Wobec powyższego Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie wskazał, iż ustalając w niniejszej sprawie stan faktyczny należy przeanalizować:
1. zasadność przyjęcia przez biegłych wartości jednostkowego zużycia oleju opałowego - opierając się w przypadku suszarni ARAJ na informacjach producenta, a w przypadku suszarni ZSPŻ-8 na danych z najbardziej aktualnej literatury fachowej. W tym przypadku Sąd wskazał na słuszność twierdzenia podnoszonego przez stronę, iż ilość oleju opałowego zużywanego przez suszarnie w B. nie mogły być ocenione według "najnowszych opracowań". W ocenie Sądu w tym przypadku nie uwzględniono stanu technicznego suszarni, w szczególności stopnia jej wyeksploatowania czy czasu jej użytkowania,
2. fakt, iż opinia biegłych nie uwzględnia podnoszonej przez stronę okoliczności, że suszarnia typu S37 zainstalowana w L. posiada dziewięć komór suszących, podczas gdy standardowe urządzenie posiada ich siedem. W ocenie Sądu dodatkowe komory umożliwiają zwiększenie ilości zbóż podlegających suszeniu, a jednocześnie zwiększają ilość oleju opałowego niezbędnego do jego osuszenia.
3. przeprowadzenie oględzin urządzeń suszarniczych,
4. sposób oceny procesu suszenia zbóż, przedstawiony przez powołanych przez organ biegłych. Sąd wskazał, iż w celu prawidłowego rozliczenia ogólnej ilości oleju opałowego należało mieć na uwadze oprócz ziaren konsumpcyjnych również ziarna paszowe. Odniesienie się do procesu suszenia zbóż o charakterze tylko konsumpcyjnym wpłynęło na niewłaściwą ocenę zarówno zakresu wykonywanych zabiegów suszarniczych, jak i ilości zużytego w tym celu oleju. Przyjęcie przez biegłych do wykonania obliczeń aktualnych, najnowszych wartości - tj. 1,21 I oleju na wysuszenie 1 tony surowca o 1 % wilgotności, budzić musi uzasadnione wątpliwości z uwagi na stan techniczny używanych w tym celu suszarni.
Zastrzeżenia Sądu wzbudziła również ocena przedstawionej przez skarżącego prywatnej opinii, sporządzonej przez inż. M. P. Zdaniem Sądu opinia ta powinna być traktowana jako wyraz stanowiska podatnika, które nie zostało skonfrontowane z opinią biegłych. Nie oceniono jej również w oparciu o całość zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego - zastrzeżenie to jest tym bardziej uzasadnione, gdy uwzględni się, że w niniejszej sprawie istotne było również określenie ilości oleju opałowego zużytego w procesie suszenia.
W odniesieniu do decyzji z dnia 17 lutego 2011 r. WSA wskazał, iż ustalenie ilości oleju opałowego sprzedanego przez stronę bez otrzymania stosownego oświadczenia bądź też zużytego do celów innych niż grzewcze we własnym przedsiębiorstwie będzie dopiero stanowiło przedmiot kolejnego postępowania w tym zakresie. Zdaniem Sądu od wyniku wskazanego postępowania będzie zależeć, czy opłata paliwowa powinna być faktycznie zapłacona i w jakiej wysokości.