W uzasadnieniu zaskarżonej decyzji, podjętej w wyniku rozpoznania odwołania spółki Dyrektor Izby Administracji Skarbowej na wstępie przytoczył brzmienie art. 86 ust. 1, art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) ustawy o podatku od towarów i usług. Następnie odniósł się do regulacji prawnej dotyczącej przedawnienia zobowiązania podatkowego (art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej), zwracając uwagę na dowody potwierdzające zawieszenie biegu terminu przedawnienia w odniesieniu do okresów rozliczeniowych objętych zaskarżoną decyzją. Natomiast w odniesieniu do zobowiązań podatkowych (zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym) za październik i listopad 2010 r., określonych decyzją organu pierwszej instancji stwierdził, odwołując się do treści przepisu art. 70 § 1 w zw. z art. 70 § 6 pkt 1 oraz art. 70 § 7 pkt 1 Ordynacji podatkowej, że nastąpiło ich przedawnienie.
Ponadto organ podatkowy wymienił główne dowody na podstawie, których ustalono stan faktyczny w niniejszej sprawie; były to między innymi dokumenty księgowe, faktury wystawione przez [...] G. sp. z o.o., zeznania świadków, umowy, pisma organów skarbowych itp. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej wziął również pod uwagę rozstrzygnięcie zawarte w swojej decyzji z dnia [...] którą uchylił w całości decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej z dnia [...] w sprawie określenia spółce w podatku od towarów i usług nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za październik i listopad 2010 r. i umorzył postępowanie w sprawie.
Organ odwoławczy nadmienił, że z materiału dowodowego zgromadzonego w sprawie wynika, iż w okresie objętym postępowaniem kontrolnym, tj. od stycznia 2010 r. do stycznia 2012 r., spółka realizowała m.in. usługi budowlane na podstawie umowy zawartej z Instytutem T. B. z siedzibą w W. (prace wykonywane były w P.). Obejmowały one zaprojektowanie, dostawę i uruchomienie kompletnego stanowiska wraz z osprzętem do badań odporności ogniowej. Podstawą zawarcia umowy z dnia [...] na podstawie której realizowano wskazane usługi, było postępowanie o udzielenie zamówienia publicznego przeprowadzone w trybie przetargu nieograniczonego. Umowę tę spółka zawarła w ramach konsorcjum z C. S..B. [...], J. T. [...], T. P. P., [...] P., S. D. E., M. (P.).
Wykonując usługi, o których mowa spółka korzystała z usług podwykonawców. Organ odwoławczy zaznaczył, że w materiale dowodowym znajdują się umowy zawarte pomiędzy spółką, a [...] G. Sp. z o.o., jako podwykonawcą:
- z dnia [...] września 2010 r. dotyczące wykonania fundamentów pod piece F3" i F3' do prób ogniowych w P. z terminem realizacji robót w okresie 14 września 2010 r. - 31 grudnia 2010 r. i wynagrodzeniem wstępnym [...] zł (faktury wystawione przez [...] G. Sp. z o.o. z tyt. realizacji tej umowy zostały ujęte w innym okresie rozliczeniowym niż obejmuje przedmiotowe postępowanie);
- z dnia [...] stycznia 2011 r. dotycząca wykonania fundamentów pod piece F1 i F3 oraz fundamentów pod wentylatory do prób ogniowych zgodnie z dokumentacją w P. z terminem realizacji robót w okresie 12 stycznia 2011 r. - 31 października 2011 r. i wynagrodzeniem [...] zł. Do tej kwoty wykonawca miał doliczyć podatek od towarów i usług, zapłata za wykonane roboty miała nastąpić na podstawie faktury VAT wystawionej w oparciu o protokoły odbioru robót zatwierdzone przez zamawiającego, płatność za faktury miała nastąpić przelewem w terminie 21 dni od daty otrzymania faktury.