Wojewódzki Sąd Administracyjny w Lublinie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia Małgorzata Fita, WSA Krystyna Czajecka-Szpringer,, WSA Wojciech Kręcisz (spr.), Protokolant Referent stażysta Kamil Rutkowski, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 11 grudnia 2008 r. sprawy ze skargi A SA na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej z dnia [...]. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w zryczałtowanym podatku dochodowego od osób prawnych od dochodów z dywidendy I. uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Lubelskiego Urzędu Skarbowego z dnia [...]., Nr [...]; II. zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej na rzecz A SA kwotę [...] tytułem zwrotu kosztów postępowania.
Zaskarżoną decyzją wydaną podstawie art. 233 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60, z późn. zm.), Dyrektor Izby Skarbowej po rozpatrzeniu odwołania A S.A. od decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego z dnia [,,,] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych w wysokości 5.108.652 zł z tytułu pobranego przez płatnika (B) zryczałtowanego podatku dochodowego od dochodów z dywidendy, utrzymał w mocy decyzję organu I instancji.
W uzasadnieniu zaskarżonej decyzji Dyrektor Izby Skarbowej podnosił, iż A wnioskiem z dnia 9 października 2007 r., skierowanym do Naczelnika Urzędu Skarbowego, wystąpiły o stwierdzenie nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych w wysokości 5.108.652 zł z tytułu pobranego przez płatnika (B) zryczałtowanego podatku dochodowego od wypłaconej dywidendy oraz zwrot ww. kwoty na wskazany rachunek bankowy A., dołączając do wniosku: kopię uchwały Nr 3 Zwyczajnego Zgromadzenia Wspólników Spółki B Spółka z o.o., z siedzibą w Z., z dnia 28 czerwca 2007 r. dotyczącej m.in. wypłaty dywidendy; informację o wysokości pobranego podatku dochodowego od dochodów z dywidend oraz innych przychodów z tytułu udziału w zyskach osób prawnych CIT- 7; kopię tekstu jednolitego aktu założycielskiego spółki z o.o.B; kopię odpisu aktualnego na dzień 7 lutego 2007 r. z rejestru przedsiębiorców Krajowego Rejestru Sądowego; kopię umowy przewłaszczenia 40.600 udziałów A. w B Spółka z o.o. zawartej w dniu 12 marca 2002 r. pomiędzy Skarbem Państwa reprezentowanym przez Ministra Finansów i A.; kopię Aneksu Nr 1 z dnia 22 czerwca 2005 r. do ww. umowy, dotyczącego przewłaszczenia kolejnych 722 udziałów; kopię Aneksu Nr 2 z dnia 13 września 2006 r. do ww. umowy przewłaszczenia. Wniosek ten przekazany został według właściwości Naczelnikowi Urzędu Skarbowego.
Decyzją z dnia [...] Naczelnik Urzędu Skarbowego w odmówił stwierdzenia nadpłaty. Rozpatrując odwołanie spółki od tej decyzji Dyrektora Izby Skarbowej decyzją z dnia [...] uchylił w całości decyzję organu pierwszej instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ.
W wyniku ponownego załatwienia sprawy, Naczelnik Urzędu Skarbowego w dniu [...] wydał decyzję w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych w wysokości 5.108.652 zł z tytułu pobranego przez płatnika (B sp. z o.o. w Z.) zryczałtowanego podatku dochodowego od dochodów z dywidendy.
Pełnomocnik A. odwołał się od tej decyzji wnosząc o jej uchylenie i rozstrzygnięcie co do istoty sprawy, tj. stwierdzenie nadpłaty. Decyzji tej zarzucał naruszenie przepisów prawa materialnego, a w szczególności: art. 22 ust. 4 pkt 3 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych; art. 5 w związku z art. 3 ust. 1 Dyrektywy Rady Unii Europejskiej z dnia 23 lipca 1990 r. w sprawie wspólnego systemu opodatkowania stosowanego w przypadku spółek dominujących i spółek zależnych różnych Państw Członkowskich (nr 90/435/EWG; Dz.U.UE.L. 90.225.6 z 20 sierpnia 1990 r., z późn. zm.).