Wojewódzki Sąd Administracyjny w Lublinie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Monika Kazubińska-Kręcisz Sędziowie WSA Wiesława Achrymowicz (sprawozdawca) WSA Ewa Kowalczyk Protokolant asystent sędziego Krzysztof Kożuch po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 8 maja 2019 r. sprawy ze skargi P.-I. [...] spółki komandytowo-akcyjnej w L. na decyzję Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego z dnia [...] nr [...] w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za rok podatkowy od 1 listopada 2015 r. do 31 października 2016 r. I. uchyla zaskarżoną decyzję; II. zasądza od Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego na rzecz P.-I. [...] spółki komandytowo-akcyjnej w L. kwotę [...]([...]) złotych z tytułu zwrotu kosztów postępowania.
Zaskarżoną decyzją Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego (organ) utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego, który działając jako organ I instancji określił P. spółce komandytowo-akcyjnej spółce z ograniczoną odpowiedzialnością w L. (spółka) zobowiązanie w podatku dochodowym od osób prawnych za rok podatkowy od 1 listopada 2015 r. do 31 października 2016 r. w wysokości [...] zł.
W uzasadnieniu tej treści rozstrzygnięcia w pierwszej kolejności organ wyjaśnił, że właściwość organów podatkowych w niniejszej sprawie została wyznaczona przez art. 83 ust. 4, ust. 6 ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz.U.2018.508 ze zm. - ustawa o KAS) w powiązaniu z art. 221a § 1, art. 223 § 1, § 2 pkt 1 i art. 21 § 1 pkt 1, § 3 ustawy Ordynacja podatkowa (Dz.U.2018.800 ze zm. - O.p.).
Przechodząc do rozliczenia podatkowego organ argumentował, że spółka, po korekcie, zadeklarowała na formularzu CIT-8: przychody - [...] zł, koszty uzyskania przychodów - [...] zł, podstawę opodatkowania (dochód po odliczeniach) - [...] zł i w efekcie podatek należny według stawki 19% - [...] zł.
Wszczęta, mocą postanowienia z [...] r., kontrola celno-skarbowa pozwoliła organowi ustalić, że spółka:
- zaniżyła przychody o przypadające jej kwoty: [...] zł z tytułu zwrotu podatku od wartości dodanej oraz [...] zł w związku z realizacją kontraktu z brytyjską firmą T.
- zawyżyła koszty uzyskania przychodów o kwotę [...]zł, która dotyczyła usługi doradztwa prawnego na rzecz innej spółki;
- zawyżyła koszty amortyzacji nieruchomości o [...] zł;
- zaniżyła koszty uzyskania przychodów poniesione na składki ZUS o [...] zł.
Organ motywował, że spółka uwzględniła ustalenia wynikające z kontroli celno-skarbowej odnoszące się do kosztów uzyskania przychodów i 4 maja 2018 r., na zasadzie art. 82 ust. 3 ustawy o KAS, skorygowała w tym zakresie deklarację podatkową CIT-8. Natomiast nie zgodziła się ze zwiększeniem przez organ wysokości przychodów w stosunku do deklarowanej. W następstwie, stosownie do postanowienia z [...] r., kontrola celno-skarbowa uległa przekształceniu w postępowanie podatkowe.
Według ustaleń organu, spółka w analizowanym roku podatkowym otrzymywała zwroty podatku od wartości dodanej z innych krajów Unii Europejskiej (UE). Była to w sumie kwota [...]zł, którą spółka wyłączyła z przychodów podlegających opodatkowaniu. Zwroty podatku od wartości dodanej następowały w okresie od marca do czerwca 2016 r. ze strony administracji podatkowych: Austrii, Szwecji, Niemiec, Anglii i Danii, za czas od stycznia do września 2015 r. Spółka wyjaśniła organowi, że kwotę [...]zł, stanowiącą zwrócony podatek od wartości dodanej, wyłączyła z przychodów podatkowych, ponieważ uprzednio nie zaliczyła jej do kosztów uzyskania przychodów. Powołała się przy tym na art. 12 ust. 4 pkt 6a ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (Dz.U.2014.851 ze zm. w brzmieniu dla rozpatrywanego okresu rozliczeniowego - u.p.d.o.p.), a dodatkowo na interpretację indywidualną z [...] r. udzieloną jej przez Dyrektora Izby Skarbowej w Ł. (organ interpretacyjny).