Ustalenie, że między kupującym a sprzedawcą zachodził związek wynikający ze stosunku pracy pozwala organowi na analizę treści umowy sprzedaży i ewentualną ingerencję w zakresie skutków podatkowych z niej wynikających, ale tylko wówczas, gdy wartość sprzedaży odbiega od przeciętnych cen stosowanych w danej miejscowości lub na danym rynku w dniu wykonania świadczenia, a żadne inne okoliczności, poza ustalonym związkiem pomiędzy stronami umowy, nie wyjaśniają rozbieżności cen.
W takiej sytuacji bez znaczenia dla uprawnień organu podatkowego płynących z omawianego przepisu byłoby ustalenie, że to kupujący zaoferował przyjętą przez sprzedawcę cenę towaru.
Zaskarżoną decyzją Izba Skarbowa, po rozpoznaniu odwołania "D." Spedycja spółki z o.o. utrzymała w mocy decyzję Inspektora Kontroli Skarbowej w Urzędzie Kontroli Skarbowej z dnia 14 lipca 1998 r. określającą kwotę zwrotu różnicy podatku od towarów i usług za kwiecień 1996 r. w wysokości 6.235 zł, zaległość podatkową za ten miesiąc w wysokości 1.139 zł oraz odsetki od zaległości podatkowej w wysokości 1.237,30 zł na dzień wydania decyzji.
W uzasadnieniu zaskarżonej decyzji podano, że Spółka zaniżyła podatek należny VAT za kwiecień 1996 r., na skutek zaniżenia wartości sprzedaży samochodu Renault 19TD, sprzedanego według faktury z dnia 4 kwietnia 1996 r. za kwotę 11.834 zł na rzecz Radosława K. będącego od 7 września 1995 r. pracownikiem Spółki. Cena samochodu tej marki, według miesięcznika "Pojazdy samochodowe, część A, wartości rynkowe, samochody osobowe, motocykle, przyczepy campingowe" wydanego za kwiecień 1996 r. przez Stowarzyszenie Rzeczoznawców Techniki Samochodowej i Ruchu Drogowego, wynosiła 18.150 zł. Z tego względu określenia wartości sprzedaży samochodu dokonano na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./, uznając, że istnienie związku wynikającego ze stosunku pracy miało bezpośredni wpływ na ustalenie ceny sprzedaży odbiegającej od przeciętnych cen stosowanych w obrocie tego typu samochodami, bowiem dokumentacja sprzedaży przedstawiona przez Spółkę nie zawierała informacji o znacznym zużyciu sprzedawanego samochodu, co mogłoby uzasadniać obniżenie ceny.
Zdaniem Izby, kontrola poprawności rozliczenia podatkowego uprawnia do analizy czynności cywilnoprawnych mających wpływ na zakres obciążeń podatkowych stron umowy, a ustalenie znacznej rozbieżności przyjętej w umowie ceny z ceną rynkową obowiązującą na danym rynku, przy stwierdzeniu wpływu istniejącego związku ze stosunku pracy na ustalenie ceny umownej, uprawnia do zastosowania art. 17 ust. 1 pkt 3 i ust. 2 cyt. ustawy. Przy takich ustaleniach, w świetle powołanych przepisów ustawy, bez znaczenia pozostawała wysokość oferty zakupu przedkładana przez nabywcę samochodu.
W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego Spółka "D." wnosiła o uchylenie wydanych w sprawie decyzji zarzucając naruszenie prawa materialnego. Zdaniem Spółki, art. 17 ust. 1 pkt 3 cyt. ustawy o podatku od towarów i usług może mieć zastosowanie tylko w przypadku, gdy organ podatkowy wykaże, iż stosunek pracy miał wpływ na wysokość określonej w fakturze ceny. Okoliczność, że cena sprzedaży odbiega od ceny katalogowej samochodu, wykazana w sprawie, nie stanowi jeszcze dowodu, iż na wysokość przyjętej ceny miał wpływ stosunek pracy istniejący pomiędzy kontrahentami umowy. Cena katalogowa jest ceną orientacyjną i może nie mieć związku z cenami rynkowymi, a przyjęta przez Spółkę oferta była dlań atrakcyjna.