378000-COP.4102.1.2022.ET.SZD w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych za 2015 rok oddala skargę.
M. K. (dalej jako: "strona", "skarżąca", "podatniczka") wniosła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Olsztynie skargę na decyzję Naczelnika Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Olsztynie z 10 maja 2022 r. w przedmiocie podatku dochodowego od osób fizycznych za 2015 r.
Z przedłożonych Sądowi wraz ze skargą akt administracyjnych sprawy wynika następujący stan faktyczny i prawny sprawy:
1.1. W wyniku kontroli celno-skarbowej i postępowania podatkowego Naczelnik Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Olsztynie stwierdził, że w ramach działalności gospodarczej pod nazwą F. - M. K. w zakresie sprzedaży hurtowej maszyn i urządzeń rolniczych i dodatkowego wyposażenia oraz robót budowlanych związanych ze wznoszeniem budynków mieszkalnych i niemieszkalnych strona zaliczyła do kosztów uzyskania przychodów wydatki na łączną kwotę 3.274.883,95 zł na zakup towarów i usług wynikające z faktur wystawionych przez: P. Sp.k., K. J. R., K. Sp. z o.o., D. T. W., D. Sp. z o.o., M. O. - U., W1. Sp. z o.o., Z. P. W., które to faktury nie odzwierciedlały rzeczywistych zdarzeń gospodarczych. Ponadto organ stwierdził, że strona zawyżyła odpisy amortyzacyjne o kwotę 20.000,08 zł. W konsekwencji tych ustaleń organ uznał za nierzetelne księgi podatkowe, jednak na podstawie art. 23 § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (tekst jedn.: Dz. U. z 2020 r. poz. 1325 ze zm.), dalej jako: "O.p.", odstąpił od określenia podstawy opodatkowania w drodze oszacowania, ponieważ dane wynikające z ksiąg podatkowych, uzupełnione dowodami uzyskanymi w toku postępowania, pozwoliły na określenie podstawy opodatkowania. Decyzją z 6 grudnia 2021 r. określił stronie zobowiązanie w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2015 r. w wysokości 654.026 zł.
2.1. Utrzymując w mocy powyższą decyzję, Naczelnik Warmińsko - Mazurskiego Urzędu Celno - Skarbowego w Olsztynie w pierwszej kolejności odniósł się do kwestii przedawnienia zobowiązania podatkowego. Wskazał, że decyzja organu pierwszej instancji została doręczona pełnomocnikowi strony 23 grudnia
2021 r., a więc przed upływem terminu przedawnienia. Analizując, czy nastąpiło przedawnienie zobowiązania podatkowego na etapie odwoławczym, organ wskazał na wszczęcie 23 czerwca 2020 r. dochodzenia nr RKS 2110/2020/378000/MS/l w sprawie podania nieprawdy w zeznaniu PIT-36L o wysokości osiągniętego dochodu w roku podatkowym 2015, tj. o przestępstwo skarbowe określone w art. 56 § 1 k.k.s. Dochodzenie to w dniu 23 czerwca 2020 r. połączono do wspólnego prowadzenia z wszczętym wcześniej przeciwko stronie postępowaniem przygotowawczym nr RKS 9481/2018/378000/WCh.ll w sprawie nieprawidłowości w rozliczaniu podatku VAT w latach 2013-2015. W dniu 20 lipca 2020 r. doręczono pełnomocnikowi strony zawiadomienie w trybie art. 70c O.p. Odwołując się do uchwały NSA z 24 maja 2021 r., sygn. akt I FPS 1/21, organ stwierdził, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego nie miało instrumentalnego charakteru.