W wyniku ponownego rozpoznania sprawy i zarzutów odwołania organ odwoławczy w pierwszej kolejności zaznaczył, że do ustalenia przychodu i dochodu ze sprzedaży oraz sposobu jego opodatkowania mają w niniejszej sprawie zastosowanie zasady określone w ustawie o podatku dochodowym od osób fizycznych, w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2008 r., zgodnie z art. 8 ust. 1 ustawy zmieniającej.
Następnie odwołał się do regulacji ustawy podatkowej w brzmieniu obowiązującym w 2008 r., w tym art. 10 ust. 1 pkt 8 lit. a) - c) i art. 21 ust. 1 pkt 126 u.p.d.o.f. i uzasadniał, że poza sporem pozostaje fakt, że odpłatne zbycie nabytego w roku 2007 spółdzielczego własnościowego prawa do lokalu mieszkalnego nastąpiło przed upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym nastąpiło jego nabycie. Zatem przychód (dochód) z odpłatnego zbycia spółdzielczego własnościowego prawa do lokalu mieszkalnego, dokonanego przez podatnika w 2012 roku, stanowi źródło przychodów, o którym mowa w art. 10 ust. 1 pkt 8 lit. a) u.p.d.o.f.
Błędne przy tym, zdaniem organu odwoławczego, są wywody pełnomocnika na temat rzekomej niedopuszczalności opodatkowania podatkiem dochodowym od osób fizycznych przychodów (dochodów) uzyskanych z tytułu sprzedaży nieruchomości nabytej nieodpłatnie, np. w drodze darowizny. Zaznaczył, że ustawodawca takiego wyjątku nie przewidział, o czy świadczy hipoteza art. 22 ust. 6d u.p.d.o.f., regulująca kwestię kosztów uzyskania przychodu z tytułu odpłatnego zbycia, o którym mowa w art. 10 ust. 1 pkt 8 lit. a-c, rzeczy i praw nabytych w drodze spadku, darowizny lub inny nieodpłatny sposób. Gdyby tego rodzaju przychody w ogóle, co do zasady, nie podlegały opodatkowaniu jak sugeruje strona, wówczas przepis ten byłby całkowicie zbędny.
Jak dalej podkreślał organ odwoławczy od zasady opodatkowania wymienionego przychodu ustawodawca przewidział w art. 21 ust.1 pkt 126 u.p.d.o.f. wyjątek w postaci zwolnienia przedmiotowego, w ramach którego zwolnione były wskazane wyżej przychody, jeżeli podatnik był zameldowany w zbywanym budynku lub lokalu na pobyt stały przez okres nie krótszy niż 12 miesięcy przed datą zbycia, z zastrzeżeniem ust. 21 i 22. Zgodnie z art. 21 ust. 21 u.p.d.o.f. zwolnienie, o którym mowa w art. 21 ust. 1 pkt 126, ma zastosowanie do przychodów podatnika, który złoży oświadczenie, że spełnia warunki do zwolnienia, w urzędzie skarbowym, którym kieruje naczelnik urzędu skarbowego właściwy według miejsca zamieszkania podatnika. Zgodnie z art. 8 ust. 3 ustawy zmieniającej jeżeli sprzedaż nieruchomości lub prawa majątkowego dokonana została po dniu 31 grudnia 2008 r. wówczas oświadczenie, o którym mowa w art. 21 ust. 21 ustawy, podatnicy składają w terminie złożenia zeznania za rok podatkowy, w którym nastąpiło odpłatne zbycie nieruchomości i praw majątkowych. Organ dodał przy tym, że w przedmiotowej sprawie nie mogą znaleźć zastosowania przepisy 21 ust. 1 pkt 131 u.p.d.o.f. w związku z art. 8 ust. 1 ustawy zmieniającej, gdyż dotyczą one stanów faktycznych związanych ze zbyciem nieruchomości (praw) nabytych po dniu 31 grudnia 2008 roku.