W uzasadnieniu decyzji w przedmiocie podatku od towarów i usług organ I instancji wskazał, że skoro wymienione wyżej wydatki nie mogą być w świetle art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych zaliczone do kosztów uzyskania przychodów, to obniżenie podatku należnego VAT o kwotę podatku naliczonego zawartego w fakturach zakupu ww. usług stanowi naruszenie art. 25 ust. 1 pkt 3 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym i spowodowało zawyżenie podatku naliczonego VAT do odliczenia od podatku należnego o kwotę 9.543 zł /4.400 zł + 5.143,45 zł/. Ustalenie zaś dodatkowego zobowiązania podatkowego w wysokości 30 procent zawyżenia podatku naliczonego uzasadnione jest przepisami art. 3 ust. 1 ustawy z dnia 21 listopada 1996 r. zmieniającej ustawę z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym i art. 27 ust. 5 ustawy o VAT.
We wniesionym od obu decyzji organu I instancji odwołaniu podatnik zarzucił, że organ ten naruszył zasadę swobody umów, bowiem nie miał prawa kontrolować treści zawartych umów, podniósł, że opracowanie "Analiza możliwości rozwoju (...)" służy jako podstawa negocjacji nabycia części majątku wchodzącego w skład masy upadłości L. i dodał, że żaden z wydatków wymienionych w art. 16 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych nie ma miejsca w niniejszej sprawie, wobec czego zakwestionowane kwoty winny być uznane za koszty uzyskania przychodów.
Po rozpatrzeniu odwołania, zaskarżonymi decyzjami z dnia 28 stycznia 1998 r., w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych i z dnia 3 lutego 1998 r., w przedmiocie podatku od towarów i usług, Izba Skarbowa utrzymała w mocy obie decyzje organu I instancji.
W uzasadnieniu decyzji dotyczącej podatku dochodowego od osób prawnych Izba Skarbowa w L. wskazała, iż z treści opracowania "Analiza możliwości rozwoju Zakładu Naprawczo-Produkcyjnego spółka z o.o. dla wejścia kapitałowego inwestora strategicznego S.Z.C. S.A. w W. wynika, że głównym jego celem było zbadanie zasadności utworzenia w L. centrum handlowego obrotu częściami zamiennymi i pojazdami z Grupy Z. oraz utworzenie modelowej stacji obsługi samochodów. Bezwzględną większość udziałów przyszłej inwestycji miała wnieść spółka akcyjna "S.Z.C." - jedyny udziałowiec kontrolowanej Spółki, a uzyskane na działalność środki finansowe miały zostać przeznaczone na zakup ściśle oznaczonego przedmiotu materialnego, tj. Zakładu w L. i w M., co wynika z treści opracowania. Kontrolowana Spółka nie przedstawiła żadnych dokumentów świadczących o podjęciu działań związanych z zakupem tego majątku. Nawet jednak w przypadku realizacji tego przedsięwzięcia wydatek na ww. opracowanie zwiększałby wartość zakupionego środka trwałego, zgodnie z par. 4 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 20 stycznia 1995 r. w sprawie amortyzacji środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, a także aktualizacji wyceny środków trwałych, w związku z czym wydatek w kwocie 20.000 zł nie stanowiłby kosztu uzyskania przychodu w świetle art. 16 ust. 1 pkt 1 lit. "b" ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych.