Zgodnie z par. 50 ust. 4 pkt 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 grudnia 1999 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 109 poz. 1245/, w przypadku, gdy nabywca posiada fakturę lub fakturę korygującą nie potwierdzoną kopią u sprzedawcy, faktury te nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego.
Przepisu tego nie stosuje się w przypadku, gdy wystawca faktury lub faktury korygującej uwzględnił wykazaną w niej sprzedaż i podatek należny w deklaracji dla podatku od towarów i usług - par. 50 ust. 6 cyt. rozporządzenia.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi "L." S.A. w L. na decyzję Izby Skarbowej w L. z dnia 23 maja 2002 r. (...) w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od lutego do listopada 2000 r.
1/ uchyla zaskarżoną decyzję w części dotyczącej określenia kwoty zwrotu różnicy podatku VAT, zaległości podatkowej, odsetek za zwłokę oraz dodatkowego zobowiązania podatkowego za miesiąc październik 2000 r. oraz kwoty do zwrotu na rachunek bankowy, zaległości podatkowej, odsetek za zwłokę oraz dodatkowego zobowiązania podatkowego za miesiąc listopad 2000 r.;
2/ w pozostałej części skargę oddala;
Zaskarżoną decyzją Izba Skarbowa w L., na podstawie art. 233 par. 1 pkt 1 ordynacji podatkowej, po rozpatrzeniu odwołania "L." S.A. w L., od decyzji Inspektora Kontroli Skarbowej w UKS w L. z dnia 2.10.2001 r. (...) zmieniającej rozliczenie w podatku od towarów i usług za okres od lutego do listopada 2000 r. oraz ustalającej dodatkowe zobowiązanie podatkowe za ww. miesiące -utrzymała w mocy decyzję organu I instancji.
Izba Skarbowa wskazała, iż podstawą wydania decyzji przez Inspektora UKS było stwierdzenie, że podatnik - "L." S.A. w L. - w miesiącach objętych decyzją zawyżył podatek naliczony, ujmując w ewidencji zakupów faktury nie potwierdzone kopią u sprzedawcy. Naruszył tym samym przepis par. 50 ust. 4 pkt 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22.12.1999 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów o podatku od towarów i usług (...) /Dz.U. nr 109 poz. 1245 ze zm./. Ponadto zawyżył podatek naliczony poprzez obniżenie podatku należnego o podatek naliczony zawarty w fakturach za wykonanie usługi marketingu dot. negocjacji ze Spółką z o.o. "S." w L. i ze Spółką akcyjną "D." we W. Wydatki te jako nieracjonalne, nie mające na celu uzyskania przychodu, a jedynie zmniejszenie podstawy opodatkowania w skali przewidzianej dla osób prawnych według przepisu art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych nie stanowią kosztów uzyskania przychodu. Naruszono tym samym art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy o podatku od towarów i usług (...).
W odwołaniu od decyzji Inspektora Urzędu Kontroli Skarbowej podatnik -"L." S.A. w L. wnosił o uchylenie tej decyzji i zarzucał wydanie jej z naruszeniem par. 50 ust. 4 pkt 2 ww. rozporządzenia oraz art. 25 ust. 1 pkt 3 i art. 27 ust. 6 ustawy o podatku od towarów i usług a nadto art. 120-122, art. 180 par. 1, art. 187 par. 1 i art. 191 Ordynacji podatkowej.
W uzasadnieniu odwołania podnosił, iż w zakresie ustaleń dotyczących zaewidencjonowania części faktur wystawionych przez P.W. "L." - Andrzej M. nie potwierdzonych kopią u sprzedawcy, po wydaniu decyzji z dnia 30.07.2001 r. określającej w prawidłowej wysokości podatek należny firmy "L.", ustały przesłanki uniemożliwiające "L." S.A. odliczenie podatku naliczonego.
Odnośnie naruszenia art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy o VAT podtrzymywał argumenty, iż wydatki na usługi marketingowe zakwestionowane przez Inspektora UKS były niewątpliwie kosztami uzyskania przychodu, zawarte w odwołaniu od decyzji w sprawie podatku dochodowego od osób prawnych za 2000 r.
Rozpoznając sprawę Izba Skarbowa nie podzieliła argumentów strony zawartych w odwołaniu.
Powołała treść art. 19 ust. 1 i 3 ustawy o podatku od towarów i usług i wskazała, iż wynikające z art. 19 ust. 1 cyt. ustawy prawo podatnika do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług nie jest uprawnieniem bezwarunkowym. W niektórych wypadkach możliwość obniżenia kwoty podatku należnego została ograniczona lub całkowicie wyłączona. Jednym z nich jest przypadek wskazany w par. 50 ust. 4 pkt 2 ww. rozporządzenia Ministra Finansów. Przepisu tego, zgodnie z par. 50 ust. 6 nie stosuje się w przypadku, gdy wystawca faktury lub faktury korygującej uwzględnił wykazaną w niej sprzedaż i podatek należny w deklaracji dla podatku od towarów i usług.