Należy zauważyć, że od wejścia w życie przepisów obecnie obowiązującej ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, czyli od 1 stycznia 1992 r., zasady związane z rozliczaniem podatku od sprzedaży nieruchomości ulegały częstym zmianom. Od 1 stycznia 1992 r., do końca 2006 r. obowiązywał zryczałtowany podatek dochodowy ze sprzedaży nieruchomości (praw wymienionych w art. 10 ust. 1 pkt 8 lit. a-c u.p.d.o.f.), który wynosił 10% przychodu (kwoty wskazanej w umowie sprzedaży). W pewnym uproszczeniu można stwierdzić, że osoba sprzedająca nieruchomość przed upływem 5 lat licząc od końca roku kalendarzowego, w którym nastąpiło nabycie, była zobowiązana do zapłacenia 10% ceny wynikającej z umowy sprzedaży zawartej w formie aktu notarialnego. Mogła ona skorzystać w sytuacjach określonych w ustawie ze zwolnienia podatkowego. Zgodnie z art. 28 ust. 2 (od 2003 r. ust. 2a) u.p.d.o.f. podatek był płatny bez wezwania w terminie 14 dni od dnia dokonania odpłatnego zbycia na rachunek urzędu skarbowego. Zasada ta nie miała jednak zastosowania do podatników dokonujących sprzedaży nieruchomości i praw majątkowych określonych w art. 10 ust. 1 pkt 8 lit. a)-c), którzy w terminie 14 dni od dnia dokonania tej sprzedaży złożą oświadczenie, że przychód uzyskany ze sprzedaży przeznaczą na cele określone w art. 21 ust. 1 pkt 32 lit. a) lub lit. e) u.p.d.o.f.
Podatnicy mogli więc nie płacić podatku, jeżeli w terminie jego płatności złożyli oświadczenie o zamiarze wydatkowania przychodów na nabycie, nie później niż w okresie dwóch lat od daty sprzedaży, m. in. - budynku mieszkalnego lub jego części, lokalu mieszkalnego stanowiącego odrębną nieruchomość, spółdzielczego własnościowego prawa do lokalu mieszkalnego oraz na budowę, rozbudowę albo remont lub modernizację własnego budynku mieszkalnego lub lokalu mieszkalnego. Na tle stosowania tych regulacji powstał spór, czy brak złożenia oświadczenia o zamiarze wydatkowania środków na cele mieszkaniowe powoduje utratę zwolnienia od podatku. Orzecznictwo sądowe w tym przedmiocie ostatecznie było jednolite. Wskazywano, że samo złożenie przez podatnika oświadczenia, o którym mowa w art. 28 ust. 2a u.p.d.o.f. nie kreowało zwolnienia od podatku. Zwolnienie wynikało z przepisu art. 21 ust. 1 pkt 32 lit. a) lub e) cytowanej ustawy i dopiero spełnienie przesłanek w nim zawartych zwalniało podatnika z obowiązku uiszczenia podatku od przychodów z odpłatnego zbycia nieruchomości (por.: uchwała NSA z dnia 23 czerwca 2003 r., FPS 1/03, ONSA 2003/4/117; wyrok WSA w Warszawie z dnia 14 stycznia 2004 r., III SA 331/02, LEX nr 149283, wyrok WSA w Krakowie z dnia 2 października 2008 r., I SA/Kr 811/08, CBOSA).
Zwolnienie, które ma zastosowanie w analizowanej sprawie, obowiązywało tylko przez dwa lata, to jest od 1 stycznia 2007 r. do 31 grudnia 2008 r. Zmiana zasad opodatkowania od stycznia 2007 r. polegała też na tym, że podstawą opodatkowania stał się dochód. Z kolei od 1 stycznia 2009 r., w związku z likwidacją ulgi meldunkowej, podatnicy, którzy uzyskali dochody z tytułu odpłatnego zbycia nieruchomości, mogą korzystać ze zwolnienia z opodatkowania w sytuacji wydatkowania środków uzyskanych z odpłatnego zbycia na własne cele mieszkaniowe określone w art. 21 ust. 1 pkt 131 w zw. z ust. 25 u.p.d.o.f. Na podatnika nałożono także obowiązek złożenia zeznania podatkowego PIT-39 (art. 45 ust. 1a pkt 3 u.p.d.o.f.).