Sprawa rozstrzygnięta decyzją podatkową inspektora kontroli skarbowej podlega merytorycznej ocenie w postępowaniu odwoławczym prowadzonym przez izbę skarbową /art. 26 ust. 1 pkt 1 cyt. ustawy o kontroli skarbowej/, na podstawie tego szczególnego przepisu, lecz w stosunku do spraw zakończonych decyzją inspektora kontroli skarbowej izba skarbowa nie posiada statusu organu podatkowego w rozumieniu nadanym w art. 13 par. 1 pkt 2 ordynacji podatkowej.
Z tego względu do zmiany, uchylenia lub stwierdzenia nieważności ostatecznej decyzji inspektora kontroli skarbowej uprawniony jest, jako organ nadzoru, Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej, zaś wznowienie postępowania nastąpić może według przepisów Kodeksu postępowania administracyjnego /art. 26 ust. 3, cyt. ustawy o kontroli skarbowej/.
Zważyć należy, że tryb nadzwyczajnego wzruszenia decyzji ostatecznej inspektora kontroli skarbowej nie stanowi kontynuacji postępowania kontrolnego, zakończonego już wydaniem decyzji, stąd konsekwentnie i zgodnie z art. 31 cyt. ustawy o kontroli skarbowej, nie stosuje się doń przepisów ustawy ordynacja podatkowa.
Z tej przyczyny ustawodawca w art. 233 par. 1 pkt 2 lit. "b" Ordynacji podatkowej uznał, iż kwalifikowana wadliwość decyzji inspektora kontroli skarbowej stwierdzona w postępowaniu odwoławczym przez izbę skarbową uzasadnia skierowanie sprawy tą decyzją rozstrzygniętej do ponownego rozpoznania przez właściwy dla podatnika urząd skarbowy, tak aby rozpoznanie sprawy dokonane zostało w systemie organów podatkowych. W szczególnej sytuacji, określonej dyspozycją powyższego przepisu, gdy kwalifikowana wadliwość decyzji uzasadnia nałożenie się trybu kontroli instancyjnej i nadzorczej, uprawnione jest "przejęcie" sprawy taką decyzją rozstrzygniętej do rozpoznania przez organy podatkowe, z uwagi choćby na odrębność toku nadzorczego organów podatkowych i organów kontroli skarbowej oraz odrębność trybu realizacji nadzoru w tych organach.
Zważyć przy tym należało, że normując kompetencje kasacyjne organu odwoławczego w art. 233 par. 2 Ordynacji podatkowej, ustawodawca uznał, iż braki postępowania wyjaśniającego uzasadniające uchylenie decyzji organu pierwszej instancji powinny być uzupełnione przez ten organ.
W rozpoznawanych sprawach stwierdzenie przez Izbę Skarbową, iż decyzje Inspektora Kontroli Skarbowej dotknięte są wadliwością określoną w art. 247 par. 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej, obligowało do ich uchylenia i przekazania spraw do ponownego rozpatrzenia właściwemu organowi podatkowemu. Wskazanie organu właściwego powinno być istotnym elementem rozstrzygnięcia odwoławczego, bowiem ma bezpośredni wpływ na prawidłowość dalszego postępowania i kończących je decyzji.
Z tych względów przekazanie spraw rozstrzygniętych z rażącym naruszeniem prawa do ponownego rozpatrzenia przez Inspektora Kontroli Skarbowej, stanowiło istotne naruszenie art. 233 par. 1 pkt 2 lit. "b" Ordynacji podatkowej.
Wobec powyższego, na podstawie art. 22 ust. 2 pkt 3 oraz art. 55 ust. 1 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368 ze zm./, orzeczono jak w sentencji.